בעקבות חלום סוריאליסטי, צ'רלי מאמין שתינוקה של קלייר נמצא בסכנה, ויש לפעול להצלתו. לוק חושד בעקבות כך שצ'רלי חזר להשתמש בסמים. פרטים חדשים מעברו של צ'רלי מתגלים. במקביל, סוייר מעודד…

קלייר מספרת למר אקו על הפסל שצ'רלי מצא, והוא דורש שיקחו אותו במיידית אל מקום המציאה. מייקל מתקשר דרך המחשב מבלי שחבריו מודעים לכך, ומאמין שהוא משוחח עם וולט. קלייר…

ג'ק, לוק וסוייר יוצאים בעקבותיו של מייקל, לאחר שמתברר כי יצא לחפש את בנו כשהוא חמוש ברובה ציד. בדרכם הם נתקלים ב-"אחרים". במקביל, מתגלים פרטים נוספים מעברו של ג'ק.

קייט הטרוטה מחוסר שינה שומרת על סוייר הקודח. היא בטוחה שנטרפה עליה דעתה כשהיא רואה סוס שחור שכבר ראתה בעבר, ובנוסף שומעת את אביה מדבר מגופו של סוייר. מר אקו…

לאחר האירועים הטרגיים בג'ונגל, אנה לוסיה נתפסת לבהלה, ושמה את ביטחון כולם בסכנה. בינתיים, מר אקו לוקח את סוייר איתו כדי למצוא את הרופא, מה שמוביל לאיחוד דרמתי בין כל…

מה אירע לשורדים מזנב המטוס עד שפגשו ביתר הניצולים? פלאשבק אל יום ההתרסקות. השורדים נאלצים להגן על חייהם מפני תקיפות חוזרות של גורמים מסתוריים על האי, ואנה לוסיה הופכת באופן…

פצעיו של סוייר מתחילים להזדהם, וחייו בסכנה. החבורה נאלצת להגביר את הקצב ולהסתכן בחציית הג'ונגל, באזור בו הותקפו כבר בעבר. במקביל, שאנון נתקפת פעם נוספת באותו חזיון של וולט, ותוהה…

מייקל יוצא לבדו אל הג'ונגל, נחוש בדעתו למצוא את וולט, אך מגלה שהוא לא באמת לבד. על האי, סאן מחפשת בטירוף את טבעת הנישואין האבודה שלה, מה שמוביל לפלאשבק אל…

זכרונות מביכים מעברו מובילים את הארלי להתמודד עם משימה הקשורה בצוהר המסתורי. הוא חושש שכעת ינודה על-ידי חבריו לאי. במקביל, סוייר, מייקל וג'ין מגלים את זהות שוביהם, וקלייר מגלה בקבוק…

לוק, ג'ק וקייט מגלים עובדות חדשות על הצוהר המסתורי. במקביל, לאחר שהוכו ונלקחו בשבי, מנסים סוייר, ג'ין ומייקל לעמוד על טיבם של שוביהם. האם הם, כמותם בדיוק, מנסים לשרוד באי,…

מה אירע בצוהר המסתורי, מנקודת מבטם של קייט ולוק, לפני הצטרפותו של ג'ק? במקביל, סוייר ומייקל מנסים להתמודד עם מה שאירע להם על הרפסודה, כשבמהלך הויכוח ביניהם הם כמעט ונטרפים…

בפתח העונה השנייה, אחד הניצולים נבחר לבדוק את הצוהר המיסתורי. שאנון מזדעזעת, כשבעמקי הג'ונגל מתגלה בפניה דמות מוכרת מן העבר.

הניצולים על הרפסודה נתקלים בסכנה בלתי צפויה. שאר הניצולים על האי מנסים לפוצץ את דלת הצוהר. הפלאשבקים מראים את הרגעים האחרונים של הניצולים לפני עלייתם לטיסה הגורלית. הניצולים שנשארו על…

רוסו מגיעה לחוף ומזהירה את כולם מסכנת "האחרים" המתקרבת. ג'ק וקבוצה של ניצולים יוצאים לכיוון הסלע השחור, שם יש דינמיט שיכול לעזור בפיצוץ דלת הצוהר. גם הרפסודה מוכנה בינתיים לשילוח.

כיוון הרוחות על האי עתיד להשתנות וקייט מחליטה לעלות על הרפסודה ולגנוב את המקום של סוייר. חשד עולה באי שמישהו הרעיל את מי השתיה של מייקל.

שאנון מחליטה לקחת את החוק לידיים והולכת אחרי לוק, אותו היא תוקפת ומאשימה בטרגדיה שקרתה על האי. סעיד ולוק נכנסים למעמקי הג'ונגל כדי שלוק ינסה להוכיח את חפותו.

מצבו של בון מדרדר וג'ק נאבק על מנת להציל את חייו בזמן שקלייר מתחילה ללדת. ג'ק מחפש את ג'ון לוק כדי להבין מה בדיוק קרה לבון.

לוק חולם חלום מוזר ויוצא עם בון למצוא את המטוס הקל שהתרסק, בתקווה למציאת רמז נוסף לפתיחת הצוהר. סוייר סובל מכאבי ראש מוזרים וג'ק עוזר לו להירפא מהם.

הרפסודה של מייקל עולה באש ולאחר שהוא רואה את ידיו החרוכות של ג'ין, העימות בינהם מחריף לכדי אלימות. בון מתחיל להפריע ליחסים בין שאנון לסעיד.

הארלי מבחין במספרים על המפות של רוסו ונזכר שהוא ראה אותם בעבר, מה שגורם לו לצאת לג'ונגל בעקבות האישה הצרפתייה. לוק מבקש את עזרת קלייר בעבודה.

סוייר משוכנע שלחזיר בר יש נקמת דם אישית כנגדו לאחר שהוא רדף אחריו אחרי שחדר לאוהל שלו. הארלי וסוייר מנסים לסייע לצ'ארלי להתמודד עם מה שעשה לאית'ן. קייט וסוייר מתקרבים.

השמחה משובה של קלייר לאי נגמרת לאחר שהניצולים מבינים שהיא סובלת מאובדן זיכרון. אית'ן חוזר למחנה הניצולים ומציב דרישה לשאר הניצולים. הניצולים מחליטים להציב משמרות הגנה סביב המחנה.

מייקל מתחיל לקנא מול הידידות הנרקמת בין וולט ולוק ומחליט להוציא את בנו מהאי באמצעות רפסודה. שאנון עוזרת לסעיד לפענח מפות שהוא גנב מרוסו.

בון הופך קנאי יותר ויותר בנוגע ליחסים המתחזקים של שאנון עם סעיד, ולוק מנסה לעזור לו להתגבר על כך. הארלי מנסה להשיג אוכל וג'ון לוק ובון ממשיכים לחפור פתח סביב…

במהלך שחייה בג'ונגל, קייט וסוייר נתקלים במזוודה של נוסע. קייט מתנהגת בצורה מוזרה ומנסה בכוח לקחת את המזוודה מסוייר. סעיד ושאנון מתחילים להתקרב ולהתיידד.

לאחר שמגלים שאית'ן לא היה בין נוסעי המטוס, הניצולים בראשות ג'ק מחפשים אחר קלייר וצ'ארלי הנעדרים, מחשש לגורלם. לוק ובון מחפשים בג'ונגל ונתקלים בברזל מרובע על פני הקרקע.

קלייר חווה סיוטים בשנתה וחושדת שמישהו מנסה לפגוע בתינוקה. הארלי מכין רשימה של הניצולים ומשווה אותה לרשימת נוסעי המטוס המקורית, ומגלה שאחד הניצולים לא מופיע בה.

לאחר העינוי, סעיד יוצא לסיבוב סביב האי ונשבה בידי אישה מסתורית. הארלי בונה מסלול גולף כדי לעזור לשאר הניצולים להתמודד עם החוויה הטראומטית.

צ'ארלי מנסה להיגמל מההתמכרות שלו ונעזר בג'ון לוק. סעיד מנסה להבין את פשר השדר בצרפתית, בתקווה שיסייע להיחלץ מהאי. ג'ק נקלע לסכנה באחת המערות.

שאנון סובלת מהתקף קוצר נשימה קיצוני ונזקקת למשאף. הניצולים מבקשים מסוייר את המשאפים שהוא מסתיר אך הוא מסרב. סעיד וג'ק מחליטים להשתמש בכח פיזי נגדו.

יריבות מתחילה להיווצר בין ג'ן ומייקל, לחוסר שביעות רצון של סאן מהעניין. ג'ק מציע לעבור למערות, אך המתנגדים לכך טוענים שיפחת הסיכוי להנצל. עסקה נרקמת בין צ'ארלי ולוק.

בון נקלע לסכנת טביעה וג'ק מסייע לו ולאישה נוספת הזקוקה לעזרה. המים נגנבים וג'ון לוק מחליט לצאת לחפש מקור מים חדש בג'ונגל. בדרך הוא מגלה שג'ק נופל מצוק ונחלץ לעזרתו….

לאחר שלהקה של חזירי בר חודרת לתוך שרידי המטוס, ג'ק מחליט לשרוף את השרידים יחד עם הגופות. סעיד מכין אנטנות קטנות כדי למצוא מקור כח על האי. לוק, קייט ומייקל…

קבוצה מתוך הניצולים באי יוצאת למשימה: שידור אותות מצוקה מההרים באי, באמצעות מכשיר הקשר שנמצא במטוס. בדרכם מקבלים הניצולים שדר מוזר ונתקלים באורח בלתי צפוי. בינתיים במחנה, מנסה ג'ק לרפא…

קבוצת המשימה שבה ממשימת השדר בהרים ומתחים מתחילים להתעורר בין חבריה. בעקבות שיחה עם המארשל הפצוע, ג'ק מתחיל לחשוד בקייט, האסירה שלוותה בטיסה לארה"ב על ידי המארשל.

דרמת מתח ומסתורין זוכת 11 פרסי אמי. טיסת אושיאניק 815 מאוסטרליה ללוס אנג'לס לא מגיעה ליעדה. הניצולים מוצאים את עצמם על אי מבודד, ומגלים שמדובר במקום בלתי צפוי, הטומן בחובו…

בפרק האחרון לעונה, סקאלי ומאלדר ממהרים למצוא את ויליאם שנמצא במנוסה, בעוד איש הסיגריות ממשיך קדימה עם התוכנית האולטימטיבית שלו.

מאלדר וסקאלי חוקרים רצח משולש שגורם להם לחשוד שמדובר בסחר באיברי אדם. החקירה מובילה אותם לחיפוש אחר צעירה נעדרת שהצטרפה לכת מוזרה שחבריה מאמינים בחיי נצח, וכל זה יוצר עימות…

בעיירה קטנה בקונטיקט מתגלה גופתו של בנו של שוטר. במשטרה המקומית בטוחים שטרפה אותו חיה, סקאלי בטוחה שרצח אותו פדופיל מקומי, ומאלדר בטוח שמדובר בכישוף, עד מהרה העניינים יוצאים לגמרי…

מאלדר וסקאלי נעזרים בשירותים ממוחשבים לכל דבר אפשרי ותלויים בהם כמעט באופן מוחלט, אבל לפתע מתחילות להתרחש תקלות בשירותים הממוחשבים והם מתחילים לתקוף אותם.