צוותי הגנינים ממשיכים בחיפושם אחר שתי המגילות ביער המוות. בינתיים, צוות 7 סוטה ממסלולו המקורי בגלל אויב עוצמתי כשנארוטו נפרד מהקבוצה והעניינים מתחילים להסתבך.

פרק ספיישל שמסכם את 25 הפרקים הראשונים ומכין את הקרקע לקראת בחינת הצ'ונין השניה.

לאחר שעברו בהצלחה, איכשהו, את המבחן הראשון, נארוטו והחבורה צריכים להתמודד עם סכנה חדשה! הגנינים נדרשים לחפש שתי מגילות שונות כדי שיוכלו להשלים את הבחינה בהצלחה.

הגנינים מעתיקים אחד מהשני את התשובות למבחן, כל אחד בדרכו, בזמן שהדאגות מהשאלה העשירית מתחילות לצוף.

כל הגנינים מתרכזים ומתחילים את הבחינה בכתב, הלוא בחינת הצ'ונין הראשונה. אך הבחינה בעייתית, השאלות לא מותאמות לרמת הידע של הגנינים בכלל.

רוק לי המשונה מאתגר את סאסקה לקרב, ממש לפני תחילת בחינות הצ'ונין.

תשעת הטירונים של כפר העלים נפגשים במרכז הבחינה. הם מושכים את כל תשומת הלב אליהם. אדם אחר בעל ניסיון רב בבחינות הצ'ונין שעומד להיבחן איתם מנסה לעזור להם להוריד פרופיל…

לאחר ששלושת הנינג'ות עוזבים, סאסקה מבין שיש לו יריב עוצמתי. קאקאשי מודיע לצוות 7 שהוא המליץ עליהם לבחינות הצ'ונין. נארוטו וסאסקה מרוצים, אך סאקורה מפחדת לאכזב את כולם.

לאחר שהמשימה יוצאת הדופן שלהם הסתיימה, צוות 7 חוזר לבצע משימות פשוטות. קונוהאמארו וחבריו באים לבקר את נארוטו. בדרכם, הם פוגשים את סאקורה וסאסקה. ההוקאגה השלישי מכריז על תחילת בחינות…

זאבוזה הוא כבר לא האויב של קאקאשי, ובזכות מילותיו המרגשות של נארוטו, הוא פותח חזית מול אנשיו של גאטו. השד של הכפר הנסתר בערפל סוף סוף זוכה לנקום את נקמתו.

האקו אומר לנארוטו המהוסס לגמור אותו. נארוטו מטיל ספק בדרך החיים של האקו. במקביל, הקרב בין קאקאשי לזאבוזה מגיע לשיאו.

נארוטו מתפוצץ. כעסו כלפי האקו, שהביס את סאסקה, משחרר את הכוח של תשע הזנבות. הצ'אקרה של נארוטו נעשית כל כך עזה שאפילו קאקאשי וזאבוזה מבחינים בה.

האקו ממשיך לפגוע בנארוטו ובסאסקה בתוך מערך המראות, עד שנארוטו כבר לא מסוגל לעמוד על רגליו. לפתע, סאסקה מעורר כוח חדש ופועל בצורה חסרת תקדים.

סאסקה מצליח לעלות על דרך לפגוע בהאקו. קאקאשי מבין שזמנם קצר. מתוך דאגה לנארוטו, לסאסקה, לסאקורה ולטזונה הוא מחליט להשתמש בשארינגאן פעם נוספת כדי להביס את זאבוזה אחת ולתמיד.

סאסקה מתקשה מאוד בקרב נגד האקו בתוך מערך המראות שלו, אבל נארוטו מגיע לעזור לו. סאסקה חושב על תוכנית למתקפת נגד לג'וטסו המראות של האקו, אבל נארוטו הורס לו אותה.

הזמן להילחם בזאבוזה בפעם הנוספת הגיע, והפעם יש לו בן ברית. זאבוזה ובן בריתו מתפעלים מיכולותיו של סאסקה, וגם סאסקה מבחין בכמה חזק הנינג'ה שעוטה מסכה.

אישה מסתורית מופיעה מול נארוטו במהלך אימוניו הקשים לשליטה בצ'אקרה שלו. אישה זו אומרת לנארוטו שכל עוד יש לו מישהו אהוב שהוא רוצה להגן עליו, אין גבול לכמה שהוא יוכל…

בעודו מתאושש בביתו של טזונה, קאקאשי לא מרוצה מתוצאת הקרב. זאבוזה לא מת ונינג'ת המעקב הצעיר עזר לא לברוח. קאקאשי מחליט להכניס את נארוטו, סאסקה וסאקורה לסדרת אימונים שמטרתה לדעת…

סאקורה הולכת העירה יחד עם טזונה ורואה את הקשיים של אנשי ארץ הגלים תחת שלטונו של גאטו. בעקבות כך, היא מבינה מדוע בניית הגשר כל כך חשובה. במקביל, נארוטו וסאסקה…

תודות לתוכנית המבריקה של נארוטו, קאקאשי שוחרר כלא המים, והוא מוכן להשתמש בשארינגאן שלו כדי להביס את זאבוזה.

ידו של קאקאשי בקרב נגד זאבוזה על העליונה, אבל הקלפים נטרפים מחדש כאשר הוא נתפס במלכודת של זאבוזה. קאקאשי מפציר בצוות לברוח, אבל נארוטו נזכר בשבועה שנשבע.

צוות 7 מגיע לארץ הגלים ומגלים שאיש עסקים רשע ששמו 'גאטו' השתלט על הארץ הזו. זאבוזה מומוצ'י, שנשכר על ידי גאטו כדי לחסל את טזונה, מופיע בפניהם. נארוטו מתרגש ומוכן…

צוות 7 מתחיל את משימות הנינג'ה הראשונות שלו עם משימות משעממות למדי. נארוטו מוציא את התסכול שלו על ההוקאגה, והוא מסכים לתת להם משימה אחרת – להגן על אדם מבוגר…

צוות 7 החדש פוגש את הסנסיי שלהם, קאקאשי האטאקה. לאחר היכרות קצרה, הם יוצאים לאימון שיבחן האם הם באמת מתאימים להיות נינג'ות. במסגרת האימון, הם צריכים לעשות כל שביכולתם כדי…

נארוטו, סאסקה וסאקורה עושים כל שביכולתם כדי לעבור את מבחן ההישרדות המפרך. אולם, קאקאשי רואה לנכון שיש ללמד אותם עבודת צוות מהי לאחר הפעולות האנוכיות שלהם.

על מנת להפוך לנינג'ה, נארוטו צריך להצטוות לחבריו לכיתה: סאקורה היפה וסאסקה הרציני. לשני אלה יש דבר אחד במשותף – הם שונאים את נארוטו. כתוצאה מכך, נארוטו מנסה גישות אחרת.

נארוטו סוף סוף מצליח לסיים את לימודיו באקדמיה לנינג'ות. לאחר זמן לא רב משסיים את לימודיו בעצמו, נארוטו לוקח תחתיו תלמיד חדש שהוא לא אחר מהנכד של ההוקאגה.

בכפר הנסתר בין העלים והעצים, מקום שגרות בו נינג'ות, יש ילד ששמו נארוטו אשר גורם לצרות בכל מקום שהוא הולך אליו. כשהוא גונב את מגילת החותם, הוא משחרר כוח נדיר…