עצמותיה של גופת אישה נמצאות בלוקר אחסון של חייל שנהרג בעיראק ושעשוי לקבל אות גבורה לאחר מותו. הראיות מרמזות שהוא רוצחה של האישה.

קצינה עם בעיות פסיכולוגיות טוענת שמפלצות רודפות אחריה, ולגיבס יש תחושה שהיא מצויה בסכנה אמיתית.

קצינה בחיל הים נמצאת מתה בתחרות ביקיני בה תכננה להשתתף. הצוות חושד באסיר שהשתחרר לא מזמן, אשר שלח לה מכתבים.

היחידה חוקרת מקרה מוזר של קצין זוטר בוושינגטון שקיבל חבילה מפרגוואי, ובה עיניים אנושיות.

ברמן שמתעורר במיטה עם אישה מתה טוען שהיא אינה האישה שחזר איתה הביתה בלילה שלפני כן, למרות שהיה שיכור באותו הזמן.

אישה הטוענת שהייתה עדה לרצח של מלח בדירה שממול דירתה, מתקשה לגבות את טענתה עם הוכחות ממשיות. ועדיין, למקגי יש תחושה שהיא מספרת את האמת.

הצוות פותח בחקירה חדשה, לאחר שחייל מארינס נמצא מת בתחתית צוק במהלך טיול קמפינג עם אשתו וחברו הטוב.

שלוש גופות מבותרות מתגלות במיכלים, ודאקי חושב שישנו קשר ביניהן לבין משפט רצח ישן שדורש את עדותו.

נציג טלמרקטינג מודיע לצוות על רצח כביכול של חייל, שהיה עד לו בטלפון, והמקרה מצליח לבלבל את הצוות. קייט בהלם עוד יותר משיתוף הפעולה עם בלש חוקר וחברי הצוות שלו…

בלש פרטי מפורסם מתערב בפרשה עליה עובד גיבס, בה נחשפה גופתו של קצין בחיל הים שנעדר במשך שנתיים, ושמשפחתו מציעה פרס למי שיספק תשובות לגבי מותו.

טוני מעמיד פני אסיר נמלט במבצע חשאי. הוא מחובר באזיקים לגנב, שעשוי להוביל אותו אל סחורות עיראקיות גנובות. במהלך המבצע, טוני נעלם מהרדאר של היחידה.

מפקד בחיל הים שעבר ניתוח לב פתוח מתאושש, ולפתע עולה באש. הצוות של גיבס נקרא לפענח את המקרה.

אשתו של חייל מארינס יורה באדם שפרץ לביתה וניסה לאנוס אותה. הצוות של גיבס חושף קשר מסתורי בין האישה לתוקף שלה.

חייל מארינס מבוגר מודה שרצח את חברו 60 שנה לפני כן, אך גיבס מאמין כי יש פרטים נוספים העשוים לטהר את שמו.

הצוות מגן על חיילת משוחררת שלחמה בעיראק, המקבלת איומים על חייה.

מותו של אזרח באתר הריסה של הצבא מוביל לגילוי גופות נוספות, ולמסקנה כי רוצח סדרתי נפטר מקורבנותיו בשטח זה.

שני יורדי ים נתקלים בגופתה של מפקדת בחיל הים, וגיבס והצוות שלו מזדרזים לקבוע את זהותה של האלמונית.

הצוות מנסה לפענח מה קרה לאישה שגופתה נמצאה חנוטה כמומיה, אזוקה בחדר תת קרקעי בבסיס צבאי נטוש. החשש הוא שהרוצח יבצע רצח דומה עם קורבן נוסף.

הליקופטר של המארינס נמצא נטוש במעגל תבואה קרוב לחווה, ושני הטייסים נעדרים…

בפרק הפותח את העונה השנייה, הצוות מנסה לעזור למפקד בחיל הים שעובד עבור הפנטגון, אשר בתו העיוורת ואשתו נלקחו בנות ערובה על-ידי אדם הדורש כופר של 2 מיליון דולר.

פרק 23 ואחרון לעונה. הטרוריסט מ-"בט נואר" חוזר עם תכנית לתקוף את הנשיא. גיבס והצוות עוקבים אחר רמזים כדי לחשוף את זהותו, ולמצוא את קייט הנעדרת.

גופתו של חייל מארינס מתגלה לאחר מסיבה במועדון לילה לא חוקי, והצוות חוקר מספר כיוונים – כולל סחיטה ומוות מקרי.

טרוריסט מחזיק את דאקי, ג'רלד וקייט בני ערובה, בזמן שחברי הצוות מנסים לפענח איך בדיוק חבר ארגון הטרור מצא עבודה בתוך בסיס חיל הים.

גיבס מסכן את הקריירה שלו כאשר המפקד שלו לשעבר נאשם בגניבה במהלך משימה בעיראק.

רופא שיניים של חיל הים עוצר לעזור לאדם שמכוניתו נתקעה – וזה שולף אקדח. הצוות חוקר את הרצח עם עזרתו של שריף מקומי ומגלה מקרה רצח דומה.

הצוות חוקר את מותו של קצין גיוס של המארינס, אשר נורה למוות על-ידי צלף שהותיר מאחוריו נוצה לבנה.

מפקד בחיל הים, שהיה יועץ טכני עבור חברה חיצונית, נמצא מת על החוף. הצוות חוקר את מותו באמצעות טכנולוגיית לווין.

הצוות נקרא לפענח כיצד רגל ועליה קעקוע של המארינס הגיעה לפח אשפה. המקרה מוביל את חברי הצוות לעיירה קטנה, שם הם מגלים מזימת רצח.

אישה שנקברה בחיים חופרת את דרכה מחוץ לקבר, והדבר היחיד שהיא זוכרת הוא שיש פצצה על ספינת חיל הים. הצוות מנסה לעזור לאלמונית להיזכר בזהותה, ומגלה שהדברים אינם תמיד כפי…

אלמנתו של חייל מארינס מקבלת שיחת טלפון מבעלה המת, והצוות בודק האם זו הייתה מתיחה.

מתרגם של חיל הים מת באופן מסתורי, זמן קצר לאחר שחזר לארה"ב מגוונטנמו ביי. החקירה לוקחת את הצוות אל קובה.

גופת צוללן נמצאת באמבטית חומצה, וגיבס מתחיל לחשוד שטרוריסט גנב את זהותו של האיש.

מפקד בחיל הים שהוכרז כנעדר 10 שנים לפני כן, נמצא על-ידי צייד. כאשר חברי הצוות מגיעים לזירה, הם מגלים שהוא נחנט כמומיה. כעת עליהם לענות על השאלות: מה קרה לו…

סוכן אן-סי-איי-אס שעבד תחת גיבס מבקש את עזרת הצוות בחקירת פרשה של מלחים המתים ממנות יתר של סמים, אך אין להם שום היסטוריה של התמכרות לסמים.

גופתו של יורד ים נמצאת בקרקעית האוקיינוס, כשהוא לבוש במדיו הלבנים ומצויד בחרב טקסית. הצוות מגלה שהוא היה מכור למשחקי תפקידים, תחביב שאולי עלה לו בחייו.