לאחר שגיבס עוזב במהלך חקירה כדי לעזור לאביו לחדש קשר עם טייס שהכיר במלחמה, טוני ומקגי נאבקים ביניהם על הובלת חקירת הרצח של סמל מחיל הנחתים.

סוכני אן-סי-איי-אס משתפים פעולה עם יחידת החקירה של משמר החופים כדי לחקור פיצוץ מסתורי על אסדת קידוח נפט. בינתיים, איש לא מוגן מפני תעלוליו של המותח המסתורי שמסתובב במשרדי הסוכנות.

דינוזו חוזר לימים שבהם היה שוטר במשטרת בולטימור כשהוא מזהה עבריין מתיק עליו עבד 15 שנה לפני כן בזירת רצח של חייל בצי ארה"ב.

רצח של אישה שהתחזתה לחיילת שנהרגה באפגניסטן מוביל את גיבס למקלט אפגני לנשים שנוהל בעבר על ידי מייק פרנקס.

טוני מגיע לישראל, נחוש לגלות מה עלה בגורלה של זיווה. בינתיים, גיבס והצוות ממשיכים במרדף אחר פרסה ורשת הטרור המתרחבת שלו.

צוות אן-סי-איי-אס נעזר בטוויטר כדי למצוא קצין צי שנעלם. בו בזמן, מקגי מאבד את התג ותעודת הזהות שלו אבל מסתיר את המידע מגיבס ומהרשויות.

בפרק הראשון לעונה, פיצוץ במהלך אירוע בוושינגטון הבירה גורם לפרסונס לשנות את זווית הראיה שלו בנוגע לצוות אן-סי-איי-אס. דינוזו ומקגי חוקרים את המקרה כאזרחים.

פרק סיום העונה. המפקח הכללי ממשיך לחקור את גיבס על כך שהוא עושה קיצורי דרך בדרכו לפתרון פשעים.הצוות חוקר את החוקר כדי לברר מדוע הוא מתעקש לתבוע את גיבס. נמצא…

טבח ממשחתת הצי מגלה שעוקבים אחריו אך אינו יודע מדוע. צוות אן-סי-איי-אס נחקר על ידי נציג מהמחלקה לבטחון בנוגע לתגובתם למקרה בודנר.

טוני וזיוה סובלים מחבלות קלות בעקבות תאונת הדרכים בה היו מעורבים. הצוות ממשיך לחפש את רוצח אביה של זיווה ואשתו של ואנס, הם מאתרים אותו, וזיוה זוכה לנקמה לה חיכתה.

אישה פונה לצוות אן-סי-איי-אס לאחר שמצאה את ביתה הפוך ובעלה נעדר. הבעל ירש לאחרונה קרן נאמנות ויתכן כי זו הסיבה לחטיפתו. טוני חושש כי זיוה מתכננת מבצע מסוכן כדי לנקום…

סוכן מוסד נהרג בעת שהמתין לאיש הקשר שלו. המנהל החדש של המוסד עובד עם גיבס ומק'גי כדי למצוא את הרוצח. זיוה וטוני נוסעים בעקבות רמזים לברלין כדי למצוא את רוצח…

במהלך סערה בים, נהרג רופא הספינה בשעה שכל צוות הספינה מנסה להציל חיים ולהשאיר את הספינה מעל לפני הים. מאוחר יותר מגלה הצוות כי הרופא נרצח בגלל סמים.

חייל מארינס נורה למוות. אלמנתו יוצרת קשר עם אן-סי-איי-אס לאחר שמגלה דוא"ל ממנו המלמד כי חקר מקרה רגיש. הצוות מגלה כי נרצח משום שחשף חפצי ערך גנובים. ואנס עורך ראיונות…

הספר של גיבס מבקש ממנו לחקור את בנו בקשר לאישה צעירה שנהרגה לאחרונה. הוא חושש כי בנו עלול להיות הרוצח הסדרתי שרצח שלוש נשים בשבועות האחרונים.

לאחר שאספו גופה מזירת פשע, נחטפים דאקי וג'ימי יחד עם המנוח. הם נאלצים לבצע נתיחה בגופה, משום שהחוטפים רוצים לגלות מידע שהיה ברשות הקורבן.

גיבס והצוות לוכדים את מספר 2 ברשימת פושעי האינטרנט, ומנסים לגרום לו להסגיר את הבוס שלו. הצוות נדרש להשתמש בשיטות ישנות, כדי להתגבר על השיטות ההיי-טקיות של הפושע ולפצח את…

הצוות חוקר את מותו של איש מארינס שנמצא עם פצעים מרובים בגופו מאירועי אלימות שונים. הצוות מגלה כי היה מעורב בקטטות קיצוניות עם חיילי מארינס אחרים.

תאונת דרכים שגבתה שני קורבנות מעוררת באבי פלאשבקים של מקרה דומה בילדותה.

הצוות והמוסד חוברים יחד לפענח את הרצח של אביה של זיוה ושל עוברת האורח החפה מפשע, אשתו של ואנס, ג'קי.

בעלה של קצינת חיל הים נרצח. הצוות מוצא אותו מחובר לשטרות של 100 דולר, שנגנבו ממשרד האוצר והיו מיועדים להשמדה. אבא של טוני מגיע לביקור ומנסה ליצור חופשה משפחתית עבורו…

הצוות חוקר מקרה רצח של עיתונאי. זיוה מופתעת מביקור של אביה שאותו לא ראתה כשנתיים. על אף טענתו כי הביקור ידידותי, הביקור הסודי מתגלה על ידי אויבים ומוביל לתקרית ירי.

גיבס חובר לפורנל לחקירה משותפת, לאחר שפורנל הופך למטרה באירוע ירי. הם עומדים בפני תפנית מפתיעה בחקירה, כאשר האישה לשעבר של שניהם – דיאן סטרלינג, הופכת למעורבת בפרשה.

הצוות חוקר את חטיפתה של נערה מתבגרת, בזמן שזיוה ואבי חוברות כדי להגן על חבר שהיה עד לחטיפה. גיבס מחפש עוד מידע באמצעות קשרים מן העבר.

גיבס ממשיך בחקירתו לעבוד עם קפטן המארינס הסובל מפוסט טראומה כדי לאתר ולתפוס טרוריסט. אבי מתכננת ארוחת חג עבור הצוות. זיוה מנסה להשיג כרטיסים לאופרה, וטוני מוצא דרך לעזור לה.

שני חיילים ששבו לאחרונה מן המזרח התיכון מותקפים. האחד מת והשני סובל מפוסט טראומה ומתקשה להפריד בין מה שקרה במזרח התיכון ובין ההתקפה הנוכחית. גיבס מסייע לו לפענח מה התרחש.

אנשי צוות של מסוק שהתרסק בים נסחפים אל החוף והטייס החסר נמצא מאוחר יותר במים, הרוג מפצע ירי. צוות אן-סי-איי-אס מנסה לפענח מה התרחש במסוק לפני ההתרסקות.

אדם נהרג במכונית ספורט שהושאלה מאיש עסקים בעל הון רב. כלי הרצח מוביל את הצוות לחנות בה מוצא גיבס מדליית כבוד של של חבר ותיק של אביו, שעל שמו הוא…

בזמן חופשת מחלה, מחליט דאקי לפתוח מחדש תיק בן 12 שנים, כשהוא מזמין הוצאה מהקבר של גופת מפקד חייל הים. בינתיים הצוות חוקר מקרה מוות של חייל מארינס, העשוי להיות…

צוות אן-סי-איי-אס חוקר נסיבות של רצח מסתורי של עובד אן-סי-איי-אס שנמצא מספר שבועות לאחר פיצוץ הבניין. בינתיים, חברי הצוות צריכים לעבור הערכה פסיכיאטרית, והדבר גורם לגיבס לדאוג לאבי.

לאחר שהארפר דירינג מפוצץ את מכוניתו של ואנס והורס את מרבית בנין אן-סי-איי-אס, מגבירים הסוכנים את מאמציהם ללכוד אותו, ואף מקבלים אישור מן הנשיא להורגו במידת הצורך.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות מאויימים על ידי ארגון טרור, בעוד חתונתו של ג'ימי פאלמר ממשיכה כרגיל.

לאחר ההצתה על הספינה, חקירתו של הצוות מגלה כי מדובר באותו מצית סדרתי בו נתקלו בעבר.

כאשר מכשיר ציטוט נמצא בשן של נד דורנגט, הצוות עושה הכל כדי לעצור את הארפר דירינג.

הצוות מתמודד עם פירומן סדרתי, בעוד טוני מתאחד עם "הילד מבולטימור".

לאחר שגופתו של קצין בצי נופלת מהשמיים, טוני מסייע לזיוה והמנטורית שלה, מוניק, בחקירת המקרה.

במהלך חקירת רצח של קצין בצי, הצוות מובל אל גיסו של המפקח ואנס.

גיבס חייב לעבוד עם מזכיר הצי מאט קרייבן ועם ד"ר סמנתה ראיין (ג'יימי לי קרטיס בתפקיד אורח) כדי לגלות מי הדליף מידע מסווג.

כאשר הקצין וויילי נרצח לפני שהספיק לאסוף מידע אודות סוכן הנשק המושמץ אגה באייאר, גיבס משתלט מייד על התיק.

ד"ר רוברט בנקס, פסיכולוג של הצי, נמצא מת. נדמה שמדובר בהתאבדות אך הצוות פותח בחקירה.