בפרק הפרמיירה של העונה החדשה – ליגת הצדק בהופעת אורח מיוחדת, קלארק חוזר למטרופוליס ושם מצפה לו הפתעה חדשה, קלארק מקבל את העבודה ב-"דיילי פלאנט"- ממש ליד לויס ליין. וגם…

בפרק סיום העונה, לקס מגיע למבצר על-מנת להגשים את ייעודו, בעת שלאנה מתעוררת מתרדמתה וקלואי נעצרת על-ידי הממשלה.

כאשר קלארק תוהה אם העולם היה נראה יותר טוב אם הוא לא היה מגיע לסמולוויל, ג'ור-אל מראה לו איך החיים היו ממשיכים אם הוא בחיים לא היה קיים.

לאחר שלקס מותקף ע"י זר מסתורי, הוא וגם קלארק מגלים את החבר האחרון של הארגון וריטאס שמחזיק בסוד השליטה ב-"נוסע".

עוצרים את ג'ימי מהממשלה כיוון שחושדים שקלואי היא טרוריסטית, ג'ימי מיואש ולכן הוא עוקב אחרי קלואי ופועל לפי הוראות הסוכנת הפדרלית. בינתיים קלואי מנסה לברר איפה קארה וברנייאק. קארה שולחת…

הגילוי של לקס על וריטאס מוביל אותו בכיוון מסוכן, שיניח אותו ואת קלארק בשני צידי המתרס. לקס מתעמת עם אביו בנוגע למפתח החסר, מה שמוביל לתוצאות הרסניות.

קלארק חייב ללמוד לשלוט ביכולת חדשה כדי שיוכל להצטרף לקארה בקרב מול ברינייאק על מנת להציל את חבריו.

ליונל גורם לחטיפתו של קלארק, וכשקלואי ולאנה מתעמתות מולו, הוא גורם להן לחשוב שזו אשמת לקס. לאחר מכן לאנה וקלואי מבקשות מג'ור-אל שיחזיר לקארה את זכרונה מכיוון שהיא היחידה שיכולה…

לויס עוקבת אחרי לקס ומגלה כי הוא מצא את קארה, החולה בשיכחה. פינלי, מלצר שהתאהב בקארה חושש שלקס יקח אותה, אז הוא יורה בלקס ומחזיק את לויס ואת קארה כבנות…

פיט רוס חוזר לעיר ורואה שהרבה מאוד דברים השתנו מאז שהוא עזב. חוץ מהרגשות לגבי קלארק שהוא היה צריך ליישב מאז שהוא למד על הסוד של חברו, פיט צריך להתמודד…

קלואי מגיעה לתיק סודי של לקס, אך היא מותקפת על ידי הקנרית השחורה, אישה מסתורית בעלת צרחה על קולית. דינה לאנס, האלטר אגו של הקנרית השחורה, היא מגישת תכנית אירוח…

ביזארו מעונין בעזרתו של ברייניאק שחוזר על מנת להפוך ל-"קלארק" באופן קבוע ותמידי. ליונל וג'וליאן נפגשים ומתגלים דברים מפתיעים. קלארק לא מרוצה לגלות שהוא הוחלף ועד כמה העניינים בין לאנה…

קלארק חוזר לסמולוויל ומספר ללאנה שקארה איננה. השניים חוברים כנגד לקס, ומגלים מידע על אדם אשר נדבק בחומר חוצני, הוא שותל פצצה ומאיים על לויס לגרום ללקס להודות בניסויים שערך…

קלארק שומע את קולה של אימו, לארה, קורא לעזרה מתוך הקריסטל של קארה, ומחליט לשחרר אותה. לארה וקלארק מתאחדים, והיא מעניקה לו טבעת שמכילה קריטוניט כחול – המפשיט אותו מכוחותיו…

שילוב של קריפטונייט ומתח גבוה במהלך סופת ברקים גורמים ללאנה לספוג את כוחותיו של קלארק. היא פורצת לכספת של לקס וגונבת ממנה ראית מפלילות עליו, אותן היא מוסרת ללויס וגראנט…

קלארק מגלה שקארה בוושינגטון בחיפוש אחר הקריסטל. היא נלכדת לאחר שפרצה למעבדה, ומושפעת מחומר שעשוי מקריפטונייט. אותו חומר גורם לה לראות את אמו הביולוגית של קלארק, לארה, בביקורה בחווה של…

תושבי סמולוויל נרגשים כשהסרט "מלאך לוחם" מצולם בעיירה. אך לאחר שהשחקנית הראשית, נתקעת ללא בלמים במכונית בשיאו של פעלול, קלארק ממהר להצילה מהרכב. מעריץ שצפה בכל המתרחש, מחליט שקלארק הוא…

קלואי פוגשת את סשה, שטוענת שנפטרה מיכולת המטאורים שלה. לד"ר נוקס יש יכולת מיוחדת, הוא מסוגל "לרפא" פריקי מטאורים תך כדי שינוי חייהם ושיקומם. לד"ר נוקס יש גם סוד אפל-…

קלארק לוקח את קארה לפסטיבל הקציר השנתי בסמולוויל והיא מחליטה להצטרף לתהלוכה, קארה מקבלת עבודה בטאלון ומנהלת שיחה עם הבעלים, לקס לות'ר. קלואי מוצאת סקופ גדול לדיילי פלנט. בפסטיבל הקציר,…

קלארק מתמודד מול אויבו החזק ביותר עד עתה, ביזארו, והקרב גורם לסכר להתפרץ, ולשלוח זרמי מים עצומים לכל עבר. לקס ניצל על ידי אישה מסתורית. לויס מצליחה לקחת את קלואי…

קלארק ולויס מגלים את הספינה של קארה, אך לפני שהם מצליחים לפתוח אותה, קארה מגיעה וגורמת ללויס לאבד הכרתה. קלארק נדהם לאחר שקארה מספרת לו שהיא נמצאת שם על מנת…

קלארק מגלה שליונל איים להרוג אותו, אלא אם תינשא ללקס, כעת הוא רודף אחר ליונל בכדי להשתיק אותו אחת ולתמיד. לאנה אומרת ללקס שהיא עוזבת אותו, והצייד ממאדים חוזר כדי…

לקס מנסה להפוך חייל, שכביכול, מת באפגניסטן, ל-"חייל-על". סנאטור מאיים לספר לעולם על המעבדות של לקס, מה שגורם ללקס לשלוח את ה-"חייל" כדי להרוג את הסנאטור. לויס רואה את ההתקפה…

ג'ימי מאבד את ההכרה וחולם על איך יכלו להיות החיים בסמולוויל בשנות ה-40 – קלארק הוא עיתונאי ב-"דיילי פלאנט", לאנה היא אישה מפתה שמתכננת את מות בעלה העשיר, לקס, ולויס…

לאחר שאישתו של חייל, מפעילה פצצה באחת המעבדות הסודיות של לקס, ליונל נפצע קשות ולקס נלקח בשבי. היא טוענת שלקס חטף את בעלה הנעדר, והיא מאיימת לפוצץ את כל המעבדה…

לאחר שלקס מגלה שלאימה של קלואי, מוירה, יש כוח מיוחד המאפשר לה לשלוט בנפגעי מטאורים, הוא מפתח תרופה כדי להעיר אותה ממצבה הקטטוני. לקס מאיים להרוג את קלואי, אלא אם…

קלארק וקלואי מגלים את טיטאן, מתאבק, כוכב מועדון קרב סודי שקרבותיו העקובים מדם עד המוות משודרים באינטרנט. לויס מריחה סיפור ומחליטה לחקור בעצמה אבל היא נתפסת ומוכרחת להשתתף בקרב.

קלואי וקלארק מגלים שטוביאס, נער צעיר שהתעוור בזמן מטח המטאורים וקיבל את היכולת לזהות אנשים שהם בעלי כוחות מיוחדים, מנוצל ע"י לקס על מנת למצוא אנשים בעלי יכולות מיוחדות על…

ביום החתונה של לקס ולאנה, מקבל לקס שיחה מדוקטור לנגסטון שמאיים לספר ללאנה את האמת על התינוק שלה. לאנה מתחילה להסס בקשר לחתונה עם לקס וקלארק מגיע להחלטה שהוא לא…

לאחר שלאנה מקבלת תמונה שלה מתפשטת בחדרה, היא מבינה שמישהו עוקב אחריה ומחליטה להתחבא במקום מפתיע. בינתיים, ג'ימי נפרד מקלואי בגלל שהוא מאמין שהיא עדיין לא התגברה על רגשותיה כלפי…

לאחר שלויס מנסה שפתון שעשוי מקריפוטונייט אדום, היא מפתחת תשוקה עזה לקלארק ומנשקת אותו. כעת הקריפטונייט האדום גורם לקלארק הרשע לפרוץ החוצה ולנסות להרוס את ארוחת הנישואין של לקס ולאנה…

קלארק מתעורר במוסד לחולי-נפש, האחראי במקום אומר לו שהוא נמצא שם כבר 5 שנים. בנוסף, מרתה נשואה לליונל לות'ר, קלואי נחשבת למשוגעת ולאנה בחרה בקלארק על פני לקס. אך הכל…

בזמן פריצה למעבדה של תעשיות לות'ר "פלאש" נתפס ומעונה ע"י לקס, קלארק יוצא על מנת להציל אותו אבל מובס בעזרת קריפטונייט, קלואי הולכת לאוליבר לבקש ממנו עזרה וליגת-הצדק המחודשת יוצאת…

כתבת רכילות בדיילי פלאנט מנצלת את יכולתה כדי להקשיב לשיחה בין לאנה וקלואי, שבה לאנה מביעה היסוסים לגבי הצעת נישואיו של לקס. לויס מבקשת מקלארק לעזור לה לחשוף את זהותו…

קלארק מגלה שזונאר נחת באזור סיאטל וזרע הרס. בזמן שקלארק חוקר את המקרה הוא נתקל בפאנטום ששואב את העצמות מגופם של האנשים. בינתיים, מטופל בעל היכולת להשתנות לתדרים אחרים, בורח…

קלארק המום לגלות שהשכן שלו ג'ד מקנלי מחזיק במהגרים לא חוקיים בשבי ומכריח אותם לעבוד בחווה שלו. מרגיש אשם מכך שהוא ה-"מהגר הלא חוקי האולטימטיבי", קלארק מבקש עזרה מאימו מרת'ה…

קלארק מגלה שהחץ הירוק נורה בזמן שניסה להציל זוג שמכוניתם נגנבה, אבל אוליבר מסרב להודות שהוא נפצע. קלארק וקלואי חוקרים ומגלים שאוליבר נוטל סם חזק ומסוכן שגורם לגופו להחלים במהירות…

קלארק מגלה שראיה הצליחה לברוח מ-"אזור הפאנטום" ומגיעה לסמולוויל כדי לפגוש אותו. השניים מתקרבים וראיה מלמדת אותו איך להחזיר את מבצר הבדידות. אך, בארן, שגם הוא ברח מ-"אזור הפאנטום", מחפש…

לקס ואוליבר מגיעים לפגישת מחזור ונדהמים כאשר הם מגלים שחבריו של אוליבר נהרגים בדרכים מסתוריות. בינתיים קלארק רואה תמונות לווין שמראות עוד 4 יצורים שברחו איתו ביום שבו הוא נמלט…

לויס מבחינה בחץ הירוק בעודו גונב שרשרת יהלום יקרה מצאוורה של מרתה ונשבעת למצוא את האדם מאחורי התחפושת. קלארק חוקר קצת בעצמו ומגלה את זהותו. בינתיים, לקס מבקש מליונל עזרה…