וולר וג'יין עובדים יחד עם אדם מסתורי מעברה של ג'יין כדי למצוא מישהו שנעדר. הצוות נמצא במירוץ נגד הזמן בניסיון לעזור עסקת נשק גדולה.

בת הזוג העיתונאית של ריד עוזרת לצוות לסכל פעולת טרור.

למרות מריבות הקשורות לחייהם האישיים, הצוות חייב למצוא דרך לעבוד יחד כדי לאתר יצרני נשק גרעיני.

חברי הצוות עובדים ביחד ומנסים לחסל אויב. סוד אפל מאיים להפריד בין וולר לבין ג'יין לתמיד.

הצוות מתחיל פעולה סמויה מתוך דירתם של וולר וג'יין. קעקוע מוביל את הצוות לרופא שמסתיר סוד.

הצוות יוצא למשימה סמויה כדי לעצור טרוריסט מלבצע פיגוע. רומן סוחט את וולר עם סוד נורא על ג'יין.

ג'יין נלחמת בסוד מעברה המאיים לצוף בחייה, והצוות נמצא במירוץ נגד הזמן כדי למנוע משבר בינלאומי.

הצוות רודף אחרי מחבל מסוכן המשליט טרור על מנהטן. ג'יין מגלה סוד מזעזע על ילדותה.

בעוד וולר וג'יין מנסים לאתר קבוצה של האקרים מסכונים, פטרסון וריץ' מוכרחים לשתף פעולה כדי להסתיר סוד גדול מעברם.

בעוד הצוות מתרגל לדינמיקה החדשה ולקעקועים החדשים, הם נאבקים בכוח זר ומסוכן המנסה להשתלט על לווין.

שנה וחצי אחרי שדרכיהם נפרדו בצורה מסתורית, צוות האף-בי-איי מתאסף שוב בעקבות משבר חדש.

פרק אחרון לעונה. בעוד שבאף-בי-איי מתמודדים עם הטרגדיה שקרתה, הצוות עדיין מנסה לעצור את שפרד מלגרום נזק בלתי הפיך לאומה שלמה. עתידה של ג'יין בצוות נראה לא ברור.

הצוות מצליח לשבור כמה מחברי סנדסטורם. ריד מבקש לקבל העברה לקוונטיקו. וולר מצליח להבין מהו "השלב השני".

פרק אחרון לעונה. וולר מנסה למצוא תשובות בהצהרה קורעת לב שמצא, בעוד ג'יין מנסה למצוא תשובות אצל חשודה לשעבר.

זפאטה נשלחת לכלא ביחד עם דבון, סוכנת בצוות "סופת חול". ג'יין מתוודה בפני וולר על מעשיו של רומן.

וולר וג'יין יוצאים למשימה חשאית מסוכנת כדי להשיג את שני המסמכים המסווגים ביותר בעולם. שפרד טסה לתאילנד כדי להשיג נשק קטלני, אך התוכנית שלה משתבשת. ריד מגיע לשיחה עם וולר.

הצוות מגלה תינוק נטוש הנושא את אותו הקעקוע שיש לג'יין.

האקרים פורצים לרשת המאובטחת של האף-בי-איי, משתלטים על המערכת וכולאים את הצוות בתוך הבניין.

וייץ מתחקר את חברי הצוות אחד אחד, נחוש בדעתו להפליל אותם. הצוות מנסה למצוא את הקשר בין קעקוע נוסף על גופה של ג'יין לבין מקרה מוות מסתורי בבית אומנה.