הצוות חוקר את מותו של קצין שנהרג בתאונת דרכים, אבל חברי הצוות חושדים שמשהו לא תקין במקרה הזה, כיוון שהקצין שנהרג היה מקושר למועדון קרב מסתורי.

גיבס שולח את דינוזו ואת זיוה לנסות ולפרוץ למתקן צבאי סודי, בטענה כי זהו מבחן לבדיקת המיגון והאבטחה של המתקן.

בשבוע של ליל כל הקדושים, חברי הצוות נקראים לחקור מקרה של רוצח סדרתי המעלה לרשת קטעי וידאו של הפשעים שהוא מבצע.

גיבס והצוות חוקרים שוד בנק בקוואנטיקו. המאבטח של הבנק נורה ונהרג במהלך השוד, אבל השלל היה בסך הכל 27 אלף דולר וגם הוא נשרף כליל ברכב המילוט.

זיוה מתוסכלת כשהיא לא מצליחה להשיג כרטיס טיסה לישראל. הצוות נקרא לחקור את המקרה של אדם שנדקר למוות במוסך שלו.

הצוות חוקר מקרה של קצין שנרצח ומגלה כי הוא מגיע במקור מעיירת הילדות של גיבס. כל תושבי העיירה מאמינים כי הקורבן כבר היה מת לפני כן.

כששני רוכבי אופניים מוצאים גופה בנהר, הצוות פותח בחקירה ומגלה כי הקורבן הוא קצין בכיר שניהל רומן עם הסנטור פטריק קיילי, ששירת בעבר בחיל הנחתים לצד גיבס.

גיבס והצוות החדש שלו חוקרים מקרה של קצין שנרצח, בעוד גיבס מגלה שזיוה נפצעה בפיצוץ שקשור למקרה החקירה. בנוסף הוא מגלה שליאון היה מעורב בחקירה שלה.

בעודו מוצב על נושאת המטוסים "סי-הוק", טוני מגלה שאחד מקציני הצי התאבד על ידי קפיצה מהספינה, כשהוא מותיר אחריו את המדים שלו על הסיפון.

בפרק האחרון לעונה, הצוות ממשיך במירוץ נגד השעון בציד אחר הרוצח שרצח אחד משלהם.

הסוכנים מחפשים אחר רוצח שרצח אחד משלהם, ונמצאים כולם בסכנה גדולה.

פאלמר מזהה רוצח מסתורי כאדם מעברו, ונהיה המטרה המרכזית שלו.

לאחר שתקיפה בבגדד נקבעת כרצח, שני סוכנים נשלחים ללב עיראק כדי לנהל את החקירה.

זיווה יוצאת למשימה תחת זהות בדויה, אך חייה נתונים בסכנה כאשר הרוצח שהצוות עוקב אחריו מתחיל לחשוד בה.

סוחר נשק נמצא מת, וה-אף-בי-איי חוקר את צוות האן-סי-איי-אס. ג'ני שפרד הופכת לחשודה העיקרית.

הצוות בוחן תקיפה אכזרית של כלב, ואבי מסכנת את הקריירה שלה כדי להוכיח שהכלב חף מפשע. גיבס מתקרב בינתיים אל הסוד שג'ני מסתירה.

הצוות נמצא במעקב אחר מחסן, שציוד רדאר נעלם ממנו, ועד לרצח. בינתיים, לדאקי יש סוד שהוא לא מספר לסוכנים האחרים.

חייל מארינס מוסלמי נמצא מת ליד מסגד. מתוך כבוד למשפחה, דאקי מסרב לבצע נתיחה שלאחר המוות.

הצוות מטפל בילד בן 9 שאביו, אדם מבוקש, נעדר. במהלך החיפוש נחשפים פרטים חדשים מעברו של האיש.

הצוות מגלה שחייל מארינס לוקח חלק בניסוי שמטרתו ליצור "חייל-על".

במהלך חקירה אודות מותו של אדמירל בחיל הים, הצוות פוגש באישה המחפשת אחר בעלה הנעדר, פליט פוליטי אפריקאי.

גיבס עוזר לחברה של בתו, שעדיין מתמודדת עם מותה מלפני 15 שנה. במהלך החקירה, גיבס נתקל בפרט מפתיע לגבי המוות שלה.

הצוות חוקר מוות מסתורי על פני ספינת מחקר סודית. החקירה חושפת סוד המעמיד את חייהם של חברי הצוות בסכנה.

הצוות נקרא לעזרה כאשר קצין בחיל הים מאיים לקפוץ מגג בניין. ניסיון ההתאבדות הופך במהרה לחקירת רצח.

גיבס ומאן משתפים פעולה בחקירה אודות מפקד במארינס שהייתה לו גישה למידע מסווג. החקירה מסתבכת כאשר מסתבר שאחת העדות היא אשתו לשעבר של האיש.

דאקי בוחן גופת גבר, ומגלה שהאיש נרצח והיה קשור לפושע גאון.

במהלך ניתוח גופה, דאקי מגלה משהו ששולח את הצוות לחיפוש אחר ילד נעדר, ואילו טוני מתמודד עם רגשותיו כלפי ג'ין.

בפתיחת העונה החמישית, צוות אן-סי-איי-אס נכנס לעימות מסוכן עם סוחר נשק, המסתיים בצורה הרסנית.

פרק 24 ואחרון לעונה. גיבס מנסה לפענח למה הסוכנים מתבקשים לעבור בדיקת פוליגרף, בעוד טוני וחברה שלו מוחזקים כבני ערובה בידי סוחר סמים.

גיבס דוחה את עבודת הניירת שלו על מנת להוביל את חקירת הרצח של אישה שנמצאה במונית בדרך למפקדה. בינתיים, ג'ני חושפת סוד בנוגע לעברה.

צלם עיוור מצלם בטעות רצח של קצין זוטר. עם ראיות מעטות, הוא מנסה לשחזר את זירת הרצח. בינתיים, גם גיבס וגם טוני חווים בעיות במערכות היחסים שלהם.

שפרד מסכנת את חייה ומסכימה להיפגש עם מודיע לבד, אך המפגש מתפוצץ כאשר המודיע נהרג. גיבס והצוות מנסים לאסוף את המידע שהאיש התכוון לספק להם.

מקגי בהלם כאשר הוא מגלה שקצין שעליו ביסס את ספרו נרצח. לצוות אין יותר מדי כיוונים לחקירה, ומקגי צריך למצוא את כל מי שהייתה לו גישה לכתביו הסודיים.

שיחה אנונימית שהייתה אמורה להוביל לתפיסתם של טרוריסטים מתבררת כמלכודת, וגורמת למותם של שני סוכנים. הצוות מנסה לאתר את האחראים, בעזרתה של סוכנת המאשימה את עצמה בטרגדיה.

קבר בבית קברות צבאי מתפוצץ, ובתוכו חלקי גופות. הצוות יוצא לחפש אחר רוצח סדרתי שאוהב לבתר את קורבנותיו. בינתיים, אבי מתמודדת עם אכזבה אישית, ונפתחת רק בפני גיבס.

חייל מארינס שנחשב כמת, מתעורר על שולחן הניתוחים של דאקי. מבט אל עברו מגלה טיול סודי לבגדד על מטוס פרטי, וקשר לעברו של גיבס.

מפקח מטעם הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית מבקש מהסוכנים לפתור עבורו רצח – את הרצח שלו עצמו. האדם, חולה וגוסס, יודע שהורעל ורוצה למצוא את האחראי לכך. זיווה בטוחה שהיא מכירה…

גופתו של מלח נמצאת במסעדה נטושה, והסוכנים עובדים עם שוטרים מקומיים. אחד מהם דומה מאוד לטוני באישיותיו, וטוני נפתח בפניו ומתוודה על רגשותיו כלפי ג'ן.

סוחר נשק עושה עסקה עם הסוכנים, ומסכים לתת להם את שמו של סוחר בכיר שבידיו המערכת הלוויינית המוצפנת של חיל הים. החקירה מצריכה אדם אנגלי כבן 60, ודאקי נשלח למשימה.