קולונל אוניל לכוד על כוכב זר עם מייבורן. כעת עליו להילחם כדי להישאר בחיים בעוד שותפו למסע הופך פרנואידי יותר ויותר.

קולונל אוניל מואשם ברצח הסנטור קינסי, ושאר חברי הצוות חייבים לחשוף קונספירציה כדי לנקות את שמו.

הצוות נקרא לקרב באופן בלתי צפוי כאשר עולם הבית של האסגרד מוצף על ידי משכפלים – אשר התפתחו לצורה חדשה ומדהימה.

הצוות חוזר לכדור-הארץ עם מכשיר טכנולוגי המאפשר להם לראות יצורים זרים בכל מקום, כעת עליהם לנסות ולהכיל את הבעיה כאשר היא מתפשטת מעבר לבסיס.

כתבת חדשות מאיימת לחשוף פרויקט צבאי סודי ביותר, אבל כאשר קרטר וג'ונאס מעבירים לה סיור על חללית חדשה, הם מגלים כי היא כלי משחק על לוח גדול הרבה יותר.

עולם זר מציע לכדור הארץ תרופה עם הכוח לרפא כל מחלה – אבל המחיר הנסתר עשוי להיות גבוה מדי לשלם.

המתחים עולים בין הטוקרה למורדים בקרב הג'אפה, כאשר הם נמצאים תחת התקפה של אויב בלתי נראה.

כאשר צוות ס"ג-1 נתפסים על ידי הגאולד, זוג מדענים שלומיאלים יוצא למבצע הצלה… בין אם הם רוצים או לא.

אוניל נלכד ומעונה שוב ושוב על ידי הגאולד בעל, בנסיון לדלות מידע משיתופן הטוקרה שלו, אך אוניל אינו מצליח לזכור. כעת עליו להסתמך על ידיד ותיק שיעזור לו להישאר בחיים.

אנשיו של ג'ונאס מבקשים מכדור-הארץ עזרה צבאית במלחמה עתידית עם מדינות יריבות, אך מורהו לשעבר של ג'ונאס מציע פתרון חלופי: תנועת התנגדות המוכנה להפיכה מדינית.

קרטר, טיאלק וג'ונאס חוקרים את מותו של מדען בעל קשרים עם הגאולד, ומוצאים עיירה קטנה שאזרחיה מחזיקים בסוד אפל. הכל מסתבך כשהם מגלים שגם סוכנות הביון מודעת למתרחש.

ס"ג-1 חוקרים את גילויה של אישה קפואה בקרח באנטארקטיקה, אשר עשויה להיות קשורה אל בוני השער. אך במקביל, מחלה מסתורית מאיימת להרוג את כולם בבסיס המחקר.

ס"ג-1 עולים על סיפונה של ספינת אם נטושה של הגאולד לאחר שזו מגיעה באופן מסתורי למסלול סביב כדור-הארץ, כעת עליהם להימלט מהחללית בעודה מתרסקת לתוך האוקיינוס.

טרגדיה מפגישה את טיאלק יחד עם בנו, שמאשים אותו על מות אימו. אוניל וקרטר מוציאים לפועל תוכנית מסוכנת עם טכנולוגיה שלא נבדקה כאשר כדור-הארץ מותקף על ידי הגאולד.

קרטר חייב למצוא דרך להציל את כדור-הארץ מהרס מוחלט על ידי-הגאולד, שהפכו את הסטארגייט לפצצת יום הדין. בעוד רייאק מצטרף לאביו במשימה להרוס את כלי הנשק שברשותם של הגאולד.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 חייבים לבוא להציל את בעלי בריתם פעם נוספת כאשר הגאולד תוקפים מעבדת אסגרד סודית.

דניאל ג'קסון מואשם באסון דיפלומטי, לאחר שהוא נחשף למינון קטלני של קרינה בעת ביקור בציוויליזציה זרה הבונה נשק להשמדה המונית וכעת הוא עומד בין חיים למוות.

ס"ג-1 חייבים לפנות לזוג פושעים שהורשעו בעון גניבות שבוצעו בשם כדה"א ובחסות סוכנות הביון, כדי להציל את עולמם מן ההשמדה על ידי גאולד, לאחר שאלו גנבו את האמצעי היחיד שהגן…

ס"ג-1 פוגשים אישה צעירה עם היכולת לשלוט במשכפלים, ומי שיכולה להחזיק את המפתח לישועה של האסגרד.

מנהיג כריזמטי בקרב הג'אפה מציג עצמו כמורד מצבאו של אימהוטפ ומבקש לכרות ברית בין כדור-הארץ לבין חסידיו המורדים, וזוכה בנאמנותם של טיאלק וברייטאק.

משימתו החשאית של ד"ר ג'קסון להסתנן לפסגה של הגאולד מסתבכת עם בואו של אורח מפתיע. שאר הצוות עומד בפני הפלישה בהיקף מלא על עולם הבית של טוקרה.

כדור הארץ מוצא את עצמו מאוים על ידי משהו גדול הרבה יותר מהגאולד כאשר הצוות לומד כי יש אסטרואיד במסלול התנגשות עם הכוכב.

המלחמה בין הטוקרה לגאולד מסלימה, והסיעה המורדת שולחת את דניאל ג'קסון לפגישה סודית בין אדוני המערכת.

אסון פוגע בסטארגייט ולוכד את טיאלק בעודו עובר דרכו. כעת על ס"ג-1 לפנות לרוסיה ולאויביה לעזרה, בטרם ינותק הקשר עם הסטארגייט ואיתו יאבד הסיכוי להציל את טיאלק.

ס"ג-1 מאמנים צוות של צוערים, וקולונל אוניל נאלץ לקחת אותם איתו למצב קרב אמיתי כאשר הוא לומד על פלישה זרה אפשרית במפקדת הסטארגייט.

כאשר קרטר נעלמת במזימה הכוללת את הגאולד, אוניל שוב חובר לקולונל מייבורן על מנת לשחרר אותה.

ספינה זרה מתקרבת לכדור הארץ ששולחת את ס"ג-1 לחבר וותיק שבידיו כמה תשובות – שם הם מגלים כי מרטין לויד יצר תוכנית טלוויזיה על תוכנית הסטארגייט.

ס"ג-1 פוגשים בבעלי ברית חדשים, בעלי טכנולוגיה ומתקדמים ששותפים למלחמתם נגד הגאולד – אם כי הם לא מכירים את סודם האפל של אסשן ומניעיהם.

הטולאן מציעים לכדה"א את טכנולוגיית הנשק המתקדמת שלהם, מה שמוביל לחקירה חשאית על טולאנה, שמובילה לגילוי מדהים.

ס"ג-1 חוברים ליחידה רוסית כאשר אחד מצוותי הסטארגייט שלהם נעלם במקדש חוצני מסתורי. כשהם מגיעים לשם הם מגלים את הסיבה להיעלמות הצוות וכמו כן, את המניע של הרוסים למשימה.

קסנדרה נופלת למשכב, מה ששולח את ס"ג-1 בחזרה לכוכב הבית שלה – שם הם חושפים סוד גאולד אפל הנוגע לטקסים שעוברים בני נוער ועדויות לקשר עם הגאולד נירטי.

ס"ג-1 מגלים חברה המשתמשת באונאסים כעובדי כפייה, ומנסים לשחרר את ידידו של דניאל, צ'אקה.

ס"ג-1 מגלים כי המסע האחרון שלהם דרך הסטארגייט ייתכן וחרץ את גורלה של ציוויליזציה שלמה.

אוניל וסגן טיילר מאוימים על ידי כוחות גאולד ונלכדים מאחורי קווי האויב – אלא כשטיאלק, ג'קסון וקרטר חוזרים לכדה"א כדי לבקש סיוע, הם מגלים שבמפקדת הסטארגייט לא יודעים כלל מי…

יישות חייזרית מתאהבת בקרטר ועוקבת אחריה לכדור הארץ. שם היא לובשת צורה אנושית ומבקשת לנהל עימה מערכת יחסים רומנטית.

ס"ג-1 מוצאים את עצמם תקועים בספינה הרוסה בגלקסיה מרוחקת – בעוד אפופיס מאיים להשמיד אותם. טיאלק עובר שטיפת מוח והופך נאמן לאפופיס.

לאחר שמוחו השתנה על ידי אפופיס, טיאלק חייב לעבור טקס שייקח אותו אל קצה המוות עצמו כדי שיוכל לגלות מחדש את מי הוא.

ס"ג-1 מסייעים לפנות את הטוקרה לבסיס חדש – אבל העניינים מסתבכים כאשר מרגל מגלה את מיקומם לאפופיס. הצוות מנסה תוכנית נועזת להפיל את הצי רב העוצמה של הגאולד.

ס"ג-1 צריכים להציל עולם חייזרי מן הגאולד – עם קצת עזרה ממקור בלתי צפוי. טיאלק מבקש לנקום באדון המערכת קרונוס על שרצח את אביו.

לאחר שגשש שנשלח לעולם אלקטרוני גורם לקצר בסטארגייט, מתברר כי מפקדת הסטארגייט נמצאת תחת פלישה של כוח חייזרי שהשתקע במערכות המחשב – וגם במייג'ור קרטר.