אמו של לנארד מגיעה לביקור, ומתגלה כאישה קרה, אנליטית ורובוטית, כמו שלדון, שמוצא עמה שפה משותפת.

שלדון מנסה להתיידד עם עמית אנטיפתי, כדי שיוכלל השתמש במחשב שפיתח.

לאחר שפני נקלעת לקשיים כלכליים ואינה מסוגלת לשלם את שכר הדירה שלה, שלדון מחליט להרתם לעזרה ולהלוות לה כסף, מה שמוביל להתעמתות של לאונרד על האקס שלה, קורט.

פני משפילה את האוורד, שלא מצליח להתאושש מהמהלומה לאגו. לנארד, שלדון וקותרפאלי מפסידים בקרב רובוטים לקרפקי.

שלדון מחפש מתנת חג לפני. לנארד מקנא לפני שיוצאת עם עמיתו המוצלח והנאה מהאוניברסיטה.

שלדון ההיפוכונדר שקוע במחלותיו הדמיוניות. לנארד מנסה לומר לסטפאני שהוא רוצה להאט את קצב יחסיהם.

שלדון מנסה לעזור ללנארד לשמור על מערכת היחסים שלו עם ד"ר סטפני ברנט.

שלדון ופני נקלעים לקרב לחיים ולמוות אחרי שפני נגעה לשלדון באוכל, שלדון מגרש אותה מהדירה היא מחליטה לנקום.

שלדון ולנארד רבים בגלל שלנארד יוצא עם אישה שהאוורד מעוניין בה.

שלדון וחבריו נדהמים לגלות שלשלדון יש מעריצה בדמות סטודנטית לפיזיקה, שמשרתת אותו ומסייעת לו לפתור בעיות מורכבות בפיזיקה.

החבורה כולה מנסה לשכנע את שלדון ללמוד לנהוג, אך הוא לא מסוגל לשלוט במטלה ומחליט לעבור לגור במשרדו באוניברסיטה.

ראג' חווה תהילת בזק כשהוא מופיע במגזין "פיפל". לנארד חושב שפני וראג' הפכו לזוג. בתפקיד אורח: צ'ארלי שין, כוכב "שני גברים וחצי".

פני מתמכרת למשחקים מקוונים ומתחילה לאבד עניין במציאות.

לאונרד ופני נפרדים. לאונרד מתחיל לצאת שוב עם לזלי וינקל, ושלדון מתרעם על החלטתו.

לאונרד יוצא עם פני, שנלחצת מהבדלי ההשכלה ביניהם ומשקרת בנושא. לאונרד מוטרד מכך שפני מתחמקת ממנו, ושלדון, שמגלה את הסיבות להתנהגותה של פני, לא מסוגל לשמור את הסוד לעצמו.

פרק סיום העונה. פני זורקת את החבר שלה בזעם ולאונרד מנצל את ההזדמנות כדי להתקרב אליה. שלדון, ללא כל כוונה, עוזר לשניהם לממש את הפגישה.

כשפני והחברה גילו שללאונרד אף פעם לא הייתה מסיבת יום הולדת, הם מחליטים לנסות לארגן לו אחת, ומארגנים לו מסיבת הפתעה.

האחות התאומה והסקסית של שלדון מגיע לעיר היישר מטקסס, וכל החברים של שלדון מתווכחים ביניהם מי יזכה להיות איתה.

פני מתרגזת על לאונרד בגלל "מכונת הזמן" החדשה של החבר'ה אשר גורמת לה לפספס את עבודתה. לאונרד כל כך הרוס שהוא נשבע להיפטר מכל הזיכרונות ה-"חנוניים" שלו.

שלדון מגלה שילד בן 15 אשר יותר חכם ממנו מצטרף למעבדה. שלדון, לאונרד ושאר החברה באים עם תוכנית כיצד להיפטר מן הילד בן ה-15.

מתקיימת תחרות מדע בקבוצות של 4 ושלדון לא רוצה להיות עם החבורה, אז הוא מקים קבוצה משלו…

שלדון חולה, אך לאונרד והחברים במקום לעזור לו הולכים למרתון סרטים. זה משאיר את פני כאדם היחיד שיכול לעזור עכשיו לשלדון.

ההורים של רג'ני, אשר תיקשרו מאינדיה בעזרת מצלמת אינטרנט, רצו שהוא יצא עם בחורה הודית על מנת שהם יתחתנו יום אחד, אך במקום שהם ייצאו, זה גרם לכך שיהיה לו…

שלדון מוזמן להרצות על מחקר שעשה אך לא רוצה ללכת. לאונרד ירצה במקומו, דבר שלא שימח את שלדון…

אשר הווארד התחבר עם החבר הקודם של פני, זה הרס לכל החברה את הלילה בו הם היו אמורים לשחק כל הלילה את המשחק "היילו".

הבחורים מוזמנים למסיבת התחפושות של ליל כל הקדושים אצל פני. במהלך המסיבה, ללאונרד היה דיבור עם החבר לשעבר של פני.

חברתו לקולג' של לאונרד, לזלי, קופצת לביקור בביתם של לאונרד ושלדון. העניינים מתחמיים כשלאונרד ולזלי מבלים את הלילה ביחד.

אמו הנוצרייה הקיצונית של שלדון מבקרת אותו על מנת להוציא אותו מהדיכאון לאחר שהוא פוטר על ידי הבוס שלו מהעבודה באוניברסיטה.

שלדון, בכישרונו הנדיר, מצליח לגרום לפיטוריו מהאוניברסיטה מה שמביא אותו לתגליות מרתקות.

לאונרד נחרד לגלות שפני יוצאת עם גבר אחר ושוקע בדכדוך עמוק בעוד שלדון מגלה על עצמו דברים חדשים.

לאונרד ושלדון הולכים לדירתה של פני על מנת להעביר לה חבילה שהגיעה עבורה. כששלדון רואה עד כמה הדירה שלה מבולגנת הוא מחליט לבוא לסדר אותה במהלך הלילה, מה שמרתיח את…

לאונרד ושלדון הם פיזיקאים שהיכולות החברתיות שלהם שואפות לאפס, אין להם מושג איך לדבר עם אנשים – ועם נשים במיוחד. עולמם מתהפך כאשר יפיפייה בשם פני עוברת לגור בשכנות להם.

כולם מתאחדים כדי לסכל את תוכניתו של אפוקליפסה ולמנוע מהאנושות מלהפוך למוטאנטים. רוג ו-וולברין שולח את אפוקליפסה חזרה בזמן. ובסופו של יום, הפרופסור חוזה בעתיד העולם תחת שלטונו.

קיטי ניצלת ממפולת סלעים שנגרמה על-ידי נערה בשם דניאל ומתיידדת איתה. היא מצטרפת למכון, גורמת להתגשמות הסיוטים של האקס-מן ובורחת משם. קיטי נחושה בדעתה למצוא את חברתה החדשה.

אפוקליפסה מתכנן להפוך את כל בני האדם עם גן האיקס הרדום למוטאנטים, תוך הרג אלה שאינם חזקים מספיק. הוא הפך את מגנטו, הפרופ', סופה ומיסטיק לפרשיו ומכסה את העולם ברשת…

גמביט חוטף את רוג ומספר לה כי הוא רוצה לעזור לה לשכוח את מיסטיק, אך היא מגלה כי הוא ניצל אותה מכיוון שאביו נחטף ורצה לדעת היכן הוא מוחזק. שניהם…

ספייק יוצא להגן על מוטנטים בעזרת כוחותיו החדשים. וולברין נשלח כדי להרגיע את ספייק על מנת להימנע מתשומת לבם של שונאי מוטאנטים, אך ללא הצלחה.

בנו של אקסבייר פונה אליו לעזרה לאחר שהוא נחטף. האקס-מן יוצאים לסקוטלנד כדי למצוא את בנו של צ'ארלס, בעוד קיטי וקורט אינם חשים בטוב ונשארים בבית.

וולברין נחטף, אך מצליח להימלט ליערות. אקס-23 נמצאת שם כדי לחבור לוולברין ולהביס יחד איתו את "היידרה".

אפוקליפסה ורוג מתנקשים במגנטו ומיסטיק. אקס-23 חוזרת, ספייק והמורלוקים עולים אל מעל לפני השטח, חתולת צללים מגלה רוח רפאים. רוג נחטפת בידי גמביט ואקסבייר נוסע להתמודד מול בנו.