בפרק האחרון, לינקולן ומייקל נאלצים להילחם כדי להגן על שרה ומייק. בינתיים, פוסידון ממשיך בנסיונותיו להערים על מייקל ושאר החבורה וכולם מתגייסים לעזור כאשר העימות הבלתי נמנע מגיע.

מייקל, לינקולן ושוט שטים לכרתים בניסיון נואש להציל את חייו של מייקל, בעזרתה של שרה. שרה ומייקל נפגשים לראשונה אחרי 7 שנים, ושרה מקבלת ממייקל מידע מדאיג לגבי משפחתה.

מייקל ולינקולן מגייסים את עזרתם של שיבא וסי-נוט כדי לתפוס את פוסידון כאשר שרה ובנה מאוימים. "שוט" יוצא למשימה נפרדת שמזמנת לו פגישה מטלטלת. טי-באג חושף סוד.

מייקל, לינקולן והחברים מהכלא מנסים לחצות את המדבר כדי להגיע לפאישה, עיירה מבודדת בה אולי יוכלו לעזור להם לצאת מתימן. בינתיים בארה"ב, אנשי פוסידון ממשיכים בחיפוש אחר קניאל אאוטיס.

לינקולן דורש לדעת מה עבר על מייקל בשנים האחרונות. סי-נוט מנסה לתכנן תוכנית חלופית ליציאה מתימן. שרה חושדת שג'ייקוב פועל נגדה.

דאע"ש משתלט על העיר ומייקל מתחיל להרגיש נואש, ומוכרח לחשוב על פתרון. טי-באג הולך לדבר עם קלרמן בניסיון לברר את זהותו של פוסידון.

טי-באג מזהיר את שרה שייתכן שיש עליה מעקב על ידי עוזריו של פוסידון. לינקולן מנסה לאתר את הדרכון המוחרם שלו כדי להימלט מתימן ומייקל מתכנן את הצעד הבא שלו.

לינקולן וסי-נוט מחפשים בצנעא את שייח' האור, אדם מסתורי שקשור אולי למייקל. בינתיים, מייקל וחברו לתא, וויפ, מתכננים בעצמם ניסיון בריחה. שרה פותחת בחקירה משלה ומזדעזעת ממה שהיא מגלה.

סדרת המתח המצליחה חוזרת לאחר 7 שנים וכעת מתברר שמייקל עודנו בחיים וכלוא באחד מבתי הכלא הקשים ביותר בעולם, בתימן. חבריו ואויביו חוברים יחד לתכנן את הבריחה הגדולה ביותר שהייתה.

למייקל מוצעת עסקה מאוייב מהעבר אך הוא לא יודע אם לבטוח בו. שרה מטפלת בלינק הגוסס אך נתקלת בהפרעה, וגם, נגלה מה קורה לחבורה אחרי 4 שנים…

מייקל צריך לחשוב על דרך להציל את שרה ואת לינק בלי לוותר על "סילה", וסוכרה מקבל הצעה לעסקת חליפין מעניינת ממישהו מהעבר.

גנרל קרנץ מגיע למיאמי ומגלה מי הוא דוקטור סנדינסקי ועבור מי הוא עובד. מייקל מנסה לגרום לכריסטינה לגלות לו איפה "סילה", אך היא מספרת לו משהו מפתיע על לינק…

מייקל חייב לקבל החלטה לאור הכאוס המתחולל בכנס האנרגיה. מהון מוצא את שרה כפותה, אך היא מסרבת לברוח, והגנרל המאוכזב מממש את איומיו לפגוע בקרובי המשפחה שלהם…

מייקל ולינקולן רבים על "סילה" וכריסטינה מתחילה בביצוע המזימה שלה. בינתיים, שרה מקבל חדשות מפתיעות שישנו את חייה, והגנרל נהיה פרנואיד מרגע לרגע…

לינק כועס על מייקל וטוען שהוא הרס לו את התכנית. מייקל מגלה לו שאמם חיה ועובדת בחברה. לינק נפגש עמה, והיא מציעה לו עסקה. האם בני המשפ' יפנו עורף זה…

הגנרל עושה עסקה עם לינק: מייקל יעבור ניתוח חדשני בחברה ולינק, מצידו, יחזיר את סילה לחברה. תחת ההרדמה, הוזה מייקל הזיות משונות ומפענח את המשמעות האמיתית של "סילה". לינק וסוכרה…

לינק, טי-באג, סלף וגרטשן נוסעים למיאמי בעקבות סילה. לאחר "עסקת החליפין" שעושה לינק עם הגנרל, מייקל מוצא את עצמו בבקתה מבודדת ביער עם פסיכיאטר הטוען שאמו חיה, ומנסה לשכנע אותו…

סלף מכין לחבורה מארב במחסן בנמל ולוקח עם גרטשן את סילה. לאנג מפגישה את מהון עם וילר, סוכן שהיה כפוף לו, כדי שהוא יעביר את המידע על החברה לתובע הכללי….

גנרל קרנץ' עובד לרכוש מחדש את סילה. סלף מביים את מותו לאחר שהוא אומר לבוס שלו שמייקל ולינק גנבו את סילה. הוא נעזר בטי-באג כדי להגיע לבית של אחותה של…

מייקל מסרב ללכת לניתוח ונכנס עם כל החבורה להוציא את "סילה". טי-באג וגרטשן טומנים לטרישן ולסלף מלכודת מתוך כוונה לקחת את "סילה" מהחבורה ברגע שיוציאו אותה בלי הפרעות מיותרות.

החבורה נאלצת להתמודד עם אירועים רבים כאשר הם שמים ידיהם על "סילה". שרה לוקחת בת ערובה שתוכל להבטיח את "סילה" אצלם, מייקל ולינקולן פוגשים את גנרל קרנץ, וטי-באג וגרטשן מגיעים…

גרטשן מוסרת למייקל את הדפים החסרים ומודיעה לו שמזיזים את "סילה". המידע מהדפים לא ברור והחבורה מחליטה לחפש את מתכנן המבנה, דייויד בייקר, אך גם החברה בעקבותיו. מייקל שוב מתעלף…

החבורה משתפת פעולה עם גרטשן בלית ברירה. היא מצדה עושה עסקאות עם טי-באג על הסכום האגדי שיקבלו על "סילה" מפנג הסיני. רולנד מסולק מהצוות כי איבד את מכשיר ההעתקה ומחליט…

החבורה מתחילה לחפור מתחת למשרדי "גייט" ונתקלת במכשול- צינור מים ענק. מעליהם, במשרדי החברה עובר טי-באג חקירה לגביי היעלמותו של בלאונר. הגנרל מחליט להעביר את "סילה" לבונקר מחוץ לעיר.

גרטשן חוקרת את טי-באג. סוכרה, לינק, רולנד ושרה נוסעים לווגאס להשיג את הכרטיס החמישי. סוכרה הופך לפיתיון מיני של בעל הכרטיס החמישי. רולנד לא שולט בעצמו ומהמר.

גרטשן מגיעה חבולה לבית אחותה. עמית לעבודה של טי-באג מגלה שמשהו לא תקין אצלו. טי-באג בורח וזוכה לביקור מפתיע. בזמן פעולה להשגת המידע מבעל כרטיס במרוצי הסוסים מהון נתקל בבעיה.

גרושתו של מהון מזהה את וייאט בתמונה ומהון יוצא לרדוף אחריו. הכרטיס הבא נמצא אצל איש במשרד האוצר, שמחזיק את הכרטיס בכספת מתוחכמת. החבורה נעזרת בדון סלף כדי לחדור לבניין…

החבורה מגלה שכרטיס "סילה" הבא נמצא אצל אשת הקונסול התורכי ולינק ולמייקל חודרים לערב התרמה של אגודת "נשרים ומלאכים" של המשטרה, כדי להעתיק ממנה את הכרטיס. וייאט מגיע ללוס אנג'לס…

המשרד לביטחון פנים רוצה לסגור את המבצע ולהושיב את כולם בכלא. סלף נותן למייקל אולטימטום של יום אחד למציאת הכרטיס הבא. טי-באג מתחיל לחדור לחברת "גייט", שמוזכרת ברשימות של ויסלר.

סלף, סוכן המשרד לביטחון פנים, לוקח את החבורה לאל.איי להתחיל לעלות על עקבותיה של סילה, הוא מצרף לחבורה את רולנד גלן, גאון בפריצה למחשבים שיש לו מכשיר שיכול "לשאוב" מידע…

עונה רביעית לדרמת המתח. אחרי שהנדסו בריחה מהכלא הסיוטי "סונה" בפנמה, האחים מייקל סקופילד ולינקולן בורוז נחושים לנקום בארגון הצללים "החברה", הארגון שאחראי להרס חייהם.

בפרק סיום העונה, מייקל ולינק תופסים את ויסלר ומשנים את מקום הפגישה עם סוזן. הסוהרים מענים את סוכרה ומנסים להוציא ממנו מידע בנוגע למיקומו של מייקל. טי-באג מנסה לנצל את…

בגלל הגשמים יש קשיים בחפירת המנהרה, מוכרחים לצאת באותו לילה. לינקולן צריך לנתק את האורות שמקיפים את הכלא והבורחים אמורים לנצל פער של 30 שניות עד להפעלת הגנרטור, כדי לעבור…

הבריחה מסונה יוצאת לדרך. מייקל נותן לטי-באג, לוצ'רו ובליק לברוח ראשונים ונראה שתוכנית הבריחה של מייקל לא תצא לפועל. לוצ'רו חוטף כדור בעוד ניסיון בריחה שאי אפשר לדעת מה עומד…

סמי משתלט על הכלא ומוציא חוזה על מייקל. טי-באג משכנע את בראד להרוג את סמי בזירה. סוזן בי מאיימת על סוכרה שאם לא ימסור לה מידע על לינק היא תפגע…

מייקל מסרב לשתף פעולה עם מפקד הכלא גנרל זוואלה ונשלח לבידוד ב-"תא החום" תא קטן ושקוף בשמש הקופחת. מהון חוזר לכלא. טי-באג רוצה שמהון יחסל את סמי ומסכם עם ויסלר…

המפעיל של סוזן לא מרוצה מהתקדמותה ופוקד עליה להפעיל תכנית חילוץ שעלולה לסכן את מייקל. סופיה מגלה פרטים חדשים על העבר של וויסלר. מהון מנסה להעיד אבל הגמילה משפיעה עליו.

מייקל משתמש בקרב עם ויסלר כהסחת דעת. הם מנסים לברוח בחסות המהומה, אבל המצב משתבש והם נאלצים להילחם. מעמדו של לוצ'רו כמנהיג הכלא מתערער והוא מאשים את מייקל בכך. העסקה…

יום הבריחה מגיע. מייקל מאיים על ביטול כל עניין הבריחה בתנאי שהוא יראה הוכחה חדה ומוכחת ששרה עדיין חיה. טיג, שעקב אחרי ויסלר, נרצח, והחשד נופל על ויסלר ולמאהון יש…

לכלא מגיע אדם חדש, אנדרו טייג, שמתעקש שהוא מכיר את ויסלר וששמו מקפדן. מייקל מתכנן בריחה לאור יום ומנסה ללמוד את הרגליהם של השומרים. לינק וסופיה מתכננים אמצעי מילוט לחבורה…