סקינר יורד למחתרת לאחר שהעבר שלו חוזר לרדוף אותו. כאשר מאלדר וסקאלי מנסים לאתר אותו, חוסר האמון הגובר שלהם בו מגיע לשיא חדש.

שתי נערות טוענות שתקפה אותן מפלצת. מאלדר וסקאלי מגיעים לבדוק את המקרה ומגלים כי החקירה שלהם עלולה להוביל חזרה אל הבן האבוד שלהם, ויליאם.

אדם מסתורי בשם רג'י נפגש עם מאלדר וסקאלי, וטוען שגורמים עלומים בממשל גורמים לאנשים לשכוח פרטים מסוימים מעברם וכך הם משתלטים על העתיד, וגורם לשניהם לפקפק בזכרונותיהם.

צעיר מעיירה קטנה מתנגש עם רכבו בעץ וטוען שהכפיל שלו גרם לו לעשות זאת, ומתברר שהמקרה שלו הוא לא הראשון. מאלדר וסקאלי נתקלים בזוג תאומים מוזרים וחושדים בהם.

ריצ'רד לנגלי יוצר קשר עם מאלדר 16 שנים לאחר מותו, ומיד לאחר מכן מופיעים בביתו מתנקשים, שמנסים לחסל אותו ואת סקאלי. הם נמלטים ועוקבים אחר הרמזים שלנגלי הותיר להם, שמובילים…

דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

אנשים ברחבי המדינה נופלים למשכב ופאניקה נרחבת מאיצה בסקאלי לנסות למצוא תרופה. בינתיים, מאלדר מתעמת עם האיש שהוא מאמין עומד מאחורי כל זה, אבל עוד דמות מעברם של מאלדר וסקאלי…

סקאלי ומאלדר מתחילים לחקור לאחר שגלריה לאמנות, המציגה יצירות אמנות פוגעניות מופצצת. הם מנסים למצוא דרך לתקשר עם העבריין הנמצא בתרדמת, בכדי לנסות למנוע מתקפה נוספת.

פקיד במשרד השיכון בפילדלפיה שעוסק בפינוי הומלסים, נרצח באופן מזוויע, ומאלדר וסקאלי נשלחים לחקור את הרצח. אבל אז אמה של סקאלי מקבלת התקף לב, והיא נאלצת לעזוב את מאלדר ולנסוע…

בעוד שמאלדר מתוסכל מהעובדה שהמדע הפריך את כל התעלומות שריתקו אותו כל חייו, ומחליט שהוא לא מוכן לבלות את חייו במרדף אחר מפלצות, סקאלי מודיעה לו שיש להם חקירה חדשה.

כאשר מדען מתאבד מסיבה לא ברורה, מאלדר וסקאלי חוקרים את האופציה כי כוח בלתי נראה דחף אותו לזה, וחושפים מעבדה שבה ניסויים גנטיים קיצוניים נמשכים כבר עשרות שנים.

מיני סדרה הממשיכה אחרי 13 שנים את סדרת הקאלט "תיקים באפילה" ומאחדת מחדש את סוכני האף-בי-איי האייקונים מאלדר וסקאלי, החוקרים תעלומות מסתוריות בעולם הזה ובעולם "שמעבר"…