קארה צריכה לקבל החלטה גורלית שעלולות להיות לה השלכות כבדות על חבריה בכדור הארץ. ג'יימס וז'ון מאתרים את מקור הנשק הקטלני.

תלמידה שנמלטה מהכת של קוביל מוסרת יומן שיכול לעזור להציל את סם. מישהו מאיים לחשוף את זהותו של גארדיאן.

ריין סופגת את הכוחות של פסטילנס ושל פיוריטי ומתחזקת. כעת היא מסוכנת מאי-פעם – והיא מחפשת את רובי.

שלוש הורגות העולמות מתאחדות, והזמן הולך ואוזל. לינה ואלכס משתפות פעולה עם סופרגירל בניסיון לשכנע את סמנת'ה, שנמצאת בממד אחר, לחזור לעולם האמיתי לפני שיהיה מאוחר מדי.

מגפה משתוללת ברחבי העיר. כל הרמזים מצביעים על כך שפסטילנס גרמה למגפה, אבל איש אינו יודע את זהותה האמיתית. לנה וסמנת'ה מנסות לבודד את האנזים שגורם לשינוי של ריין.

וין פוגש את האם שנטשה אותו ושומע ממנה גילוי מפתיע על עברו. אלכס מרגישה שמשהו אצל מירן אינו תקין.

שיבוש במחלקה לפעילויות לא-רגילות (די-אי-או) מציב את ז'ון מול בחירה קשה. מון-אל מתחיל לאמן את קארה בטכניקות לחימה שהובאו מהעתיד.

קארה משוכנעת שבהורגת עולמות שבויה עוד נותר שמץ של טוב, אבל אלכס לא קונה את זה. וין מצטרף לז'ון ולמון-אל היוצאים למשימה חשובה.

לאחר נסיון התנקשות בחייו, מורגן אדג' מאשים את לנה במשחק מלוכלך. אלכס בודקת מדוע סמנת'ה חווה אובדן זיכרון.

ריין מסתובבת חופשי בנשיונל סיטי. לאחר תבוסתה של קארה, מון-אל שולח את אחד מחברי לגיון גיבורי-העל לתוך התת-מודע המיוסר שלה.

סופרגירל חוברת אל סאטורן גירל ואל שני בני ברית מפתיעים, ויוצאת איתם אל פורט רוז. שם הם צפויים למצוא אסירה שיודעת כיצד לחסל את ריין.

לינה וג'׳ימס מתחקרים ביחד את מורגן לאחר שסמלים מבשרי רע מופיעים בלילה בנשיונל סיטי. ובערב חג המולד מופיע אויב חדש.

בפרק חוצה-סדרות מיוחד ולרגל חתונתו של הפלאש, קארה, אלכס, החץ הירוק וצוות 'אגדות המחר' מתכנסים בסנטרל סיטי, שם כוחות רשע מאיימים להעיב על השמחה.

מסע תת-ימי מקים לתחייה תקווה שנקברה מזמן. סמנת׳ה נוסעת בזמן הביתה כדי לחקור את עברה, ומגלה את האמת על סיפורה המקורי.

קארה לוקחת את אלכס לסוף שבוע במידווייל, ושם, חדר שינה מהילדות מעלה זיכרון של טרגדיה כואבת שלימדה אותן לעבוד כצוות.

סמל מוכר מסב את תשומת לבה של קארה אל אדם הנתון במשימה מעוותת. סמנת׳ה משקיעה מעצמה במקום העבודה, אבל חוששת שהיא מאכזבת את בתה.

כשהרעלת עופרת פוגעת בילדי נשיונל סיטי, מורגן אדג' יוצא בהאשמה פרועה. אלכס ומגי מבינות אמת כואבת.

על סף מסיבת החתונה שלה, מגי מנסה ליצור קשר עם אביה המתנכר. קארה מצטרפת לז'ון למסע טעון-רגשית אל המאדים.

נבלית רבת עוצמה ובעלת יכולות על-חושיות מותירה את קארה חסרת אונים. לינה מגיעה לעבוד בקאטקו במשרה מלאה ומוסרת את האחריות על אל-קורפ לידי מנהלת חדשה.

עם תחילתה של פלישת הדאקסמי, קארה עדיין מבולבלת ממעשה ההקרבה שלה. בעל הון כריזמטי מטפח תוכניות לבנות מחדש את נשיונל סיטי.

בפרק האחרון לעונה, קאל חוזר לעצמו, קארה מתמודדת מול ריאה בקרב טקסי עתיק, ולאנה מנסה למצוא דרך לגרש את צי האויב.

חייזר מגזע שבעבר היה רודף שלום, תוקף את נשונל סיטי, וקארה, מון-אל וג'יימס מגלים משגר שבנו לאנה והחייזרית ריאה.

הדאקסמים פולשים לנשונל סיטי, וריאה חושפת נשק סודי ומפתיע, אבל קארה, מון-אל וחבריהם מצליחים להפוך את הקערה על פיה.

חבר ילדות של משפחת דנוורס, שיודע את סודה של קארה, חוטף את אלכס ודורש לשחרר את אביו, פושע ידוע לשמצה, מבית הכלא.

ג'ק, האקס של לאנה, מכריז על המצאתה של טכנולוגיית ננו-בוט פורצת דרך, אבל לאנה, קארה ומון-אל מגלים שג'ק נתון לשליטתה של המצאתו.

בפרק מיוחד המפגיש את "סופרגירל" עם "הפלאש", הדאקסמים דורשים שמון-אל ישוב הביתה, וקארה מגלה שהוא נסיך ושמצפים ממנו להוביל את שיקום החברה שלו.

חייזרים ציידי ראשים מנסים לתקוף את קארה, ומון-אל חושד שהוריו עומדים מאחורי התקיפות, בניסיון להכריח אותו לשוב לדאקסם.

קארה לוחצת על סנאפר לפרסם כתבה על ארגון קדמוס, שחוטף חייזרים ומעביר אותם לכוכב לכת אחר. בינתיים, אלכס ומגי מחפשים את ג'רמייה.

ז'ון וקארה מצילים את ג'רמייה משיירה של קדמוס, ומשפחת דנוורס מאושרת, עד שמון-אל מתחיל לחשוד במניעים לחזרתו הפתאומית.

גמד נוכל בשם מיקסזפיטליק מופיע ומציע נישואין לקארה. קארה ומון-אל חייבים למצוא דרך לעצור את היצור המטריד מהממד החמישי.

ז'ון לוקח את מגאן לדי-אי-או כדי להגן עליה מפני ארמאק – מאהבה לשעבר, שהגיע לכדור הארץ כדי ללכוד אותה ולהשיבה למאדים, שם תוצא להורג כבוגדת.

לאנה מואשמת בכך שסייעה למטאלו ולליליאן להימלט מבית הכלא. קארה מסרבת להאמין שחברתה אשמה ומנסה לטהר את שמה.

בתום קרב עם לייבווייר, קארה כועסת על מון-אל, שהתעלם מפקודתה להגן על אזרחים, ועל ג'יימס, שחושף את זהותו הסודית.

קארה ומון-אל חוקרים מקרה של נערה נעדרת ומועברים לכוכב העבדים מא'אלדוריה, הסובב סביב שמש אדומה שגוזלת מהם את כוחותיהם.

בפרק שתחילתו ב-"סופרגירל",ממשיך ב-"הפלאש", "החץ", ומסתיים ב-"אגדות המחר", קארה מנסה לגייס את עזרתה של לאנה לותור כדי למנוע מסייבורג סופרמן לשחרר וירוס קריפטוני שיצר אביה, זור-אל.

מדען, הנגוע בטפיל שואב אנרגיה, תוקף את ז'ון וקארה ויונק מהם את כוחותיהם. הגרדיאן נחלץ לעזרתם.

קארה יוצאת להציל את מון-אל מקדמוס ונתקלת בהאנק האמיתי, שהפך ל-'סייבורג סופרמן'. הגארדיאן מואשם ברצח שלא ביצע.

כנופיית גנבים קשוחים תוקפת את סופרגירל באמצעות טכנולוגיה חייזרית, והיא מגלה שהארגון 'קדמוס' מספק להם את כלי הנשק המתקדמים.

גופתו של חייזר לא רשום מובילה את קארה אל 'מועדון קרב' מחתרתי, שבו חייזרים נלחמים עד המוות תחת פיקוחה של רולטה.

הנשיאה מארסדין מותקפת במהלך ביקורה בנשונל סיטי לרגל החתימה על חוק שוויון הזכויות לחייזרים. קארה והדי-אי-או חוששים שהאסיר שנמלט מידיהם עומד מאחורי התקיפה.