האחים אלריק מתקשים להילחם בכוחות הרשע של גלאטוני. מוסטאנג חושד בבראדלי ומוצא את עצמו בבטן המפלצת.

שיתוף פעולה בין הכוחות המורדים של מוסטאנג לחבורתו של לינג יאו מוביל ללכידת הומונקולוס, אבל גם מושך את תשומת ליבו של מרגל הומונקולוס.

וינרי מגלה מה היה חלקו של סקאר במות הוריה ונתקפת רגשות רצחניים, בדיוק כמוהו.

אד ואל חושבים על תוכנית מסוכנת במטרה לפתות את ההומונקולוסים לצאת מהמחבוא. השלב הראשון: להסתכן בכך שסקאר, אויבם המסוכן ביותר, יהרוג אותם.

הביקור של הוהנהיים מסתיים באזהרה חמורה לפינאקו, אבל אד מוצא תקווה בין שרידי ילדותו ומשוכנע שיהיה אפשר להחזיר את אל לגופו.

מוסטאנג, אלפונס, האבוק והוקאיי מתפצלים כדי לחפש מעבדה צבאית. אם התוכנית של לאסט תצליח, הם לא יראו עוד זה את זה.

מסעו של אד לארץ רחוקה חושף פרטים מפתיעים על המפגש בין מוסטאנג לרוס. אלריק מגלה סוד הקשור להוריה של וינרי.

אפילו התומכים הנאמנים ביותר של אלכימאי הלהבה מזועזעים ממעשיו הבעייתיים כלפי מי שהואשם ברצח מייס היוז.

אנבי עדיין מסתתר מתחת לאף של האלכימאים הלאומיים, והומונקולוס נוסף עומד לחדור לשורותיהם.

האחים אלריק מתקוטטים עם לינג יאו ועם בני לווייתו לאן פאן ופוּ, שבאו משינג כדי לחפש את אבן החכמים.

קינג בראדלי מתעמת עם גריד ומוכיח שהוא יכול להיות יריב אכזר. אבל מי שיצליח להרוס את המגן הסופי יהיה חזק יותר מהפיהרר בכבודו ובעצמו.

כימרות חוטפות את אל, ניסיון החילוץ של אד נכשל, ואיזומי מוכיחה שוב שהיא בסך הכול רוצה בטובתם של האחים.

האחים אלריק מבקרים את איזומי, מורתם לשעבר, ונזכרים כמה הם התקשו בזמנו לקלוט את מושג ההתמרה.

האחים אלריק מבינים שהאלכימיה עדיין לא פענחה את סוד יצירת החיים, וניצבים חסרי אונים מול צירי הלידה של חברה חדשה.

המזימה סביב אבן החכמים מגיעה גם לדרגים הגבוהים ביותר בצבא. אחד מבעלי בריתו הנאמנים ביותר של מוסטנג נרצח.

אל זועם בגלל המחשבה שכל קיומו נוצר על ידי אחיו. רק וינרי תוכל להוכיח לו עד כמה הוא טועה.

אד ואל נלחמים בשומרים המופרעים של המעבדה החמישית. בתוך כל הכאוס שנוצר, האמת מאחורי אבן החכמים נקברת בהריסות.

האחים אלריק, שגילו מהו המרכיב הסודי והמחריד באבן החכמים, ממשיכים בחיפוש אחר האמת ומגיעים למעבדה סודית.

האחים אלריק פוגשים את ד"ר מרקו, אלכימאי לאומי שנמלט מחטאיו ומחזיק במידע שיכול לעזור לאחים להשיג את אבן החכמים.

אדוארד ואלפונס מותקפים על ידי סקאר – מתנקש מסתורי בעל כוחות מדהימים, המבוקש בגין סדרת רציחות מחרידות.

אד ואל פוגשים את שו טאקר, שיכול ללמד אותם דבר או שניים על אלכימיה – ועל האכזריות האיומה שלפעמים כרוכה בה.

המדע והאמונה מתנגשים כשהאחים אלריק מתעמתים עם האב קורנלו, וחושדים שהוא משתמש באבן החכמים לרעה כדי לשלוט בצאן מרעיתו.

הצצה לעבר חושפת את הכאב והייאוש שהובילו את האחים אלריק לשבור את הטאבו הגדול ביותר של האלכימיה: התמרה אנושית.

האחים אלריק משתתפים במצוד אחר "אייזק המקפיא", אלכימאי לאומי לשעבר שנחוש למוטט את שלטונו של פיהרר בראדלי.

כשהעיר מתפרקת, הצבים יוצאים לרחוב כדי לחקור ולראות את הדראגנאוט מופיע בשמים. בעזרתו של מונג, דראג מתכנת מחדש את המשגר כדי לפתוח עיוות בחלל.

ד"ר אלווין האקסלי הוכיח את המצאתו פורצת הדרך: מחשב שחושב מהר כמו המוח האנושי. הגלאבפאטר נמצא על כדוה"א ומוכן למכור את מחשב החלבון למרבה במחיר.

דרג והצוות שלו מתכננים פלישה לכדור הארץ כדי להפוך אותו לבסיס הבית החדש שלו, אבל קודם כל הוא צריך להחזיר את השבב שלו משרדר.

כישורי הקרב, הכוחות והזיכרונות של הצבים, שרדר וקרנג נספגים בדרג.

מונג מודיע לדרג שהוא נתקל בשני אנשים שטענו שהם מכרים ותיקים של הצבים – שרדר וקרנג!

לאחר שהשתלטו על ליאונרדו המוטאנט, הצבים מחזירים אותו לעצמו באמצעות טכנולוגיית קריסטל המערבולת. בתחילה נראה שהניסוי הצליח אך עד מהרה כף רגלו מתחילה לזרוח.

הצבים מנסים להיפטר מהמוטציות שלהם, דונטלו משתמש בתוכנית מציאות מדומה כדי לבדוק את ההשפעות של תרופה פוטנציאלית שיצר באמצעות קריסטלי המערבולת.

קרטר, אפריל והצבים חוקרים פריצה למוזיאון השעונים העתיק. כשהם משוכנעים שדרג אחראי, הצבים מגלים רמז על מיצג.

לאחר שאתגרו את דרג לעימות אחרון, הצבים מוצאים את עצמם בצד המפסיד. רק שהפעם, המוטציות החדשות שלהם נלכדו בסרט והעולם מאמין שצבי העל הם מפלצות מרושעות.

בעודו מאמין שהצבים הם הדבר היחיד שעומד בינו לבין שליטה מוחלטת בכוכב, דרג יוצר קשר עם מדוזה, חייזרית יפהפייה להפליא.