עונה רביעית לדרמת המתח. אחרי שהנדסו בריחה מהכלא הסיוטי "סונה" בפנמה, האחים מייקל סקופילד ולינקולן בורוז נחושים לנקום בארגון הצללים "החברה", הארגון שאחראי להרס חייהם.

בפרק סיום העונה, מייקל ולינק תופסים את ויסלר ומשנים את מקום הפגישה עם סוזן. הסוהרים מענים את סוכרה ומנסים להוציא ממנו מידע בנוגע למיקומו של מייקל. טי-באג מנסה לנצל את…

בגלל הגשמים יש קשיים בחפירת המנהרה, מוכרחים לצאת באותו לילה. לינקולן צריך לנתק את האורות שמקיפים את הכלא והבורחים אמורים לנצל פער של 30 שניות עד להפעלת הגנרטור, כדי לעבור…

הבריחה מסונה יוצאת לדרך. מייקל נותן לטי-באג, לוצ'רו ובליק לברוח ראשונים ונראה שתוכנית הבריחה של מייקל לא תצא לפועל. לוצ'רו חוטף כדור בעוד ניסיון בריחה שאי אפשר לדעת מה עומד…

סמי משתלט על הכלא ומוציא חוזה על מייקל. טי-באג משכנע את בראד להרוג את סמי בזירה. סוזן בי מאיימת על סוכרה שאם לא ימסור לה מידע על לינק היא תפגע…

מייקל מסרב לשתף פעולה עם מפקד הכלא גנרל זוואלה ונשלח לבידוד ב-"תא החום" תא קטן ושקוף בשמש הקופחת. מהון חוזר לכלא. טי-באג רוצה שמהון יחסל את סמי ומסכם עם ויסלר…

המפעיל של סוזן לא מרוצה מהתקדמותה ופוקד עליה להפעיל תכנית חילוץ שעלולה לסכן את מייקל. סופיה מגלה פרטים חדשים על העבר של וויסלר. מהון מנסה להעיד אבל הגמילה משפיעה עליו.

מייקל משתמש בקרב עם ויסלר כהסחת דעת. הם מנסים לברוח בחסות המהומה, אבל המצב משתבש והם נאלצים להילחם. מעמדו של לוצ'רו כמנהיג הכלא מתערער והוא מאשים את מייקל בכך. העסקה…

יום הבריחה מגיע. מייקל מאיים על ביטול כל עניין הבריחה בתנאי שהוא יראה הוכחה חדה ומוכחת ששרה עדיין חיה. טיג, שעקב אחרי ויסלר, נרצח, והחשד נופל על ויסלר ולמאהון יש…

לכלא מגיע אדם חדש, אנדרו טייג, שמתעקש שהוא מכיר את ויסלר וששמו מקפדן. מייקל מתכנן בריחה לאור יום ומנסה ללמוד את הרגליהם של השומרים. לינק וסופיה מתכננים אמצעי מילוט לחבורה…

לינקולן מקבל חבילה מסוזן שמבהירה לו שכדאי לו ולמייקל להצליח בתוכנית הבריחה. מייקל ממשיך לתכנן את הבריחה ומנסה לבדוק את השטח מחוץ לכלא. טי-באג מנסה להתקדם בסולם הדרגות בצוות של…

ויסלר מספר למייקל איך הסתבך עם החברה. מייקל מנסה ליצור קשר עם שרה אבל הטלפון היחידי בכלא נמצא אצל לוצ'רו ומייקל נאלץ לסמוך על טי-באג שיעזור לו. מהון ממשיך להיאבק…

מייקל מוצא את ויסלר, אבל מתברר שיש פרס על ראשו, וכשמהון מגלה שהוא נמצא בביוב הוא מחליט למצוא אותו ולהסגיר אותו, תמורת שחרורו האפשרי. לינק עוקב אחרי חברתו של ויסלר.

עונה שלישית, כלא חדש, צרות ישנות. סקופילד מצא את עצמו שוב בכלא, הפעם בכלא סונה שבפנמה, בלי תכנית בריחה וללא לינק שקיבל חנינה נשיאותית. האם יכול להיות שהוא שפן ניסיונות…

סוכרה יוצא מביה"ח כדי לחפש את מריקרוז, פוגש את בליק ומנסה להוציא ממנו מידע. מייקל נותן למהון את האנייה. כשקים מגיע למחסן שבו כלא מהון את מייקל ואת לינק מתפתח…

מייקל, סוכרה ובליק נפגשים ליד מלון "פין דל קמינו" כדי לתפוס את טי-באג, אך העניינים מסתבכים. לשרה נערך משפט ומוצעת לה עיסקת טיעון אכזרית.

מייקל ולינק מפליגים לפנמה. סוכרה נאלץ לשתף עם בליק פעולה כי הוא אומר לו שכלא את מריקרוז בבור. וילר נותן לסי-נוט זהות בדויה תמורת עדות נגד מהון. סוכרה מודיע למייקל…

טי-באג מאבד את המיליונים בשדה התעופה במקסיקו. מייקל מצליח להעביר פתק לנשיאה. בליק מוצא את סוכרה וזה מציע לו עסקה. הנשיאה מודיעה הודעה דרמטית.

מהון שולח את בליק למקסיקו לתפוס את סוכרה. מייקל ולינקולן יוצרים קשר עם קופר גרין, איש "החברה" ששהם אמורים לתת לו את הקלטת שמנקה את לינקולן מאשמה. קים מודיע למהון…

מייקל ושרה כמעט נתפסים במועדון הסיגרים אך מגלים שהנרי פופ, חבר במועדון. טי-באג נוסע עם סוזן ועם ילדיה לאלבמה, להקים לעצמו משפחה. בתו של סי-נוט חולה מאוד. סוכרה נפגש עם…

שרה פוגשת את מייקל ולינק ומגלה שקלרמן הוא השותף החדש שלהם. סי-נוט נקלע למסעדה כשמגיע אליה שודד. טי-באג מחליט לעבור עם המשפחה של סוזן למקום אחר. מהון מוציא את בליק…

מייקל, לינק וקלרמן חוטפים צלם טלוויזיה ומצלמים קלטת שבה הם חושפים את הקונספירציה סביב טרנס סטדמן. הקלטת ומעוררת דאגה גדולה אצל קים. הנשיאה מתקשרת לקלרמן. סוכרה ממשיך במסעו הארוך במקסיקו.

מייקל ולינק מגיעים עם קלרמן לבית של סטדמן וקלרמן מסביר שסטדמן נעדר כל סימני זיהוי. טי-באג הופך את סוזן וילדיה לבני ערובה. אשתו של סי-נוט, נשפטת על סיוע לפושע. בראד…

מייקל ולינקולן נתפסים ומועברים בשיירה מאובטחת ל-"פוקס ריוור". קלרמן משכנע את קים שיש לו דרך לחסל את האחים. טי באג ממשיך לחפש את גב' הולנדר. בליק מואשם ברצח גירי.

קים מוציא חוזה על קלרמן. מייקל נזכר בפעם הקודמת שבה פגש את אביו. החבורה מצליחה להגיע לאתר נחיתת המטוס ושם מתקבלת החלטה גורלית. בליק נחקר בעניין רצח גירי.

לינקולן עושה דרכו לפגישה עם מייקל. קלרמן מענה את שרה בנסיון לקבל תשובות לשאלותיו. קים משחרר את מהון שנכלא ע"י מייקל, ומאיים עליו. מייקל נתקל בקשיים באירגון הטיסה לפנמה.

שרה מגיעה למקום בו מייקל צפוי לפגוש אותה אך מהון גם בדרכו לשם. סוכרה מגלה שמריקרוז נסעה למקסיקו. בליק וגירי ממשיכים במאמציהם לגלות את מיקומו של הכסף ואף טומנים מלכודת.

מייקל חוקר אודות מהון ומגלה את סודותיו. סי-נוט מנסה להתאחד עם משפחתו כשהאף.בי.איי. בעקבותיו. טי-באג מבקש לנקום ב-"אהובתו" ומנסה להגיע אליה.

סוכרה נמלט עם הכסף אך מצפה לו הפתעה. בליק יוצא בעקבות טי-באג. מהון נחקר ע"י חקירות פנים ושרה נמלטת על חייה.

שוטרת מגיעה לבית בו נמצאים הנמלטים. לינקולן שומע בשורות על אל.ג'י. ומקבל החלטה. שרה מקבלת חדשות רעות. הסוכן מהון לוחץ על טווינר.

מייקל והנמלטים מתחילים בעבודות החפירה בתקוה למצוא את הכסף של ווסטמורלנד. הייווייר עדיין חופשי. הסוכן מהון מרכז את מאמצי החיפוש ביוטה. המושל טנקרדי מגלה שנשקפת סכנה לבתו.

מייקל ולינקולן מגיעים ליוטה בעקבות הכסף של ווסטמורלנד ומגלים שהם לא היחידים בעקבות הכסף. סוכרה מגיע לווגאס. קלרמן בולש בביתה של שרה. הסוכן מהון מגלה עוד חלק בתוכניתו של מייקל.

בליק חוטף את מייקל, לינקולן וניקה. קלרמן מתקרב אל שרה. טווינר עושה חיים עם הבחורה שהציעה לו טרמפ ליוטה. אברוצי מתפתה לחסל חשבונות עם פיבנצ'י שבגד בו.

מייקל לוקח את לינקולן לניקה כדי לטפל ברגל שלו ומגלה שהמכונית נפרצה והתרמיל עם הדרכונים נגנב. סי-נוט קובע עם אשתו פגישה. סוכרה מגלה שמריקרוז מתחתנת בעוד יומיים. קלרמן עוקב אחרי…

העונה השניה עוקבת אחרי מסעם של חבורת העבריינים הבורחים מפני החוק. שמונת האסירים הנמלטים מתמודדים עם מרדף חסר תקדים בהיקפו. כל אחד מהם מנסה למצוא מחסה מהמשטרה ולהתחיל בחיים חדשים.

לינקולן רוצה להבריח את אל.ג'יי מבית המשפט. טווינר מצליח לעלות לטרמפ לאריזונה. גם טי באג נוסע בעצמו ליוטה. בליק מפוטר מעבודתו ויוצא לחפש את הנמלטים שהוכרז על ראשם פרס כספי…

פרק סיום העונה. הבריחה מחוץ לכלא, מתחילה. פופ מארגן צוות שדולק בעקבות הבורחים. הפתעה בלתי צפוייה מאיימת על שלמות החבורה. "החברה" מנסה לאלץ את סגנית הנשיא לפרוש מהמירוץ לנשיאות, תוך…

הבריחה מתחילה לצאת לפועל. שרה מתלבטת אם להשאיר את המרפאה פתוחה, והחבורה מתכננת לעבור דרך כבל שנמתח אל החומה, והחוצה. ניק שוקל מה לעשות עם ורוניקה. סגנית הנשיא מגלה של-"חברה"…

בליק מוצא את החור במועדון השומרים ומסכן את תוכנית הבריחה. מייקל מבקש משרה שתעזור לו לבצע את הבריחה והיא מגלה פרטים מפתיעים על מעורבותו של אביה בפרשה. ורוניקה וניק מאתרים…

לינקולן מגלה מי עומד מאחורי התאונה. מייקל מנסה להשיג מפתח למרפאה בעזרת "אשתו" ניקה, שיוצרת קשר עם ד"ר טנקרדי. מייקל מגלה לטווינר מידע חשוב מאוד.