האחווה מתחילה לגרום לתאונות כדי להציג את עצמם כגיבורים ולהתפרסם. האקס-מן מגלים זאת וונדה גורמת לזה להיראות כאילו התאונות היו מעשה ידי האקס-מן.

בפרק סיום העונה, מזמרו מתמרן את מגנטו כדי לפתוח את הדלת השנייה, ומשתמש במיסטיק וברוג כדי לפתוח את השלישית. אפוקליפסה מביס בקלות את כוחותיהם המשולבים של המוטאנטים ונמלט.

האקס-מן יוצאים לחופשה בים יחד תחת השגחתה של סופה. אמארה חולה במחלה בעודה על הספינה.

רוג מאבדת שליטה על כוחותיה ומתאשפזת בביה"ח. היא מגלה שהיא בתה המאומצת של מיסטיק, וזו מגלה דרך חזיונות של דסטיני בדבר גורלן של רוג ושלה, שקשור בחזרתו לחיים של מוטאנט…

מתנקשת יוצרת מהומה באחוזה בעודה מביסה את חברי האקס-מן בזה אחר זה. וולברין מגלה שהיא שיבוט, שנוצר מרקמותיו והיא רואה בו אחראי לחייה האומללים. וולברין נקלע לקרב שהוא לא רוצה…

מזמרו מצליח לשלוח במוחו של גמביט וגורם לו לגנוב מאנג'י חצי מאבן העכביש.

וונדה מקבלת רמז מאחד המשרתים של מגנטו – פיירו, שמוביל אותה לאתר סקי. קורט פוגש את הוריה של אמנדה בפעם הראשונה, וטוד מאמין שיוכל לזכות באהבתה של וונדה אם יסתיר…

רוג נתקלת בבעיות עם כוחותיה, בעוד התהודה של כל הדמויות מהן שאבה כוחות מתחילה להופיע בגופה ומוחה.

אוון משתתף בתחרות אקסטרים סקייטבורד ומעמיד במבחן את יכולתיו, אך משהו אינו כשורה – אישה מסתורית צופה בו ועוקבת אחריו במהלך התחרות.

מיסטיק בורחת ממאסר בעוד האקס-מן משקמים את המכון. היא מתחזה לאלכס ומוליכה את סקוט לתוך מלכודת, כעת סקוט נמצא בלב המדבר המקסיקני ללא משקפיו.

במהלך בניית האחוזה מחדש, קיטי וקורט עוצרים אמני גרפיטי המחופשים למפלצות. התלמידים חוזרים ללימודים לפני השימוע שיכריע את גורלם בזמן שנאסר עליהם להשתמש בכוחותיהם.

וונדה יוצאת לחפש אחר פייטרו. בינתיים, חברי האחווה מסולקים מביה״ס בעקבות התנהגותו של לאנס.

וולברין ורוג צריכים להתחמק מיחידה צבאית כאשר מתקבלת התראה נגד מוטאנטים בזמן שסופה וחיה נמצאים בישיבה של הקונגרס. בינתיים, ג'אגרנאט יוצא למסע הרס והאקס-מן מרגישים מחויבים לעצור אותו.

האקס-מן והאחווה מתמודדים עם ההשלכות של חשיפת המוטאנטים לעולם ומיסטיק מצליחה לפוצץ את המכון. כעת, לאחר שמוטאנטים משני הצדדים נפלו בשבי, על הנותרים למצוא אותם ואת הפרופסור.

האחווה ואקס-מן מגיעים להילחם במגנטו, כשלפתע זזקיף משתחרר. סוכני הממשלה, ביחד עם הזקיפים, תופסים כמה מוטאנטים בעוד האחרים בורחים. ואילו סקוט מאשים את הפרופסור בכל.

וולברין נעלם והאחווה חוברים לאקס-מן כדי לנצח את מגנטו. המכון עובר למצב השמדה עצמית. אמארה וטבית'ה מוצאות את סקוט, שנשאר מאחור. אבל כשהם מגיעים לחדר הבקרה, השעון סופר לאחור.

מיסטיק חוזרת לאחווה ומכירה להם את וונדה, הנשק הסודי החדש שלה. מיסטיק מתחילה לתכנן את הקרב בקניון בין האחווה המשופרת לאקס-מן. הייתכן שהאחווה תנצח את האקס-מן בפעם הראשונה?

וולברין מספר על העבר שלו, הוא מספר על משימה שהייתה לו במלחמת העולם השנייה עם שותף מיוחד, קפטן אמריקה…

כשהוא מרגיש קלסטרופובי במכון, חיה לוקח כמה מהילדים עמוק לתוך היער הלאומי של רדווד למחקר מדעי של האדמה, שם הוא חושב שלא ימצאו אותם.

כשג'ין ואמארה מרגישות שהבנים חושבים שהם יותר חזקים מהבנות, טבית'ה מחליטה לפתוח מועדון לחימה. אחרי שהן משכנעות את קיטי ורוג להצטרף, הן מתחילות להלחם בלילה בתור ה-"סירנות של בייוויל".

כדי להגדיל את מרחק ההישתגרות של קורט, פורג' ממציא מכשיר שמאט את התהליך כדי לנתח היכן הוא עובר בהשתגרות ומגלה מימד מלא במפלצות נוראיות. בינתיים, כולם מנסים למצוא בן-זוג לנשף.

ג'ין נעלמת לפתע. אחרי חיפוש ממושך, היא נמצאת ע"י סרברו – משתמשת בכוחות שלה כדי לגנוב טבעת טיבטית עתיקה מבית בבוסטון בהשפעת מזמרו שפועל בשירותו של אפוקליפסה.

אקסבייר מתחיל לדאוג בקשר לקיום מוטאנטים בידיעת הציבור לאחר ידיעות על אדם עם כנפי מלאך. כשרוב האקס-מן אינם בגלל חג המולד וכשסרברו בתיקונים, סקוט ורוג הם היחידים שנותרו כדי לאתר…

רופא אליל אפריקאי מגיע למכון כדי לגנוב את הכוחות של סופה, בדיוק בזמן שהיא שוקלת לשלוח את אוון חזרה לבית הוריו.

לאנס מגיע למכון כשהוא רוצה להצטרף לאקס-מן. לצערו די קשה לו להתרגל, וזה לא נהיה יותר קל כשמאשימים אותו על נסיעות ליליות בכלי תחבורה של האקס מן של תלמידים אחרים.

סקוט נעלם בים כשהוא מנסה למצוא את אח שלו, שנסחף ע"י גל ענקי בזמן שהוא גלש.

הילדים מתחילים לדאוג כשלפרופסור האנק מק'קוי, הבדרך כלל רגוע, מתחילים להיות התקפי זעם חיתיים.

תקלה בתא של ג'אגרנאט משאירה את האקס-מן בלי פיקוח של מבוגר כשצ'רלס יוצא לבדוק זאת. המוטאנטים הצעירים מחליטים לעשות מסיבה, אבל העניינים מסתבכים כשאחד האורחים מגיע לסרברו.

הכוחות של ג'ין מתחילים לגדול בהתפרצויות. בהתחלה היא מנסה להתעלם מזה, אבל עם כל התפרצות הבעיות שלה בלהשיג שליטה גדלות. בינתיים מגיעה לבית ספר מורה חדש למדעים בעל חזות מעניינת.

כשסקוט וקורט משתמשים בכוחותיהם כדי להציל אנשים מתאונת רכב, השאלה היא מכמה דברים הם צריכים להתעלם כדי לשמור את זה בסוד. הפרופ' אומר שהעולם לא מוכן, אך לאחווה יש רעיונות…

אחרי ש-"קירקעו" אותה בגלל התנהגות מופרעת באמצע משימת אימונים, טבת'ה לא מוכנה לסבול בקשות מצד אביה לגנוב כסף בשביל "אמא" שלה…

האקס-מן והאחווה מופיעים ומותירים את מגנטו ואת מיסטיק לכודים בתוך אסטרואיד אם. סקוט ואלכס מפוצצים את אסטרואיד אם, אך לא לפני ששני כדורים מתכתיים מתעופפים מהאסטרואיד.

ציקלופ מגלה שאחיו, אלכס, שרד את התרסקות המטוס שהרגה את הוריהם ויחד הם נלקחים לאסטרואיד אם של מגנטו, שחוטף כמה מחברי האקס-מן והאחווה בניסיון להגביר את יכולותיהם המוטאנטיות.

מבזק חדשות מההרים הקנדיים מעורר משהו עמוק בוולברין, בעקבותיו הוא מתחיל לחוות הבזקי זכרונות. הוא לוקח את ״הציפור השחורה״ לאתר כדי לחקור את העניין, מבלי לדעת שקייטי וקורט הצטרפו לטיסה.

רוג חווה סיוטים בהם היא חוזה במראות מעברו של קורט. אך הוא קטן מדי בשביל לזכור את המאורעות, אז מאין הזכרונות?

האקס-מן עוברים אימוני הישרדות במחנה קיץ ומיסטיק משחררת את קיין מרקו – אחיו החורג של אקסבייר, הידוע בכינויו "ג׳אגרנט", בתקווה שיעזור לה להשיג את "סרברו" – מערכת לגילוי מוטאנטים.

אוון מקבל מצלמה כדי להגיש עבודה מצולמת על אירועי היומיום בחייו לאחר שנכשל במבחן. למרות שלא כולם נרגשים להיות חלק מהסרט, שן-חרב מעוניין בתוצר הסופי.

קורט מגלה מעבדה נטושה, שם הוא נשאב לכיס בין-מימדי על-ידי מכשיר משונה שהוא מוצא.

סקוט ורוג נקלעים יחד לטיול שדה במועדון הגיאולוגיה. סקוט מנסה להיות ידידותי כלפי רוג, אך נראה שלמיסטיק יש תוכניות אחרות…

האחיין של אורורו – ספייק, מראה סימנים לכוחות מוטאנטיים, אך הוא מעדיף לסגור חשבון עם יריב מוטאנט מאשר לשמוע על בית-ספר ליצורים.