קאל רוצה לנקום בקולסון, ומארגן צוות של נבלי-על שישמידו את ש.י.ל.ד. מיי חוזרת אל בעלה לשעבר, ד"ר אנדרו גרנר, כדי לעזור במשבר המאיים על ההרמוניה בצוות.

הצוות עוזר לליידי סיף, הסובלת מאובדן זיכרון לאחר קרב קשה. בינתיים בובי ומאק ממשיכים להסתיר את המשימה האמיתית שלהם.

סקיי נמצאת בבידוד, וג'מה נמצאת בבטן האדמה ועובדת על הטבעת העיר הסודית. בינתיים, הצוות מתכונן למבצע נגד הידרה, כדי לחסל את האנשים שארגנו את מותו של טריפ. ריינה עברה שינוי,…

הצוות מנצח את "הידרה" במירוץ לאיתור העיר העתיקה, אולם צריך לשלם כדי לחשוף את סודותיה של העיר. בינתיים, מיי וסקיי ממהרות למצוא את ריינה לפני שוויטהול יגיע אליה.

פיץ-סימונס וטריפ יורדים למנהרות כדי לטמון פצצות ליד המקדש והם לא יודעים באיזה מצב הם יתקלו שם במאק. בינתיים, סקיי נפגשת עם אביה והוא מגלה לה עובדות מפתיעות על עברה.

קולסון וצוותו מסתננים אל תחנת ממסר נידחת, כדי לפרוץ ללוויינים על מנת לחפש אחר העיר שקולסון רושם באובססיביות. גרנט וורד חוטף את אחיו הסנטור. הסוכנת קרטר מופיעה בפעם הראשונה.

ניצולי פרויקט טהיטי נרצחים, וקולסון עובר תהליך כואב על מנת לזהות את הקורבן הבא. בינתיים מלינדה, בובי והאנטר עוקבים אחר וורד לאחר בריחתו ממעצר.

היידרה שוכרת מתנקשים שיתחזו לסוכני ש.י.ל.ד. ויתקפו את האו"ם. קולסון שולח את מלינדה, לאנס ובובי למצוא את האיש שעיצב את כלי הנשק שלהם, ומתעמת עם הסנטור שקורא לחרם נגד הסוכנות.

לאחר האיומים על ריינה, היא פונה לאביה של סקיי ומבקשת ממנו את האובליסק. סימונס שולחת מסר לש.י.ל.ד., וזה מביא לפתיחה בחקירה לגילוי החפרפרת שבהידרה.

קולסון ומלינדה מנסים להשיג ציור העשוי להיות המפתח למצבו ההולך ומתדרדר של קולסון. כאשר חברי הצוות לכודים, פיץ הוא התקווה היחידה שלהם.

עונה שנייה לסדרת האקשן המדוברת. בהמשך לסיום העונה הקודמת, גרנט וורד נמצא במעצר לאחר שנחשף כי היה סוכן כפול של הידרה, מלינדה מיי ממשיכה לעקוב אחרי קולסון, ניק פיורי נעלם,…

אויבים רבים מתקרבים אל עבר חברי הצוות, וקולסון מבצע פעולה נואשת כדי להצילם. בינתיים, רופא שומר על סודות העלולים לסכן את אחד הסוכנים. בתפקיד אורח: קייל מקלכלן.

פרק 22 ואחרון לעונה. סודות אפלים נחשפים כאשר קולסון והצוות מסכנים הכל כדי לעצור את גארט ואת הידרה. בתפקיד אורח: סמואל ל' ג'קסון.

האמת אודות גיוסו של וורד להידרה ולסוכנות ש.י.ל.ד נחשפת. קולסון וצוותו חודרים במסווה אל אחד ממטות סייברטק כדי לגלות מה הם מתכננים לעשות ומה הקשר של הידרה לגארט.

כאשר עולמם מתהפך לחלוטין, קולסון מזדרז להציל את חייה של אהבתו הגדולה מכולן.

כאשר כבר לא ניתן לבטוח באף אחד, הסוכנת מריה היל (קובי סמולדרס, "איך פגשתי את אמא") חוזרת כדי לסייע לקולסון בזמן שצוות ש.י.ל.ד. סופג מכה קשה.

קולסון והצוות מחפשים מקלט מהקולונל גלן טלבוט – במקום האחרון שמישהו יחשוב עליו. הם מתחילים לחשוף את סודותיה המסוכנים ביותר של סוכנות ש.י.ל.ד, סודות העלולים להשמיד את כולם.

הסוכנים מוצאים את עצמם לכודים ללא אף בעל ברית, ומגלים שאחד מהם הוא בוגד.

הסוכנים גארט, טריפלט ועוד עולים לאוטובוס כדי לפתוח במבצע לאיתור חוזה העתידות. קולסון מטיל על סקיי את תכנון המבצע, אך חוזה העתידות שולח את דתלוק בעקבותיהם.

קולסון וצוותו יוצאים למשימה תחת מסווה תוך כדי נסיעה ברכבת על מנת להשיג מידע על "חוזה העתידות".

מידע חדש אודות עברה של סקיי נחשף, בעוד הצוות מתמודד עם סערה באקדמיית ש.י.ל.ד.

קולסון מגלה מידע חיוני בנוגע למסתורין שאפף את מותו, אך בזמן שמרבה הרגליים צמא לדם, מידע זה עלול לעלות בחיים של אחד מחברי הצוות.

בפרק מותח במיוחד, קולסון שוב נלחם במרבה רגליים, והפעם הוא מגייס לעזרתו את מייק פיטרסון שכעת יש לו כוחות-על. ככל שחברי הצוות מתקרבים לאמת, הם מגלים סודות מפתיעים. תפנית לא…

פרק מיוחד הקורץ לאירועי הסרט "תור: העולם האפל". הסוכנים מתמודדים עם ההשלכות של אירועי הסרט, המעמידות בסכנה את אחד מחברי הצוות.

קולסון והצוות נרדפים על-ידי כוח מסתורי המאיים להשמיד את כולם, וסוד מעברה של מיי עשוי להיות המפתח להצלתם.

הסוכן קולסון פועל להצלתם של וורד ופיץ, לאחר שהם יוצאים למשימה סודית המסווגת בדרגה 8, העלולה להיות מאוד מסוכנת. בינתיים, סקיי מחפשת אחר מידע אודות הוריה.

מוות מסתורי שנגרם מהתחשמלות מוביל לגופה מרחפת. גופה נוספת מתגלה, וצוותו של קולסון מוצא את עצמו בסכנה בעת החיפוש אחר הרוצח החמקמק.

הסוכן קולסון והצוות מגיעים לאסיה כדי להציל צעיר סיני עם כוח בלתי רגיל. ילדה מסתורית בשמלה פרחונית עשויה לעזור להם. יחסיה של סקיי עם שאר הסוכנים עלולים להתערער עקב סוד…

הסוכנים מאתרים אישה מסתורית שביצעה כמה גניבות יהלומים, הנראות בלתי אפשריות. החקירה חושפת סוד העלול להשפיע לרעה על קולסון.

הצוות יוצא לכיוון פרו כדי לאסוף 0-8-4: חפץ בלתי מזוהה בעל כוח אדיר. קולסון ואנשיו מגיעים אל החפץ, אך נתקלים במישהי שקולסון מכיר, קמילה רייס.

מאת יוצרי "הנוקמים", המביאה לראשונה את גיבורי הקומיקס של מארוול לטלוויזיה! פיל קולסון, איש סוכנות ההגנה האסטרטגית ש.י.ל.ד, מקים צוות עילית שתפקידו לאתר בעלי כוחות-על, לרסנם ולגייסם לסוכנות.

בפרק האחרון לסדרה, פריי מציע נישואין ללילה ופרופסור פארנסוורת' ממציא כפתור שיכול לקחת אדם 10 שניות אחורה בזמן, שבהסח הדעת מוביל לתוצאות הרות גורל.

הרומן המלבלב של זוידברג עם בעלת דוכן פרחים שלא יכולה להריח את הניחוח הלא נעים שלו, עומד למבחן כאשר ניתנת לו ההזדמנות להעניק לה השתלת אף.

הצוות נלכד על סיפון ספינת פלאנט אקספרס עם יצור חייזרי איום.

לילה מצמיחה זרועות בשל מצב נדיר ומתגלגלת למעבדה סודית להנדסה גנטית.

צוות פלאנט אקספרס נכנס לתוך חלומותיו של פריי על מנת להצליח במשימה בשנת 1999.