אלכס מאמצת זהות חדשה ומלאת עוצמה בעולם הווירטואלי של אובסידיאן – ואט-אט המציאות מיטשטשת. קארה מתמודדת עם אובדן כואב.

אנדריאה מותקפת לפני השקת המציאות המדומה של אובסידיאן, וסופרגירל נשלחת להגן עליה. לינה מוצאת נבדקים מרצון לתוכנית הנון נוקרה.

מר מיקסזפיטליק, שגורש לממד החמישי, נכנס שוב לתמונה ומציע לקארה לחזור אחורה בזמן, לקבל החלטות שונות וליישר את ההדורים עם לינה.

חבר ותיק חוזר כדי לחסל את הכפיל הרשע שלו. ברייני מטיל ספק בדרך שבחר. קארה מנסה להגן על ויל מזעמו של לקס לותור.

סופרגירל עובדת עם וין על משימה טכנולוגית במחלקה לעניינים על־טבעיים. המהלך האחרון של ברייני עם לקס פוגע יותר ויותר בנאמנות שלו לחבריו.

קארה וברייני צריכים להסתגל למציאות החדשה בכדור הארץ שלאחר המשבר. לקארה קשה להתמודד עם שינויים מסוימים, וברייני מרגיש שהוא לא ממצה את הפוטנציאל שלו.

פרק קרואובר מיוחד: אחרי שחוותה אובדן אישי קשה מנשוא, סופרגירל חוברת לשאר גיבורי-העל בניסיון גורלי אחרון להציל את כדור הארץ מהאסון השואתי שצפוי לו.

סופרגירל צריכה להחליט אם להקשיב ללב או לראש בכל מה שנוגע ללינה. בינתיים, האיום של לווייתן מתממש בעזרתו של ראמה קהן.

כוח קדום תוקף את לינה, וסופרגירל מגלה סופסוף את האמת המרה על החברות ביניהן. ג'ון מקבל החלטה לגבי מאלפיק.

מעצרו של נבל-על במחלקה לעניינים על-טבעיים גורר שרשרת של אירועים שקשורה למפגש הראשון בין לינה לאנדריאה, שנים רבות קודם לכן.

קארה עוזרת לוויליאם בחקירה לגבי נבל-על מעברו, שצץ בדיוק לפני ההשקה של אובסידיאן. לינה סוגרת עסקה מסוכנת.

קארה מנסה ליישר את ההדורים עם לינה כשברקע מתנהלת חקירת רצח. ג'ון חושף אירוע טרגי מעברו. טוב ליבה של קלי מסבך אותה.

המחלקה לעניינים על טבעיים מנסה ללכוד את מאלפיק. קארה חוקרת לעומק את הפעילויות החשודות של ויליאם. ג'יימס וקלי חוזרים לעיירת הולדתם.

שון מחפש תשובות אחרי עימות מטלטל עם איש ממאדים. לנה בודקת את גבולות הטכנולוגיה של אובסידיאן. עמיתה אסרטיבית חותרת תחת קארה.

לינה זוממת את נקמתה לאחר שנפגעה משקריה של קארה. חברת "קאטקו" משנה את תחום הפעילות שלה. סופרגירל נלחמת באויב מסתורי והחליפה שלה נהרסת בתאונה.

בפרק האחרון לעונה, לקס מזמין את לינה ואת ליליאן לבית הלבן, ונערך לקרב גורלי עם סופרגירל.

קארה מתייצבת מול בת אדומה, ובינתיים ברייני מוביל מבצע לשחרור החייזרים, ולוקווד מגלה את האמת על לקס.

חולמת יוצאת להגן על העיר, וקארה עושה מאמצים לחשוף את לקס – ולטהר את שמה של סופרגירל. ג'יימס מתמודד עם הטראומה המרכזית שלו.

קארה ולינה מגיעות לקאזניה בחיפוש אחר לקס ומגלות שם מידע מפתיע ומטלטל. לוקלווד האבל מוצא נחמה בנקמה.

לינה וסופרגירל מחפשות רמזים בסטרייקרס איילנד בתקווה למצוא את לקס. ג'יימס הולך לטיפול וברייני מתמודד עם שאלה של מצפון.

לקס לותור עדיין מסתובב חופשי, וסופרגירל, אלכס ולינה רודפים אחרי החסידה הכי נאמנה שלו. ג'ון המוטרד מזמן את רוחו של אביו.

פלשבקים מראים שחזרתו של לקס לותור הייתה חלק מתוכנית הרבה יותר גדולה שמעורבות בה לינה, קארה – וכפילה מסוכנת.

המתח בין בני האדם לחייזרים מגיע לשיא חדש, וסופרגירל נאלצת לנקוט עמדה כדי לשמור על השקט. משימה קשה מעמידה למבחן את האמונות של אלכס.

לקס לותור מבקר את לינה ומנצל את אהדתה. ג'יימס נמצא בסכנת חיים, וג'ון וקארה יוצאים בעקבות מי שפגע בו – מנצ'סטר בלאק.

מנצ'סטר בלאק חוזר לפעול לצד צוות חדש של שותפים – ה"אליטה". ניה מתמסרת לאימונים.

ג'ון וקארה חוקרים אירוע קשה המעיב על חגיגות יום האהבה ומגלים קשר לחקירה זוועתית של המחלקה לעניינים על-טבעיים – ולחייזר חדש ומפחיד.

סם חדש שמופץ ברחובות נשיונל סיטי מעניק לאנשים רגילים כוחות-על באופן זמני. קארה מלווה את ניה בנסיעה לביקור משפחתי בביתה.

בפרק האחרון בקרוסאובר, סופרגירל מצטרפת לקבוצת גיבורי-על שחבריה הנוספים הם פלאש, החץ הירוק וסופרמן, וביחד הם יוצאים לחפש ספר חשוב שאבד ולשכתב מציאות שהשתבשה.

קולונל היילי שמה לה למטרה לחשוף את זהותה הסודית של סופרגירל, אבל אלכס נחושה למנוע זאת. ברייני מאיץ בניה להתחיל להשתמש ביכולותיה המיוחדות.

ניה משתפת את קארה וברייני בחלום נבואי, והם מעודדים אותה לאמץ את הגורל שלה. מנצ'סטר בלאק מחפש נקמה ומבקר את בן לוקווד.

סופרגירל ומנצ'סטר בלאק מנסים לאתר את סוכן החירות בעקבות מידע שקיבלו, אבל העניינים מסתבכים. לינה פותחת בסדרה ראשונה של ניסויים.

לקראת חג ההודיה, הסוכן ליברטי מפרסם מנשר של שטנה והסתה, ואילו ג'יימס, אלכס וקארה מנסים למנוע גל של אלימות נגד חייזרים.

למרות חלקיקי הקריפטונייט המסוכנים שעדיין נישאים באוויר, גיבורים רבים יוצאים ומסכנים את חייהם. ג'ון מחפש את פיונה ומוצא בן ברית.

סוכן החירות משיג נשק חדש ומסוכן במלחמתו "להציל" את האנושות. ז'ון וקארה פועלים יחד כדי לאתר קמע רב-עוצמה.

פרק שחוזר בזמן לנקודה שבה הפך הסוכן ליברטי ממרצה חביב בקולג' לנבל שכל מה שמניע אותו הוא שנאה לחייזרים.

תגלית מזעזעת מעוררת טינה וזעם בשעה שמרסי גרייבס עוד מסתובבת חופשייה. ניה חושפת את סודה בפני ג'יימס, וחברת אל-קורפ מותקפת.

ג'ון מנסה לשכנע את קארה שהאקלים הציבורי כלפי חייזרים משתנה. כתבת טירונית מגיעה לקאטקו. לינה נפגשת עם אימא שלה.

בפרק האחרון לעונה, כדור הארץ שרוי בכאוס והצוות משתף פעולה כדי להילחם בריין. המצב החדש מעורר בסופרגירל מחשבות על הייעוד שלה. סם נחלשת ומחפשת מקור כוח.

סופרגירל, מון-אל ואלורה משתפים פעולה כדי לעצור את סלינה, שנמצאת בדרכה לכדור הארץ ובאמתחתה תוכנית זדונית. ז'ון מתכונן לפרידה חשובה.

מון-אל וסופרגירל יוצאים למשימה חשובה ונדהמים נוכח תגלית מפתיעה. במקביל, בכדור הארץ, זעמה של ריין מעמיד למבחן את הנאמנות של לינה.