קרטר המשוכפלת יוצרת קשר עם הפיקוד ומזהירה מפני התקפה קרובה של המשכפלים ומבקשת שישמידו אותה. האם מדובר כאן בעוד מקרה של מכונה שמפתחת לפתע בינה עצמאית משלה?

השער נגנב מתחת לאפם של השומרים והצוות יוצא בעקבות הגנבים. אנשי "הנאמנות" מבקשים להשתמש בשער כדי להפיץ את הרעל הקטלני לגאולד. אוניל נדרש לקבל החלטה קשה.

תעשיין מיליארדר טוען שבידיו ראיות כי האסון שבו הושמדה נושאת מטוסים לא נגרם ממטר מטאורים אלא מהתקפת חייזרים והוא מאיים לפרסם את הראיות. קרטר נשלחת לשכנע אותו לחזור בו.

רייאק מאוהב באחת מהאמזונות של אישטה. כעת אוניל מוצא את עצמו מעורב בהכנות לטקס חתונה נוסח ג'אפה, כולל כלה דעתנית ופמיניסטית, מריבות בין המחותנים, טקסים מסורתיים מעצבנים ומה לא…

טיאלק הופך לחשוד הראשי בחקירת רצח אחרי שהוא עובר לדירה מחוץ לבסיס. קרטר שוקלת את עתידה עם פיט לאחר הצעת הנישואין שלו.

ניסוי משתבש ויוצא מכלל שליטה, וטיאלק מוצא את עצמו שבוי בעולם וירטואלי שבו הוא נאלץ להתמודד מול התקפה כוללת של חיילי-על כשכל פגיעה בעולם הווירטואלי מורגשת בגופו ומקרבת אותו אל…

דניאל מוצא את עצמו בביתה של מקומית יפה כשהוא אינו זוכר דבר ומסתבר שהגעת הצוות גרמה למלחמה שהותירה את העולם הרוס ושסוע. הסיבות נחשפות בהדרגה ככל שזכרונו של דניאל שב…

גנרל ג'ק אוניל מנסה להתרגל לתפקידו החדש, אך נראה כי כל היקום נגדו- עליו להתמודד עם תקרית דיפלומטית, צמח שמשתלט על הבסיס ונפילתו של צוות ס"ג-1 בשבי.

בעוד הגאולד מאיימים לתקוף את כדור הארץ, ס"ג-1 והאסגרד נערכים למוצא האחרון והנואש נגד המשכפלים, אשר חטפו את מייג'ור קרטר ופלשו למאחז הציוויליזציה האחרון של האסגרד.

הבסיס נכנס להסגר לאחר שמחלה מסתורית, הנראית מדבקת, מותירה קצין רוסי במרפאת הבסיס. דניאל לוקח בן ערובה ודורש לעבור דרך הסטארגייט.

קרטר וטיאלק יוצאים לחפש את האסגרד כדי לנסות להציל את קולונל אוניל, אך מגלים שאויבם המושבע של האסגרד חזר בבמלוא העוצמה. אדוני המערכת מחפשים ברית עם כדה"א נגד אויב משותף.

אנוביס מתחיל מתקפה שיטתית על כדור הארץ, וכעת תקוותו היחידה של כדור הארץ לישועה תלויה בס"ג-1 וביכולתם למצוא את העיר האבודה המיתולוגית.

אוניל עושה מאמצים רבים כדי למנוע מהידע של קדמונים ליפול לידיי הגאולד כאשר הצוות מגלה מאגר מידע שני. הנשיא מחליף את הגנרל האמונד בדיפלומט אזרחי.

הנשיא החדש שנבחר מקבל סקירה נרחבת על תוכנית הסטארגייט, וסגן הנשיא קינסי עושה מהלך נוסף עבור שליטה על התוכנית.

צוות ס"ג-1 נשלח למשימת חילוץ באחד מכוכבי הלכת, והמבצע גובה קורבנות. בעוד חברי הצוות מנסים להתמודד עם תוצאות המבצע, צוות הצילום מנסה לחשוף את האמת על מה שאירע.

ס"ג-1 חוקרים מעבדה סודית של סוכנות הביון, בה מדען חסר רחמים השתמש בטכנולוגיית שיבוט כדי ליצור יצור כלאיים – חציו גאולד חציו אדם.

הממשל שולח צוות צילום לתעד את הנעשה בתוך מפקדת הסטארגייט למען שימוש עתידי כאשר התכנית תיחשף לציבור. חברי צוות הצילום מגלים כי לא כל אנשי הצוות מוכנים לשתף איתם פעולה.

התקפה על אתר אלפא מערערת את היסודות. בעוד קרטר נאלצת להימלט מאחד מחיילי-העל של אנוביס ולהילחם על חייה, חקירתם של ג'ייקוב והאמונד מביאה אותם לגילויים מטרידים.

דניאל ג'קסון מוטרד מחלומות חוזרים ונשנים על אישתו שארה, שבה הגאולד אוזיריס השתלטה על גופה. לקרטר יש חבר חדש, בלש במשטרה, ועליה להסתיר ממנו את עיסוקה האמיתי.

קולונל ג'ק אוניל מוביל צוות דרך הסטארגייט לגלקסיות אחרות, בניסיון להציל את כדור הארץ מהשמדה, לאחר שמאגר חדש של נאקוודה החל לעבור מוטציה לנאקוודריה.

קרטר מנסה לסדר את מנועי הנאקוודריה, נופלת ונפגעת בראשה. כאשר היא מתעוררת, היא מגלה כי שאר הצוות נעלם ומתחילה לראות חזיונות.

אוניל מבקש עזרה מחבר וותיק כדי להציל את דניאל וד"ר לי שנחטפו במרכז אמריקה. קרטר, טיאלק וג'ייקוב מסתננים למתקן חיילי-העל של אנוביס.

הצוות פוגש צוות של נשות ג'אפה האורבות לגברים בני מינן כדי לקחת מהם את השיתופנים. טיאלק מוצא את עצמו בעימות עם מנהיגתם כאשר הוא מנסה להראות לה כי יש דרך…

הצוות חוקר חייל אויב חדש ובלתי ניתן לעצירה שנשלח ע"י אנוביס. ד"ר ג'קסון מוביל צוות בחיפוש אחר מכשיר חוצני במרכז אמריקה, אבל מקבל יותר ממה שהוא רוצה.

פלג'ר יוצר וירוס שמטרתו לחבל בשערים של האויבים, אך מפיל את כל מערכת השערים. קרטר והמדענים במפקדת הסטארגייט חייבים לתקן את מערכת השערים לפני שהאויב ינצל את המצב.

קרטר מצטרפת למכר וותיק, טייס מכוכב אחר, כדי לעזור לו לנצח במירוץ חלל. לאחר שהמירוץ מתחיל, מגלים שאר חברי צוות ס"ג-1 כי המפסידים עלולים להפסיד יותר ממה שהם חושבים.

כאשר קבוצת כורים ממפקדת הסטארגייט נלכדת בידי אונאס, ג'קסון פונה אל צ'אקה. על שניהם מוטלת המשימה הלא קלה של משא ומתן על חיי הכורים והמשך כריית הנאקוודה שבכוכב.

על כוכב לכת אפוף באוויר רעיל, הצוות מגיע לבועה אשר יש בה עולם ומלואו – בועה זו מגינה כבר מאות שנים על אנשי הכוכב. חשדות הצוות מתעוררים כאשר אנשים שהם…

בעת חקירתה של ספינת חייזרים נטושה, חברי צוות ס"ג-1 מאבדים את ההכרה. כאשר הם מתעוררים, הם מגלים כי גופו של דניאל ג'קסון נחטף בידי תודעת חייזרים והם לא מוכנים לוותר…

בנו של טיאלק, רייאק ומורו ברייטאק נשבו בידי הג'אפה. טיאלק מחליט להצילם ונשבה אף הוא. צוות ס"ג-1 הולכים להצילו.

נער מתבגר מופיע במפקדת הסטארגייט בטענה שהוא ג'ק אוניל ושלח את הצוות למשימה לחשוף את זהותו האמיתית.

ההנהגה מעולמו של ג'ונאס מגיעה לכדה"א בבקשה לסיוע – ספינתו של אנוביס נמצאת מעל כוכב הלכת בגלל את הנאקוודריה המצויה בעולמם. על מנת לנצח את הקרב הזה יש לשתף פעולה…

ס"ג-1 מופתעים למצוא את דניאל ג'קסון חי ושלם, אך ללא הזיכרון שלו. אוניל משכנע אותו לחזור איתם אל מפקדת הסטארגייט, שם הוא מצטרף למשימה נועזת להרוס את הנשק החדש של…

הצוות מוצא עולם עני המשועבד על-ידי הגאולד בעל, אבל התוכניות שלהם לשחרר אותו עשויות להיפגע כאשר ג'ונאס חווה חזיונות בלתי מוסברים על העתיד.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 נקראים להגן על אנשי אבידוס מן הגאולד בשנית כאשר הם לומדים כי אנוביס, בחיפוש אחר מכשיר רב עוצמה, עומד לתקוף.

פרומתאוס נאלצת לנחות על עולם זר, שם הסטארגייט המקומי הוא הסיכוי היחיד של הקבוצה לחזור הביתה – אם כי האוכלוסייה המקומית מאמינה שהשער הוא רק מיתוס.

מקרה של כמעט מוות גורם לטיאלק לדמיין את חייו שונים מאוד מזה שהוא מכיר, חיים בהם הוא אדם נורמלי החי על כדור-הארץ – עד שהוא לא מצליח להבחין יותר בין…

הצוות מוצא ספינה שהתרסקה על כוכב אחר, אך המאמצים שלהם לסייע לתיקוני הספינה מופרעים על ידי קבוצה של חייזרים.

ס"ג-1 מנסים להציל את תושביו של כוכב עני מניסוי גנטי של נירטי, אבל מוצאים את עצמם כקורבנות הבאים שלה.

בפרק לקט מיוחד, גנרל האמונד והפנטגון חושפים את קיומו של הסטארגייט לממשלות עולם אחרות, כעת עליו להגן על העובדה שהתוכנית מופעלת על ידי צבא ארצות הברית.