ס"ג-1 חייבים למצוא גאולד בוגד בשם סת', אשר מסתתר על כדור הארץ במשך אלפי שנים. הם מגלים כי סת' הוא ראשה של כת סגורה המתבצרת באחוזה ומשתמשת במאמינה לצריכהם הפרטיים.

אוניל, קרטר וג'קסון מתעוררים מתוך קפאון במה שנראה כמפקדת הכוכב – כמעט 80 שנה בעתיד, ללא ידעתם של אנשי הצוות האחרים ועם ספקות גדולים במה שסופר להם.

תאונה קוסמית גורמת לצוות ס"ג-1 להישלח לאחור 30 שנה לתוך העבר של כדור-הארץ, שם הם חייבים לאתר את הסטארגייט ולמצוא את דרכם הביתה.

ילד צעיר מגיע דרך הסטארגייט ומזהיר מפני מזימה של חייזרים בלתי-נראים להרוג את כל המין האנושי וזאת כדי למנוע מבני האדם לשמש את הגאולד כמארחים פוטנציאליים.

אפופיס, האויב הגדול ביותר של ס"ג-1, מחפש מפלט מסוקאר ומגיע לסף מותו במפקדת הסטארגייט, שם סוקאר דורש את נקמתו באפופיס ומאיים להחריב את כדה"א באם לא ייענה.

קבוצה של חייזרים פרימיטיביים מתחילים ליפול למשכב וקרובים למוות לאחר שס"ג-1 מגיעים לכוכבם, וכשהצוות אובד עצות, נדמה כי את הדבר שגרם לאסון לא ניתן לעצור.

ס"ג-1 מגיעים למעבדתו של אדם מבוגר וגוסס שידוע בפיתוח טכנולוגיה להילחם בגאולד. דניאל מרומה להחליף את גופו עם אותו אדם, מאצ'לו, שמאמין שזה גמולו על מלחמתו בגאולד.

לאחר שהצוות מגיע לעולם על קצהו של חור שחור, מפקדת הסטארגייט לא מצליחה לנתק את הסטארגייט. כעת כל כדור-הארץ נמצא בסכנה בגלל שדה כבידה מעוות-זמן.

אוניל, בעל כורחו, הופך להיות כלי קיבול לספרייה של ידע זר. עד מהרה הוא מבין שעליו להיפטר מהידע שבראשו בטרם יקרוס תחת העומס על מוחו והוא מתחיל לבנות מכשיר שיעזור…

ס"ג-1 מוצאים כוכב לכת המאוכלס על ידי מה שנראה כמו צאצאי האינדיאנים של כדה"א, כשהם מוגנים על ידי רוחות שמתגלות כמשני-צורה חוצניים מתקדמים וברשותם מחצבים גדולים של נקוואדה.

ס"ג-1 מואשמים בגניבת מכשיר לשליטה על מזג האוויר, דבר המוביל את כוכב הלכת הפרימיטיבי לכאוס. במהלך החקירה, הצוות מגלה כי נעשה שימוש לרעה בסטארגייט השני שעל כדה"א.

בעוד ס"ג-1 מנסים ליצור ברית עם הטוקרה, מתגלה מרגל בקרב הטוקרה שמעביר מידע לידיי הגאולד וג'ייקוב קרטר מגלה כי הטוקרה עשויים להיות תקוותו היחידה להישרדות

ס"ג-1 מאתרים את הטוקרה, תנועת התנגדות של גאולד המתנגדים לאדוני המערכת ומנסים ליצור ברית. במקביל, הסרטן של ג'ייקוב קרטר, אביה של סם, מביא אותו לסף מוות.

טיאלק נעקץ ע"י חרק ענק וקטלני ומוחדר לגופו ארס רעיל, טיאלק שמתחיל טרנספורמציה נוראית שבסופה גופו ישרוץ חרקים נמצא במנוסה. כעת ס"ג-1 חייבים למצוא אותו לפני קולונל מייבורן.

ג'קסון מגלה שאשתו חזרה לאבידוס, אלא שכעת היא בחודש התשיעי להריונה מידיו של אפופיס. בעוד שעל כדה"א, אוניל חייב למנוע את חשיפתה של תוכנית הסטארגייט לעולם.

הצוות מגיע לכוכב שנשלט על-ידי מה שנראה כגאולד, אך טומן בחובו הרבה יותר מהנראה לעין. ג'קסון הופך מכור להשפעת סרקופג של הגאולד ונופל לרגליה של הנסיכה המניפולטיבית של הכוכב.

ס"ג-1 חוזרים לסימריה, הכוכב בו אוניל וטיאלק נלכדו במבוך תת-קרקעי, ומגלים כי הכוכב בסכנת פלישה מידייהם של הגאולד ללא ההגנה שהציבו האסגרד.

ס"ג-1 כלואים במציאות וירטואלית בעודם נאלצים לחיות מחדש את הרגעים הגרועים ביותר של חייהם שוב ושוב – דניאל חוזה במות הוריו, אוניל במות חברו לצוות וקרטר במות אימה, והכל בשם…

ס"ג-1 עומדים למשפט ומוגלים לעולם המשמש כבית-כלא. שם הם פוגשים באישה מבוגרת, שמשום מה מצליחה לשלוט בכל האיסרים ביד רמה ויחדיו הם זוממים לברוח דרך הסטארגייט.

קרטר נתונה לשליטתה של גאולד הטוענת שהיא אויב של אדוני המערכת, טוקרה בשם ג'ולינאר, הנמצאת במנוסה מפני מתנקש מיומן של הגאולד המבקש לשים קץ לחייה.

כשס"ג-1 לכודים על ספינתו של קלורל, נראה כי כדור-הארץ נידון לחורבן בזמן שספינות הפירמידה מתכוננות להשמיד את הכוכב.

ס"ג-1 נמלטים דרך הסטארגייט ומגלים כי חזון המציאות של דניאל החלופי היה נכון – אפופיס תוקף את כדור הארץ משמיים. על הצוות לעצור את אפופיס ואת בנו, קלורל, אשר שוכן…

חפץ זר מעביר את דניאל למציאות חלופית בה הוא אינו חלק מתוכנית הסטארגייט. במציאות זו הגאולד, בראשות אפופיס ותחת פיקודו של טיאלק, פולשים לכדור הארץ ומאיימים להחריבו.

הסנאטור קינסי מגיע למפקדת הסטארגייט כדי לחקור את התוכנית ולקבוע האם היא מצדיקה את התקציב האדיר שלה, מה שמביא את הצוות להיזכר במשימות בשנה האחרונה.

חברי ס"ג-1 מגיעים אל P3X-989 והם מאבדים את הכרתם זמן לא רב לאחר הגעתם. הם מתעוררים וחוזרים לכדור הארץ רק כדי לגלות שהם לא בדיוק עצמם.

קולונל אוניל וקפטן קרטר מופרדים מג'קסון וטיאלק במהלך מעבר בסטארגייט ונלכדים על עולם קרח שומם, בלי שום דרך לברוח. כעת עליהם לעשות הכל כדי לשרוד.

צוות ס"ג-1 מציל קבוצה של אנשים מתקדמים מכוכב שקרוב לחורבן. אותם אנשים, בני הטאלון, חייבים כעת למצוא בית חדש לפליטיהם לפני שהפנטגון יניח עליהם את ידיהם.

טיאלק חייב לעמוד לדין על פשע שבוצע בזמן ששימש כקצינו הראשי של אפופיס כאשר אדם על עולם זר מזהה אותו כג'אפה שהרג את אביו.

מחלה מסתורית מוחה את כל אוכלוסייתו של כוכב חייזרי לאחר שצוות של ס"ג מגיע אליו. משום מה, נערה אחת שורדת ואיתה קרטר מתיידדת, אבל היא מגלה שהיא מנוצלת על ידי…

הגאולד המגורשת האתור נמצאת בסרקופג עתיק על כדה"א. לאחר שזו מתעוררת לחיים, היא משתלטת על מפקדת הסטארגייט בתקווה לגייס צבא חדש נגד אדוני המערכת.

טיאלק חוזר לצ'ולאק כדי למנוע מבני עמו להשתיל בבנו, שהגיע לגיל בגרות, זחל גאולד. לשם כך הוא נעזר במורהו הוותיק, ברייטאק וחברי ס"ג-1 שמתלווים אליו.

דניאל נלקח בשבי על ידי חייזר עם סדר יום מוסתר. בעוד ס"ג-1 נוטים להאמין שהם חזו במותו, מאוחר יותר מתברר כי אותו חייזר שתל במוחותיהם זכרונות שווא כדי שיוכל לברר…

טיאלק ואוניל מועברים למערכת מבוכים תת-קרקעית שתוכננה על ידי האסגרד כדי להגן מפני הגאולד, אך כשמתברר שאותה מערכת תוקפת כל יצור בעל שיתופן, הדבר מונע מטיאלק לברוח מאותו מבוך.

ס"ג-1 מגלים גזע של אנשים יפיי מראה שמתבגרים במהירות רבה. המצב נעשה אישי כאשר אוניל מתחיל לסבול מאותה הזדקנות מואצת ועתה חייב לחיות את שארית חייו על אותו כוכב.

במהלך משימה מחוץ לעולם, ג'ק נפגע על ידי אנרגיה מן קריסטל כחול… אשר יוצר כפי שחוזר לכדור הארץ במקומו של ג'ק.

כשהצוות נמצא תחת לחץ מצד הממשלה למצוא טכנולוגיות חדשות, ס"ג-1 מגיעים לעולם המיושב על ידי גזע פרימיטיבי לכאורה. כאשר אפופיס מגיע, ס"ג-1 אורבים לו, אך לדבר תוצאות הרות אסון.