בפתח העונה התשיעית ובפרק מחווה לפרק הפיילוט של סדרת המקור הנוסטלגית, מקגארט והצוות מנסים לברר מי רוצח סוכני סי-איי-איי ומנסים לברר אם יש חפרפרת בסי-איי-איי.

בפרק סיום העונה, צוללת רוסית צצה מול חופי הוואי, מקגארט יוצא לחקור ונקלע לעלילה מספרי ריגול.

סטיב מצטרף לג'וניור למשימה של אריות הים ללכידת מבוקש. ג'רארד וקמקונה עוזרים ללו וטאני בחקירת רצח.

מאפיונר אירי ידוע שיצא לגמלאות נמצא מת בביתו וסטיב והצוות פותחים בחקירה ובמקביל חברת ילדות של ג'וניור נעדרת, האם יש קשר בין המקרים?

הצוות יוצא בעקבות שוטר שנכדתו נחטפה. לאחר שהתגלתה גופה של מטופל בבית חולים לחולי נפש ג'רי מתנדב לעבוד שם כסמוי.

קתרין חוזרת לאואהו שבהוואי כדי לבקש מיחידה חמש-אפס עזרה בפענוח תיק סי-איי-איי שלה, שבו מעורבים טרוריסטים הזוממים להשתמש באורניום מדולל.

הארי לנגפורד מגייס את עזרתם של מקגארט ודני בחיפוש אחר בת אצולה בריטית שברחה. בינתיים גרובר, טאני וג'וניור חוקרים מקרה רצח מלפני 25 שנה.

למשרדו של סנ"צ מקגארט מגיע רוצח שכיר לשעבר שעומד למות ממחלה נדירה וחושף את מקום קבורתם של 18 קורבנותיו. אדם פוגש את אחותו למחצה שדורשת ממנו את 20 המיליונים של…

דני נזכר בפרשת האישה המוכה לה עזר כשהיה שוטר בג'רזי שהובילה לניסיון לרצוח אותו על ידי בעלה לשעבר. אדם נעצר בחשד לרצח הידקי טשירו ונחקר על ידי האף-בי-איי.

היחידה יוצאת לחקור את היעלמותו של מנהל בית ספר יוקרתי. הידקי מנסה לחלץ מאדם נושימורי את מיקום הכסף שטמן אביה של מישל ברחבי האי.

אדם עוזר לג'סי לגנוב מכלי כלור נוזלי בשביל היאקוזה כששניים מהמכלים נמכרים לגורם לא ידוע. בניסיון לאתר את המכלים החסרים, יחידה 5-0 חושפת פיגוע כימי.

אדם עוזר לג'סי להשתחל לשורות היאקוזה. כשמתגלה גופת חוקר פרטי במפל בלב יער היחידה יוצאת לחקור מה גרם לרציחתו.

אדם מנסה לגייס מודיעה שתסתנן לשורות היאקוזה. נגנבים לדני וסטיב כלי עבודה מהמסעדה ושוטר מקומי מגויס לעזרה. יחידה 5-0 חוקרת מקרה של חטיפת גופה מבית קברות.

ביום החופש שלו בנסיעה עם בנו, פקד לו נתקל בחשוד ברצח אשתו שעומד להתאבד ומגייס את כל ניסיונו למנוע מהאיש לשים קץ לחייו ותוך כדי כך להוכיח את חפותו.

בערב חג המולד, דני, המחלים עדיין מפציעת הירי שלו, מספר לבנו צ'רלי סיפור לפני השינה, שבו סטיב וקבוצה של יוצאי צבא רודפים אחר מתחזים לסנטה קלאוס ששדדו רכב משוריין.

בעקבות חיסולו של סוכן אף-בי-איי שהגיע להוואי לטפל בבעיית הפשע המאורגן, מקגארט ואנשיו מחליטים לחקור את כל חברי הכנופיות באי ולמצוא את האשם, אך מגלים כי ארגון חדש הגיע לאי.

מקגארת, דני, ג'וניור וטאני בהסגר עד שיתברר שהם נקיים מהנגיף, אבל חמוש אלמוני שחודר להסגר שלהם טורף את כל הקלפים.

בחורה נמצאת נטושה בסירת הצלה בלב ים, וכשהצוות מאתר את היכטה שממנה הגיעה נמצאות שם 11 גופות של אנשים שמתו מנשק ביולוגי. לצוות יש 8 שעות למצוא סותרן לפני שיקרה…

חבר של מקגארט מבקש ממנו שיבדוק התרסקות של מטוס במהלך הכנות לתחרות טיסה.

תוך כדי ניסיון לפענח רצח של שני תיירים, סטיב נדרש להתמודד עם יועצת להתמודדות עם מצבי לחץ שחבריו שכרו עבורו.

מקגארט ואדם מצטרפים אל ג'וניור בניסיון לסכל שוד בנק. לטאני יש בעיות עם בן משפחה.

חמש-אפס חוקרת סדרת פשעים שמבוססים על אגדות מהוואי. לו מוזמן אל אסיר באגף הנידונים למוות.

חייהם של מודיעים משטרתיים נקלעים לסכנה כאשר מתברר שפריצה למערכת של משטרת הונולולו הביאה למותו של אדם, מה שמאלץ את מקגארט לגייס את עזרתו של האקר שזה עתה הכניס לכלא.

כשפשיטה של הרשות למלחמה בסמים בנמל הונולולו משתבשת, יחידה 5-0 נכנסת לתמונה.

היחידה יוצאת לחקור חיסול נועז של ראש מאפיה מקומית ותשעה מאנשיו, ודני ומקגארט מקבלים עזרה לא צפויה מסוכן הביון הבריטי הארי שפרש לגמלאות.

מקגארט ודני מנסים לגייס נושרת ממכללת המשטרה כאשר האקר משחרר מהכלא אסיר מסוכן.

מקגארת מקבל רמז מאסיר ולפיו טרוריסטים מתכננים מתקפה על אואהו. חברי הצוות מנסים לעצור את המתקפה בטרם תצא לפועל.

פרק סיום העונה. לאחר החילוץ של מואני היא מנסה לעזור לצוות לתפוס את אמיליו ואת האנשים שהוא עובד בעבורם ולשחרר את הבנות.

המפקד לשעבר של דני חוזר בעניין תיק שמעולם לא נפתר בטענה שהעד שנעלם בזמנו עודו חי. דני והכוח מנסים להגן על העד, שעדיין מנסים להתנקש בחייו.

שני מקרי שוד בבנקים שולחים את הצוות בעקבות השודדים, לאחר שגרמו לתאונת דרכים ולמותו של אדם מבוגר. אדם, בעלה של קונו, מוצא עצם באתר בנייה ומנסה לברר למי היא שייכת.

אשתו לשעבר של דני מתגרשת מבעלה הנוכחי. שוטר ותיק שהיה חבר של אביו של סטיב פונה אל הכוח בעניין חקירה שהוא מנהל בעבור אדם עשיר.

הצוות יוצא לרדוף אחרי משפחה ידועה לשמצה הפועלת באי נטוש. לו לוקח את וויל לשיקגו להעיד בבית משפט נגד שותפו לשעבר.

נערה מסתורית מובאת לבית החולים עם צלעות שבורות ובורחת משם. האחות מזעיקה את צוות "5-0" לעזרה בחיפוש אחריה.

הצוות מנסה לאתר את האורניום שנעלם. סטיב ודני מנסים לנטרל פצצה גרעינית שיכולה להרוג חצי מתושבי האי בזמן שהיתר מחפשים את יצרן הפצצות שבנה אותה.

ד"ר מדיסון גריי חוזרת ומציגה את עצמה בשם בדוי רק כדי להוציא את אלישה בראון מהמחבוא שלה. בד בבד הצוות מנסה להבין מדוע היא חזרה ומה היא זוממת הפעם.

שתי גופות שמתגלות באותו יום שולחות את הצוות לפתור שני מקרי רצח.

החברות של סטיב ושל דני מארגנות סוף שבוע משותף בבית מלון, כאשר שאר הצוות מנסה לפתור מקרה רצח.

חשוד ברצח בורח לשטח שאינו שייך לארצות הברית בטענה שהוא חף מפשע, וכוח "5-0" מנסה לפתור את התיק.

פיצוץ בניין של משרד עורכי דין מוביל את הצוות לגילוי גופה ולחקירת תיק רצח ישן. מקס מתכונן לעזיבה.

ביום הולדתו של צ'ין הוא מקבל שיחה מהמשפחה המאמצת של שרה במקסיקו ומתבשר שהילדה נחטפה.