קלואי נמשכת לתוך הימורים מחתרתיים המנוהלים ע"י תלמיד בשם מקסיזפטלק ומפסידה את כל חסכונותיה לאחר שזה משתמש בכוחותיו על מנת לשלוט בכולם. כאשר קלואי מגלה את סודו, הוא חוטף אותה…

קלארק ולליונל מחליפים גוף. כאשר ליונל לומד שלגופו החדש יש כוחות-על הוא מתחיל מיד להשליט טרור בסמולוויל. לכוד מאחורי סורגים, קלארק חייב למצוא דרך על מנת להשיג את גופו ואת…

קלארק יוצא במרדף מהיר בעקבות גנב, אך נדהם כאשר הוא לא מצליח לתפוס אותו. הגנב, הידוע בכינוי "פלאש", מופיע מאוחר יותר בחווה ומנסה לשכנע את קלארק לעזוב את סמולוויל. לקס…

קלארק ולויס חוקרים את הרצח של קלואי, אבל נעצרים ע"י אביה של לואיס. לואיס חושדת שאביה יודע יותר ממה שהוא מספר וקלארק מגלה שהוא היה עד לא מזמן בקשר עם…

קלארק מחליט להצטרף לקבוצת הפוטבול ומקבל את עמדת הקווטרבק לאחר שקודמו התנפל על ג'ייסון בגלל בחורה. קלארק ולויס חוקרים ומגלים שיש גורמים בקבוצה שמשפיעים על השחקנים בלי ידיעתם.

אחרי שגילו שגופתה של קלואי אינה בקבר, מתחילים קלארק ולויס לחקור, אך אביה של לויס, גנרל ליין עוצר בעדם. הם חושדים שהגנרל יודע יותר משהוא מספר ושיש לו קשר עם…

קלארק חוזר לסמולוויל כקאל-אל. לויס ליין מגיעה לסמולוויל כדי לחקור את מות בת דודתה, קלואי סאליבן. לאנה שבה מפריס וג'ונתן שקוע בתרדמת בבית החולים. ליונל לות'ר ממתין למשפטו בבית הכלא.

בפרק האחרון לעונה, קארה, נערה בעלת כוחות מקריפטון משכנעת את קלארק להצטרף לאביו הביולוגי ולאמץ את גורלו. ג'ונתן מגלה לקלארק מה היתה העיסקה שעשה עם ג'ור-אל. יחסיו של קלארק עם…

קלארק מחליט לגלות את סודו ללאנה כדי שיוכלו להיות יחד. סוכן אפ-בי-איי מושחת חוטף ומענה את פיט כדי שיגלה לו את סודו של קלארק. לקס נלחץ כשהאפ-בי-איי דורש ממנו להעביר…

ג'רמיה, אינדיאני קיוואצ'י גונב סכין מקודשת מהמערות ומקבל כוחות דומים לשל קלארק. ג'רמיה מאמין שהוא דמות שהוזכרה בנבואות אבות קדומים ויוצא להרוג את ליונל. קלארק מנסה לעצור בעדו.

לקס בטוח שמידע חשוב על עברו של אביו אבד לו כשזכרונו נמחק, והוא מצטרף למחקר של ד"ר גארנר כדי לשוב ולזכור. קלארק יודע שאם לקס ישיב את זכרונו הוא יזכר…

קלואי חודרת ללות'רקורפ ושואפת בטעות גז קריפטונייט. היא מגלה שאנשים מתחילים לספר לה את סודותיהם הכמוסים ביותר, ומחליטה לנצל את ההזדמנות לנסות ולגלות את האמת על קלארק.

כשג'ונתן מתחיל להתנהג מוזר, קלארק חושב שג'ור-אל שולח לו מסרים דרך המפתח ושבגללו ג'ונתן התרחק ממשפחתו. ליונל מגלה את קלארק במערות, ומנסה לרקום עסקה עם ד"ר סוואן לגילוי סודותיו.

קלארק מקבל שיחת טלפון היסטרית מלאנה ושומע יריית רובה, לפני שהקו נותק, אך כשהוא מגיע לטאלון הוא משתומם לגלות את לאנה בריאה ושלימה. קלארק מנסה להבין מה קרה, וכיצד יוכל…

בעוד אביו ממתין לניתוח, קלארק מתיידד עם גארט, נער שאחיו, וינס, מת ממחלת כבד, אך לפתע וינס מופיע כשהוא בחיים. המצב מסתבך כשהכבד של וינס כושל וגארט דורש את הכבד…

אלישיה, תלמידה מבית ספרו של קלארק, מתגלה כבעלת כוחות מיוחדים. היא וקלארק מפתחים קשר מיוחד דרך הסודות שלהם, אך אז היא מתחילה לפתח אובססיה כלפיו ואינה מוכנה לחלוק אותו עם…

למורת רוחו קלארק נאלץ לסייע לפיט, המסרב להפסיד במירוץ הכבשים ומשום כך מקבל איומים מהביריונים שמנהלים את המירוצים. בינתיים, ג'ונתן מתחיל לסבול את תוצאות העסקה שעשה עם ג'ור-אל.

קלארק מגלה שחבר לכיתתו מסוגל לנבא את העתיד, אך נחרד לשמוע ממנו שלאנה עתידה למות בשריפה בימים הקרובים. קלואי חוקרת את התנהגותו המוזרה של אדם, ועולה על כמה תגליות מטרידות.

קלארק ולאנה מנסים לרצוח את קלואי מסיבות בלתי ברורות לאחר שקיבלו מייל מסתורי ממרכז סאמרהולט. קלארק חייב לגלות את מקור האי-מיילים ואת הסיבה למעשיהם. לאנה מחליטה להשכיר את הדירה לאדם.

קלארק מתעוור זמנית לאחר שהוא מנסה למנוע שוד וכתוצאה מכך הוא מפתח יכולת שמיעה יוצאת דופן, המפצה על אובדן הראיה. המצב מסתבך כשמסתבר שקלארק לא מצליח לשלוט לגמרי בכוחו החדש.

לקס מאתר אדם שיעיד בביהמ"ש על עסקיו הפליליים של אביו, אך מישהו מנסה להתנקש בחייו. קלארק נחלץ לעזרתו של לקס, אך לא מוצא שום עדות לניסיון ההתנקשות. זאת, בנוסף לטענתו…

לקס מתחיל לאבד את שפיותו ומאשים את אביו ואת מורגן אדג' ברצח הסבים שלו. הוא חושב שהם מסממים אותו כדי שישתגע ולא יגלה את סודם, והוא מעמיד את קלארק במצב…

קלארק לא מבין מדוע לאנה נמשכת לתלמיד מסוים ומתחילה להתנהג באופן מרדני, שגורם לכליאתה. עד מהרה מתברר שלתלמיד בו לאנה מאוהבת, יש כוחות מיוחדים. לקס מנסה להיעזר בקלואי כדי לפעול…

דודה של לאנה, שהורשע ברצח אישתו לפני 40 שנה, מראה ללאנה תמונה של אדם. שהוא מאמין כי הוא הרוצח האמיתי הבעיה היא שהאדם בתמונה נראה בדיוק כמו קלארק.

קלארק חולם שנערה רודפת אחריו מסתבר שזו היא שכנה שלו שהתעלפה והייתה צריכה להתעורר לפני שנים. גם לאנה מגלה את הדבר וכעת נמצאת בסכנה, בעוד שליונל מכריח את לקס לעבור…

עיתונאי שהקריירה שלו נהרסה ע"י ליונל לותר, מגיע לסמולוויל בחיפוש אחר סיפורי חייזרים עבור תוכנית הטלוויזיה שלו. הוא מתמקד בקלארק ומכין תכנית מסוכנת כדי לגלות אם יש לו כוחות על.

קלארק מגלה שמישהו שהופשע מהקריפטונייט צד אנשים והטרף הבאה היא לקס. אולם קלארק מציל אותו אך הצייד מגלה את חולשתו ויורה בו עם כדור קריפטונייט.

קלארק חוזר לסמולוויל אך הפושעים ממטרופוליס ממשיכים לרדוף אותו. הוא מחליט שלא יוכל לנהל מערכת יחסים עם לנה. גם לקס חוזר מהאי הבודד ומגלה תגלית מפתיעה.

תחת השפעתו של הקריפטונייט האדום קלארק חי חיי פשע בעיר מטרופוליס בעוד שחבריו והוריו מחפשים אותו. בכדי להחזיר אותו ג'ונתן צריך לשלם מחיר גבוהה.

לקס והלן מתחתנים אך המטוס שלוקח אותם לירח הדבש מתרסק. קלארק מסרב לקבל את ייעודו ומחליט להשמיד את החללית, אך הוא בכל זאת לא מצליח להימלט מגורלו…

ד"ר וולדן מתעורר מהתרדמת שלו ומספר ללקס ולליונל שקלארק הוא חייזר ושיש להשמידו.

קלארק מגלה שנער מביה"ס שלו שדד סלעי מטאור מליונל לותר, והוא משתמש בהם ליצור סם מגביר כוח. הוא יוצא להיאבק בנער, אך נאלץ להתמודד עם קבוצת אנשים בעלי כוח דומה…

לאחר שלאנה מקבלת ביקור מרוח הרפאים של חברת ילדות, היא פונה לקלארק לעזרה בחשיפת האמת לגבי האורחת החדשה שלה.

לאחר שלאנה כמעט נתקפת על ידי תלמיד, קלארק מאבד שליטה ופוצע אותו. כאשר משפחת קנט נתבעת על נזקים שעלולים לעלות להם בחווה, קלארק מתחיל לערער לגבי כוחותיו בזמן שהוא צריך…

לאחר שחבר לכיתה טוען שהוא אינו מכדור הארץ ואף מגבה זאת באמצעות שימוש בחימום על ידי מבט, קלארק חוקר ומתחיל להאמין שהבחור הוא למעשה מכוכבו שלו -קריפטון.

ד"ר וירג'יל סוואן (כריסטופר ריב, "סופרמן" בסדרת הסרטים), מדען מסתורי אשר מחזיק הודעה לקלארק מכוכב הולדתו, נחוש לגלות מהיכן הגיע. קלארק יוצא לניו-יורק על מנת לפגוש את ד"ר סוואן.

קלארק מזדרז למצוא תרופה לאחר שמרתה נדבקת בוירוס רעיל וניכנסת לתרדמת, אך בניסיונו אף הוא נדבק .ומציאת התרופה תלויה עכשיו בג'ונתן.

פיט וקלואי נדבקים בתולעת הגורמת להם להפוך להרפתקנים תאבי סיכונים, ופיט אף משתמש באבני קריפטונייט אדומות כדי לשכנע את קלארק להצטרף אליהם בהרפתקאותיהם.

לקס מוצא את לוקאס, הבן אשר ליונל נתן לאימוץ, ומביא אותו הביתה בתקווה ששניהם יוכלו להתאחד נגד אביו.

לאחר שליונל נורה ונפצע, ג'ון נעצר באשמת ביצוע הפשע, אך קלארק ופיט מנהלים חקירה משלהם ומגלים שליותר מאדם אחד הייתה הזדמנות ומניע לפגוע בליונל, לרבות לקס.