כאשר הקצין וויילי נרצח לפני שהספיק לאסוף מידע אודות סוכן הנשק המושמץ אגה באייאר, גיבס משתלט מייד על התיק.

ד"ר רוברט בנקס, פסיכולוג של הצי, נמצא מת. נדמה שמדובר בהתאבדות אך הצוות פותח בחקירה.

כאשר קצין בצי נמצא מת עם תחפושת יוצאת דופן מתחת למדיו, טוני נאלץ לעבוד עם ארוסתו לשעבר כדי לאתר את הרוצח.

הצוות חוקר את מותו של קצין בכיר בצי שגופתו נמצאה באתר בנייה.

גיבס נורה במהלך עצירה שגרתית במעדנייה, והדבר גורם לו לראות דברים מזווית קצת אחרת.

חקירת רציחתו של קצין בצי מוביל את הצוות אל איי-ג'יי בארט שמוביל אותם לפתיחת התיק של הסוכן סטראטון.

כשקפטן בחיל הים נרצח בבית מלון, הצוות חוקר ומגיע ליעד האמיתי של הרוצחים, אישה בהיריון שמשרתת בחיל הנחתים ואשר התינוק שלה הוא היורש היחיד של אדמה במיקום אסטרטגי.

אביו של טוני מואשם ברצח וטוני מושעה במהלך החקירה כשנאסר עליו להתערב בה.

גיבס וזיוה נוסעים לאפגניסטן בחיפוש אחר גבריאלה פלורס, שם הם מגלים כי גבריאלה נמצאת בצרות.

גיבס ופורנל מקבלים פנייה מדיאן, אשה ששניהם הכירו בעבר, כאשר בעלה הנוכחי נעלם בנסיבות חשודות.

מטוס תובלה ב-130 המוביל גופות של חיילים שנהרגו באפגניסטן מתרסק, והצוות חייב לזהות במהירות את הגופות.

מותו של קצין בצי מתברר כרצח כאשר מתגלים נתונים חדשים על המקרה.

אביגיל בורין חוזרת לצוות בעת שקצין של חיל הים נורה למוות בעודו בודק ספינת מטען שהגיעה לנמל.

חברי הצוות חייבים להגן על מפקד בצי כשהם מגלים שמישהו מנסה להרוג אותו.

חייל מארינס בשם תומאס היל מתמוטט במסיבת חזרתו הביתה, לאחר שסומם ונדקר טרם הגעתו. הצוות חוקר מי אחראי לעניין.

הצוות נקרא לחקור את המקרה של פול בות' – קצין בחיל הים שנורה למוות בפארק לאחר ששוחח עם אשתו ההרה.

בפתיחת העונה התשיעית, טוני נורה ולא זוכר דבר. הוא עובד עם גיבס וד"ר קרנסטון בנסיון לזהות את התוקף שלו.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות עלו על זהותו של הרוצח הסדרתי, שמכין להם מלכודת אחרונה משלו.

בעודם רודפים אחרי הרוצח מנמל אל נמל, מגיע אל חברי הצוות מידע לפיו ייתכן והוא הסתנן אל שטחי הצי.

הצוות חוקר מקרה רצח בפנטגון שנתפס בעין המצלמה. העסק מסתבך כאשר הרוצח נמצא מת.

הסוכן אנתוני דינוזיו נאלץ לנבור עמוק אל עברו כשוטר בבולטימור, כאשר שותפו לשעבר נרצח.

גופתו של מלח נמצאת בים כשהיא עטופה בניילון, והסימנים כולם דומים לדפוס פעילותו של רוצח סדרתי מסויים.

הודעה שמתקבלת מידי קצין לשעבר שולחת את הצוות לחפש אחר כתב יד המכיל סודות צבאיים חשובים.

ואנס ממנה את הצוות לחקור מקרה של נער מכור לסמים המואשם ברצח אביו.

חברי הצוות מגלים שאחד מהיועצים שלהם לשעבר נמצא מת לאחר שנרצח באכזריות בדקירות.

מספר שיניים עקורות וכמה אצבעות קטועות שנמצאות בתוך תיק, גורמות לצוות לפתוח בחקירה כשמתברר שהן שייכות לחייל מארינס.

קצין נמצא מת על סירתו, כשהסימנים מראים שככל הנראה נרצח. חברי הצוות פותחים בחקירת המקרה.

נסיון התנקשות כושל בשר ההגנה של בלגראביה מאלץ את חברי הצוות לשמור באופן הדוק על בתו.

חברי הצוות חוקרים את מותו של חייל מארינס שגילה כי אשתו עברה התעללות.

קצין של חיל הים נרצח במהלך יריד גיוסים בקולג', וחברי הצוות ניגשים לחקור את המקרה.

חברי הצוות חוברים לקצינה של משמר החופים כדי לחקור את רציחתו של קצין חיל הים במהלך שיט המשולב בארוחת ערב.

גיבס מגיע לזירה ומוצא את הדר מת, ואנס פצוע קשה ואלי נעדר.

הצוות חוקר את היעלמותו של קצין בצי, שהוא העד היחיד במשפט רצח העומד להיפתח.

הצוות מופקד על שמירתו של אלי דוד – ראש המוסד ואביה של זיוה, במהלך ועידה של היחידה.

בעודם חוקרים את רציחתו של מפקד וותיק, חברי הצוות נתקלים בחלק של פצצה אטומית ישנה מתקופת המלחמה הקרה.

הצוות חוקר את מותו של חוקר של חיל הים, שנפגע על ידי אוטובוס באמצע הרחוב.

הצוות חוקר את מותם של שדר רדיו וקצין של חיל הים – שנהרגו שניהם במהלך שידור חי, כשרשימת החשודים ארוכה במיוחד.

חברי הצוות מעורבים בתקרית דיפלומטית בינלאומית כאשר הם חוקרים את מותו של קצין אמריקני, שקשור לאונייה של בית המלוכה הבריטי.

נערה צעירה נחטפת מחטיבת הביניים בה היא לומדת בבסיס המארינס של קוואנטיקו וחברי הצוות פוצחים בחקירת המקרה.

חברי הצוות נענים לקריאת חירום לאחר שהת'ר דמפסי, מומחית פצצות של המארינס, יורה למוות בפורץ שפלש לביתה.