תיק הסייבר של אן-סי-איי-אס הופך למאמץ בינלאומי למציאת "התכלית", ארגון טרור המגייס ילדים דרך האינטרנט, שהחל לרכוש מוקשים ישנים בשוק השחור.

הסוכן דורנגט ממבצעי סייבר עוזר לצוות לאחר שקצינה צעירה שעבדה ביחידת הסייבר של המשרד למודיעין ימי נמצאה מתה. בנוסף, חברי הצוות מגלים שג'ייק וגיבס הפכו לחברים טובים.

גיבס ובישופ מגיעים לאפגניסטן לאחר שחקירת רצח מובילה אל ארגון טרור המחזיק נחת בשבי. טוני כועס כשהוא מגלה שמקגי זכה בתפקיד "הפנים של אן-סי-איי-אס" ויופיע על עלוני הגיוס של הסוכנות.

דינוזו מצוות לחברתו, הסוכנת זואי קיטס מ-איי-טי-אף לאחר שמתגלה שכלי הרצח בחקירה של אן-סי-איי-אס נרכש במסגרת מבצע שנוי במחלוקת של האיי-טי-אף. בינתיים, טוני האב חוזר לעיר כדי לפגוש את חברתו…

רצח של נגד מהצי מספק קצה חוט על פיגוע בלתי מפוענח בנמל תעופה שקרה לפני 40 שנה ושגיבס ודינוזו חקרו מבלי לגלות על כך לשאר הצוות, מה שיוצר מתחים חדשים…

לאחר שמתגלה גופה של לוטננט בלשכה של אדמירל מהצי, החקירה מובילה את הצוות למצוד אחר ציור גנוב שבתוכו מכשיר האזנה שהושתל ע"י טרוריסטים. אביו של טוני מצטרף לחקירה.

לאחר שגופתה של גנבת מתגלה בביתו של נחת, הצוות מגלה כרטיס ביקור של ארגון טרור שדלילה ומשרד ההגנה עוקבים אחריו. הדבר גורם למתח ביחסים בין מקגי ודלילה כשהם נאלצים לשתף…

זהות בדויה שהומצאה עבור גיבס כשעבד כסוכן סמוי לפני 20 שנה צפה מחדש לאחר שמתגלה גופתו של אדם שהשתמש בה.

דינוזו חוזר לפנימייה הצבאית שבה היה חניך אחרי שחייל מחיל הנחתים ובוגר הפנימייה נמצא מת כשצילום של אחת החניכות בידו, בינתיים, בישופ ובעלה מחליטים להזמין את הצוות לארוחת ערב.

גיבס והצוות ממשיכים במצוד אחר הטרוריסט הרוסי סרגיי מישנב לאחר ששני חיילים בצי נהרגים בפיצוץ, בינתיים הסוכן פורנל מתקשה להתמודד עם מותה של גרושתו וגיבס נרתם לעזרתו.

כשלוטננט מהצי נרצח, גיבס והצוות חוקרים את המקרה בחשד שנרצח על רקע היותו הומוסקסואל. בינתיים ברינה עומדת ללדת וג'ימי מתקשה להתמודד.

גיבס והצוות יחד עם הסוכן פורנל יוצאים למצוד אחר אמריקני שהצטרף לארגון טרור בסוריה ושב כעת לאדמת ארה"ב.

הצוות חוקר מספר זירות רצח שנראות כמו שחזורים של תיקים קודמים. בינתיים, שתיים מהגרושות של גיבס מגיעות לזירת רצח כדי לדבר אתו על משהו חשוב.

במכתב לאביו לכבוד חג המולד, מקגי מתאר תיק שבו הוא ושאר הצוות חוקרים האקרים מורשעים כדי למצוא את האחראי למתקפת סייבר על וושינגטון הבירה.

בערב חג ההודיה, דינוזו ובישופ תקועים בנמל התעופה בוושינגטון עקב סופת שלגים. גיבס מודיע להם שישנה התראה על פיגוע טרור בנמל התעופה, ואדם המתחזה למאבטח מוטס מוביל אותם אל האיום…

חובשת לשעבר מהצי מטפלת בפצועים בתאונת פגע וברח, המשטרה עוצרת אותה מפני שהגישה טיפול רפואי ללא רישיון וגיבס והצוות מתגייסים כדי למצוא את הנהג שגרם לתאונה ולהציל את החובשת ממאסר.

אשתו של לוחם ביחידת "אריות הים" נרצחת וצוות אן-סי-איי-אס מגלה שהיא הייתה פסיכולוגית פלילית, שביקרה לאחרונה רוצח סדרתי בכלא כדי להתייעץ עמו בקשר למטופל אחר.

במהלך חקירת רצח של רס"ר בדימוס מחיל הנחתים, גיבס והצוות מגלים שמותו קשור למוות של נחת אחר שנהרג במלחמת ווייטנאם וגופתו מעולם לא נמצאה.

בזמן שהצוות משתתף בתרגיל יחד עם אביגייל בורין ממשמר החופים, גיבס מזהה אדם במים, מה שמוביל אותו לספינה אחרת ובמהרה הוא מגלה שהיא נחטפה ע"י פיראטים.

לאחר שראשה של מדענית נערף באמצעות מכשיר חניקה בפארק גיבס, חברי הצוות מחפשים אחר אישה שהייתה עמיתה שלה ברוסיה כדי לגלות מי עומד מאחורי הרצח ומגלים שייתכן ומדובר ביריב מוכר.

גופה של קצין מהצי מתגלה סמוך לבית הלבן. מסתבר שהנרצח היה בדרכו לדבר עם הנשיא. גיבס והצוות צריכים לברר האם הרצח נבע מהקשר עם הנשיא או מבעיות בחיי הנישואין של…

ד"ר מלארד נזכר בעברו כשהוא ובישופ מגיעים לאנגליה בחיפוש אחר פתרון לתעלומת רצח של אדם אנגלי בוירג'ינייה שהחזיק ברשימת חיילים מתים מהצי והיה בדרכו למסור אותה לדוקטור.

גיבס ומקגי יוצאים להחזיר איש סוכנות ממוסקבה. העניינים מסתבכים כאשר המסוק שלהם מותקף ומתרסק ועליהם להגיע לגבול פינלנד כשבעקבותיהם טרוריסט מסתורי המבקש לחסל אותם.

בפרק סיום העונה, הצוות חוקר מקרה של שריפה על ספינת קרב ששימשה גם כמתקן חקירה סודי לטרוריסטים. בינתיים, גיבס חוזר לבית ילדותו בעקבות החדשות על מותו של אביו.

המנהל ואנס שולח את דינוזו למשימה מיוחדת להחזיר הביתה בת של אדמירל מצרפת, אבל עליו להיעזר בחבריו לצוות לאחר שהוא מואשם ברצח.

גיבס והצוות יוצאים לחקור מקרה רצח לו היה עד צלם צבאי שנעלם לפני מתן עדות במשפט. בינתיים, אבי מנסה לעזור לחסרת בית צעירה ליצור קשר עם משפחתה.

דלילה, בת זוגו של מקגי, מגלה פרצה בחקירה שנויה במחלוקת לאחר שובה לתפקידה במשרד ההגנה. התגלית מובילה אותה לבקש את עזרתם של צוות סוכני אן-סי-איי-אס.

לאחר שגופתו של קצין בצי מתגלה בעיירה, על חברי הצוות להכריע האם מת כתוצאה מקטטה בבר או מפני שידע יותר מדי על תקיפה מינית שעברה ידידתו. בינתיים מקגי וטוני מתנסים…

לאחר שגופתו של חבר הקונגרס דן מקליין, סוכן אן-איי-אס לשעבר, נמצאת לחוף הנהר בניו אורלינס, גיבס חובר לעמיתו לשעבר, הסוכן המיוחד דווין קסיוס פרייד, לחקירה משולבת.

לאחר שגופתו של חבר הקונגרס דן מקליין, סוכן אן-איי-אס לשעבר, נמצאת לחוף הנהר בניו אורלינס, גיבס חובר לעמיתו לשעבר, הסוכן המיוחד דווין קסיוס פרייד, לחקירה משולבת.

לאחר שמטען מתפוצץ בחדר הלבשה לפני מופע צדקה, על הצוות להכריע האם המטרה הייתה חיסולו של כוכב רוק מזדקן או שמא מדובר במזימה רחבה יותר. בנוסף, ג'ימי מתכונן להיות אבא.

במהלך עימות בין דינוזו ואדם שהתחזה לקצין בצי, אקדחים נשלפים והמתחזה נהרג. בחקירת האירוע מתגלה שעד הראיה היחיד הוא אביו של דינוזו שהגיע לעיר כדי לגלות סוד לבנו.

רצח של איש אבטחה בנמל חושף את מיקומו האפשרי של פרסה והצוות ממשיך בחיפוש חסר הפשרות אחריו, בינתיים בישופ מתוודה על יחסיה בעבר עם הטרוריסט החמקמק.

לאחר גילוי אפודי מגן פגומים ברכב מלא בציוד גנוב של חיל הנחתים, צוות אן-סי-איי-אס מנסה לאתר את הגנבים ואפודים פגומים נוספים שנשלחו לחיילים מחוץ לארה"ב על ידי ארגון צדקה.

בניסיון למצוא את הטרוריסט פרסה, גיבס והצוות מאתרים את אחד משותפיו באמצעות איות מפיגוע המל"ט. בינתיים, מקגי המזועזע מתקשה להסתגל להשלכות האירוע.

כשמתגלה שמל"ט שנגנב קשור למחבל החמקמק פרסה, צוות אן-סי-איי-אס חובר למשרד ההגנה בתיאום עם חברתו לשעבר של גיבס, הוליס מאן, כדי לאתר את המל"ט לפני שיעשה בו שימוש בקנה מידה…

לאחר שמחלה מסתורית תוקפת ילדים של חיילים, גיבס והצוות חוקרים את המקרה. אבי וג'ימי חוברים למרכז הרפואי לחקר מחלות של הצי כדי לגלות את מקור המחלה, מתוך תקווה למצוא תרופה.

סיבוכים צצים כאשר צוות אן-סי-איי-אס מגלה קשר בין קרבן רצח והחבר הנוכחי של אשתו לשעבר של גיבס והסוכן פורנל. סוכנת הסוכנות לביטחון לאומי, האנליסטית אלי בישופ, מנסה להסתגל לעבודתה החדשה.

צוות החוקרים נאלץ לבחון מחדש תאונת פגע וברח כאשר סוכנת אף-בי-איי לשעבר, שכעת עובדת כעורכת דין, מגלה לגיבס שהאליבי של הלקוח שלה מוצק. בינתיים, התנהגותו של טוני מעוררת את חשדו…

לאחר שמתגלה שמישהו צותת למזכירת הצי במהלך תדרוך חשאי, האנליסטית מהסוכנות לביטחון לאומי, אלי בישופ, שחזתה את התרחיש בדו"ח שכתבה שנתיים לפני כן, מצטרפת לחקירה של צוות אן-סי-איי-אס.