מעבורת חלל מסחרית סובלת מכשל במנוע, וקלארק קנט, בן דודה של קארה, עוזר לה לחלץ את החללית ולחקור את המקרה.

נבל התוקף את נשונל סיטי בנשקי קריפטונייט פוגע בסופרגירל, וסופרמן מאשים את האנק ואת הדי-אי-או.

בפרק האחרון לעונה, נון ואינדיגו מתכננים להשמיד את החיים על פני כדור הארץ, וסופרגירל נאלצת להתמודד בקרב לחיים ולמוות מול דמות אהובה כדי לעצור אותם.

נראה שרק קארה וקאט חסינות למריאד, טכניקת השליטה בתודעה שבה משתמש נון כדי להפוך את אוכלוסיית נשונל סיטי לצבא דמוי-זומבים.

סופרגירל נתקלת בפלאש, גיבור-על מהיר מיקום מקביל. הוא מסייע לה, ובתמורה מבקש שתעזור לה לחזור הביתה.

אלכס וקארה מגלות איך האנק הגיע לדי-אי-או ולומדות על הקשר בינו לבין אביהן. קארה מתקשה להתמודד עם סופרגירל המרושעת ומתחילה לזלול בלי שליטה.

קאט המתוקה נתקלת בקריפטונייט אדום והופכת למרשעת. בגדיה משתנים, וכך גם התנהגותה בקאטקו ובדי-אי-או. אלכס ולורד הופכים לבני-ברית בעל כורחם.

קארה מתחרה בעוזרת הבוגדנית החדשה בקאטקו. סופרגירל מתעמתת עם 'הסוהר הראשי'. ג'יימס מפקפק בדי-אי-או ונקלע למחלוקת עם קארה.

קארה לא יודעת איך להביס את 'נוסעת האינטרנט' אינדיגו וזוכה לעצה במבצר הבדידות של סופרמן. ג'יימס ולוסי שוקלים מחדש את הקשר ביניהם.

טפיל לוכד את תודעתה של קארה בתוך הזיה, שבה כוכב הלכת קריפטון עדיין קיים. האנק ואלכס נאלצים להילחם בנון ללא עזרתה של סופרגירל.

סופרגירל נלחמת בכפילה מרושעת המנסה להשמיד אותה. קארה ואדם, בנה הבכור של קאט, מתחילים לפתח רגשות זה לזו.

איש מאדים לבן חוטף פוליטיקאית המובילה את המאבק נגד חייזרים, וקארה חייבת לעזור להאנק להתמודד עם עברו. במקביל היא מעודדת את קאט להתמודד עם הריחוק שנוצר בינה לבין בנה הבכור.

קאט משוכנעת שהעוזרת הכנועה שלה היא סופרגירל. במקביל, אסטרה ונון נחושים בדעתם להשמיד את קארה, וקארה מוצאת עצמה נלחמת בשתי חזיתות.

אלכס מבקשת מהאנק לחשוף את תוכניתו הסודית של מקסוול לורד. קאט מציעה ללוסי עבודה ומסבכת את העניינים עם ג'יימס. אביו של וין נמלט מהכלא.

טארה נקרעת כשאסטרה, הדודה שהייתה פעם כה אהובה עליה, מערערת את אמונה באמה. שערורייה סביב הודעות הדוא"ל של קאט מאיימת להביא את הקריירה שלה לסיומה.

רעידת אדמה משתקת את נשונל סיטי ומותירה את קארה וחבריה ללא כוחות-על. בדי-אי-או, בעיותיה של אלכס עם האנק מגיעות לנקודת רתיחה.

סף הלחץ של קארה מרקיע שחקים במהלך תרגיל אימונים תחת פיקודו של גנרל ליין. אלכס מבקשת מווין לחקור את מות אביה.

חג ההודיה של קארה מלא בדרמה כשאם האומנה שלה מגיעה לביקור בדיוק כשאחד מעובדי קאטקו הופך ל-'לייבווייר' הנבל בעקבות תאונה.

קארה נאלצת לשמור על בנה של קאט בדיוק ביום שבו סדרת פיצוצים הדורשת את תשומת לבה של סופרגירל מרעידה את נשונל סיטי. האקסית של ג'יימס מגיעה העירה.

כוחותיה של סופרגירל נבחנים כאשר ריהאקטון, אחד האויבים האימתניים של סופרמן מגיע לנשיונל סיטי ומסמן את סופרגירל במטרה. כמו כן, קאט רוצה לתחקר את סופרגירל.

ניסיונותיה של קארה להשתמש בכוחות-העל שלה לא תמיד עולים יפה. קאט חושדת בסופרגירל ולוחצת על ג'יימס ליצור קשר עם סופרמן על מנת שיביא לראיון את סופרגריל בשביל סיפור בלעדי.

אחרי 12 שנה של שמירת סודיות כוחה על כדור הארץ, קארה זור-אל, בת דודתו של סופרמן, מחליטה סוף סוף לאמץ את היכולת העל-אנושית שלה כדי להיות הגיבורה שהיא נועדה להיות

ג'רי, ג'ורג', איליין וקריימר מועמדים לדין ומוגנים על ידי ג'קי צ'יילס, אבל מצעד שלם של הדמויות להן הם התנכלו, צחקו, הציקו ופגעו במהלך תשע השנים האחרונות מגיע להעיד נגדם, ומביא…

פרק סיום הסדרה. לאחר שג'רי וג'ורג' מקבלים הצעה לפיילוט מרשת אן-בי-סי, החבורה יוצאת לחופשה אך נאלצת לבצע נחיתת חירום. בזמן ההמתנה הם נעצרים מכיוון שלא עזרו לאדם שנשדד ומועמדים לדין….