ציור קיר של אמן רחוב שנגנב מבנק של הצי מוביל את הצוות לחקור רצח וקנוניה אפשרית.

הצוות חוקר מקרה רצח כפול ומסתורי בליל כל הקדושים, ומהר מאוד מתגלה שאחד מהנרצחים הוא מכר של טורס מתקופת ההכשרה בבולשת.

החופשה של גיבס ביער נקטעת אחרי שפורנל וברוקס מחליטים לבוא לבקר והצוות מיידע אותו על חשוד שמסתובב בקרבת מקום.

הצוות חוקר מקרה רצח שאירע במלחמת וייטנאם לאחר שמתגלות ראיות חדשות המצביעות על כך שמדובר דווקא בהתאבדות ולא ברצח.

הצוות חוקר פיצוץ שאירע ליד ביתו של סמל ראשון מחיל הים ואשתו, כוכבת ריאליטי מפורסמת. המנהל ואנס מתקשה לחזור לעבודה.

שכניו המוזרים של סגן מחיל הים שנרצח הם החשודים העיקריים בחקירת הירצחו. טורס ופאלמר יוצאים לבלות ומסתבכים.

הצוות חוזר לעונה 16, כשואנס עדיין נעדר וגיבס ממונה לתפקיד המנהל בפועל בזמן שהצוות מחפש אחר ואנס.

סלואן תוקפת אדם במסעדה ללא סיבה נראית לעין וטוענת בפני ואנס שמדובר במנהיג הלוחמים שעינו אותה ואת חבריה כשנפלה בשבי באפגניסטן.

חבר קרוב של גיבס, סרן בחיל הים, נחשב מת בתאונת הפלגה. כשגיבס מגלה שחברו בעצם חי ושהתאונה הייתה ניסיון התנקשות, חברי הצוות פותחים בחקירה ומנסים לברר מי ניסה להרוג את…

חברי הצוות מנסים להתמודד עם אובדן ריבס ועם החשש לחייה של אבי. הם משקיעים את מירב מאמציהם בניסיון לאתר את היורה ולהבין את המניעים לירי.

שריף מחוזי שמשנע אסיר מחיל הים רודף אחרי נהג שיכור ומפיל את הניידת לאגם בקרבת הכביש. האסיר נעלם, והעדה המרכזית והמהימנה ביותר עיוורת.

חיילת ותיקה דורשת מחוקרי אן-סי-איי-אס להחליף את המשטרה המדינית בחקירת רצח אמה, חיילת ותיקה אף היא, שנרצחה בביתה כשנה קודם לכן, אך רוצחה לא נמצא מעולם.

שני חברי כנופיה מאמריקה הדרומית נמצאים מתים, וברשות אחד מהם תעודת זהות צבאית מזויפת. החקירה מובילה את הצוות אל פליטה יתומה מאל סלוודור, שסומנה על ידי הכנופיה כיעד לחיסול.

טכנאי מזגנים שעבד על גג מטה אן-סי-איי-אס מת בפיצוץ מסתורי. הסוכנים מתחילים לחקור את מותו, אך תוך זמן קצר מוצאים את עצמם במצור בתוך המבנה בנסיבות מסתוריות.

דאקי רואה בתוכנית עתיקות חפץ שנראה לו כמו כלי רצח מחקירה מלפני 16 שנים, שמעולם לא נמצא. החקירה נפתחת מחדש, והסוכנים מנסים לאתר את החפץ העתיק ואת הרוצח שהשתמש בו.

לאחר ההתנקשות בחייה של ג'סיקה שייפר סוכני אן-סי-איי-אס עושים כל שביכולתם לאתר את היקס ולעצור אותו. הם נאלצים לגייס את עזרתם של טוביאס פורנל וגם את עזרת טריף.

חייל שמוצב בחו"ל מורעל באמצעות עוגיות שקיבל בחבילת סיוע, שנשלחה אליו מחייל ותיק הסובל מהפרעת דחק. הראיות מורות על החייל, אך סלואן וצוות החקירה אינם משוכנעים שהוא הרוצח.

גופתו של קצין בחיל הים נמצאת ברכב מסחרי גנוב בתוך חבית. כשמתברר שפורנל שימש חוקר פרטי בשירות אשתו של הקצין, במהלך היעדרותו, הוא מצורף לחקירה, למורת רוחו של גיבס.

גופתו של חייל נחתים נמצאת מוטלת לצד הכביש, ככל הנראה לאחר שנדרס למוות במהלך ריצה. החקירה מובילה את חוקרי אן-סי-איי-אס אל חשודים מפתיעים.

עורכת דין של חיל הים נמצאת תלויה בביתה ועל סוכני אן-סי-איי-אס לחקור את מותה. אף על פי שנראה כי מדובר בהתאבדות, מתברר שאפשרות זו אינה סבירה, ועל הסוכנים לברר מה…

טורס ובישופ עובדים כסוכנים סמויים בכנופיית סמים שמנוהלת ממרינה אזרחית, שם התפוצצה יאכטה ועליה סוחר סמים זוטר. העבודה במסווה מתבררת כמסוכנת יותר מהצפוי.

בזמן שסלואן וטורס מאבטחים סנטור וגנרל באפגניסטן, בנו נפצע אנושות לאחר שנפל במדרגות בבניין מגוריו. בזמן שאביו ומאבטחיו מנסים לחזור לארה"ב, חברי הצוות מנסים לברר מה באמת קרה.

חבר ותיק של סלואן, סוכן בריטי, נרצח על ידי סוחר נשק רוסי. כאשר דליילה נתקפת צירי לידה, סוחר הנשק, שנפצע בקרב היריות, מגיע לבית החולים כדי לקבל טיפול רפואי, ומקגי…

אדם שהורשע ברצח קצין בחיל הים בעקבות חקירה משותפת של הבולשת ושל אן-סי-איי-אס 11 שנים קודם לכן טוען לחפותו ומבקש לעמוד למשפט חוזר.

במהלך ריצה מגלה אישה גופת אדם, שהיה מבוקש על ידי חיל הים ומשרד הביטחון כמה שנים קודם לכן ומעולם לא נתפס. החוקרים נאלצים להיעזר בה כשמתברר שחושיה הם המקור הטוב…

קצין זוטר בחיל הים נמצא מת במסלול גולף, שבו עבד כגנן כהשלמת הכנסה. הקורבן, שהיה אדם ביישן וסגור, אינו מספק לחוקרים מידע רב, אך תחביב שהיה לו מוביל את החקירה…

חברה של ריבס מפגישות הגמילה מאלכוהול נחטפת, והוא נחוש בדעתו למצוא אותה. החבר האלים שלה חשוד במעשה, אך אז מתברר שהוא השתתף במיזם מסווג של חיל הים והחקירה מסתבכת.

בלש מהמשטרה העירונית נעלם במהלך מארב משותף עם אן-סי-איי-אס. חקירת היעלמותו מובילה לזיהוי אפשרי של בלשית סמויה שנחשבה מתה זה עשר שנים.

סגנית מחיל הים נחטפת ונעדרת במהלך מסיבה. צוות אן-סי-איי-אס מוזעק לניהול החקירה, אך סופת הוריקן שמתקרבת מקשה את ניהול החקירה. בישופ פוגשת דמות מעברה שאיתה היו לה יחסים טעונים.

קברנים מגלים גופת גבר בלתי מזוהה שנקברה עם גופתה של קשישה באותו ארון הקבורה. כשמתברר שהגופה היא של סגן בחיל הים, חוקרי אן-סי-איי-אס פותחים בחקירת רצח.

שעה שגיבס ומקגי בשבי במקום לא ידוע בפרגוואי, חברי הצוות שלהם עושים כל שביכולתם כדי לאתרם, אף על פי שנאסר עליהם מפורשות לעשות זאת ולמרות השימועים במשרד הביטחון שנמצאים כעת…

בסיום מותח לקראת סוף העונה, חלקי גופתו של חייל קומנדו מתגלים בפרגוואי. גיבס, מגי וטורס נוסעים לשם כדי לאתר את חבריו ולהבין מדוע הפרו פקודה ונסעו לשם.

חתונתם של מגי ודלילה הולכת וקרבה והם חשים בלחץ. בעקבות כך, מחישים את דלילה לבית החולים. חברי הצוות מפליגים כדי לחקור את מקרה מותו של מש"ק בריא על סיפון משחתת.

חייל נרצח בפארק רוק קריק וחברי הצוות משתפים פעולה עם שומר יערות כדי לפענח את המקרה. הם מגלים קשר למכירת בשר של חיות בר מאפריקה. חברי הצוות לומדים איך להשתמש…

מחשב של אדמירל נדבק בווירוס. הוא מגייס את מגי ואת צוות אן-סי-איי-אס כדי לאתר את ההאקר לפני שהווירוס ימחק את התיקים האישיים והמקצועיים שלו. אלכס יוצאת לחופשה כדי לסייע לאימא…

רצח של קצין מקושר לחבורת אופנוענים וחברי הצוות מסתמכים על נתוני החקירה של טורס ועל הידע שצבר כשהושתל בעבר באותה כנופיה.

חייל נחתים נרצח באירוע התרמה לארגון שמאפשר לחיילים לבקר באנדרטאות למלה"ע ה-2, מלחמת קוריאה ומלחמת וייטנאם. חברי הצוות נעזרים בלוחם לשעבר כדי לגלות היכן היה הקורבן במהלך היום.

במטרה לקיים את בקשתו של חייל גוסס, גיבס והצוות חוקרים שוב מקרה רצח שהחקירה הקודמת קבעה כי הוא מוות בתאונה. החקירה מזכירה לטורס אירוע טרגי מעברו.

מגי מגלה שגנב הרס את הדירה שלו בניסיון לחפש חפץ יקר ערך שהסתיר הפושע שהתגורר לפניו בדירה. נציגת הקונגרס פלמינג מנסה לשכנע את המנהל ואנס להיכנס לחיי הפוליטיקה.

בפרק קרוסאובר מיוחד עם "סי-אן-איי-אס: ניו-אורלינס" צוות המוחות של אבי נחשף. מוצאים אצלה פצצה אמיתית וחברי הצוות מגלים שראש הקבוצה נרצח ומישהו גנב ספר עם תרחישי טרור אפשריים.