‎עובדים של איי-איי-אי נרצחים באורח מסתורי והצוות נדרש לעצור צבא של רחפנים רצחניים. ארגון האומות המאוחדות חוקר את לאנה ואת סיריל.

‎לאנה מנסה לעקוב אחר המשימות מחדר בקרה חדש ומשוכלל, אבל ארצ'ר והסוכנים נתקלים עד מהרה בבעיות טכניות תוך כדי העבודה.

‎הצוות מסתנן לקליניקה יוקרתית לניתוחים פלסטיים כדי ללכוד ברון פשע חמקמק שעומד לעבור ניתוח. לאנה מגלה את הסוד הקטן והמלוכלך של החֶברה.

‎בארי חוזר – ועימו גם בארי האחר, שנחוש להשמיד את האנושות. כדי לסכל את המזימה המרושעת, הצוות מגיע לאתר אחסון לפסולת גרעינית.

‎ארצ'ר מפקפק בתוכנית של זארה להפיל את מנהיג הוואנגארד, והמשימה הופכת לתחרות אינטנסיבית שמטרתה להיפטר מכמה שיותר שומרים.

‎חברי הצוות מגיעים לפריז כדי ללכוד גנבי אבנים יקרות, אבל אשת הקשר שלהם באינטרפול מבלבלת אותם. תגלית מוזרה קוטעת את תוכניות השיפוץ של לאנה.

הצוות מנסה לשבש את תוכניותיו השפלות של פביאן בעזרת חבר ותיק. הסוכנות פותרת סוף-סוף את בעיות ההנהגה שלה.

פביאן פונה לצוות בהצעה: הם יוכלו לקבל שוב שליטה מלאה בסוכנות, אבל קודם יהיה עליהם לבצע בשבילו פשע אחד קטנטן.

הצוות מגלה להפתעתו שארצ'ר בטיפול. באיי-איי-אי מגלים שהמטפלת שלו אינה מהמאגר, וקופת שרצים חדשה נפתחת.

משימה באמזונס משתבשת בגלל ויכוחים קטנוניים על מנהיגוּת, קצרים בתקשורת, בוס ערמומי – והיפופוטם רעב.

ארצ'ר צריך לנצח בתחרות כישורי הסוכנים בקלנדסטיקון כדי שהצוות לא יתפרק. רוברט מאיים ברוגע על לאנה. פאם נקלעת לחדר הלא נכון.

ארצ'ר לכוד בתוך מטה איי-איי-איי ובארי לכוד בתוך בארי אחר ו… איזו הפתעה! אף אחד לא יודע מה לעשות.

ארצ'ר יוצא למסע נועז בתוך מוחו של אדם שנמצא בתרדמת, בתקווה לדלות ממנו את המידע שחברי הצוות צריכים כדי לבנות מחדש מכשיר גנוב.

הסוכנות נערכת לקראת תרגיל גיבוש בפריז, אבל יש אקו-טרוריסטים שנחושים למנוע מהנסיעה לצאת לפועל.

ארצ'ר וחבורתו זה עתה הצילו את העולם משואה גרעינית. הפרס? חמישה לילות במלון שורץ עכברושים.

בפרק האחרון לעונה, ארצ'ר והצוות נוסעים לבסיס מחקר מרוחק באנטארקטיקה, ומסתבכים בתעלומת רצח בעלת השלכות גורליות.

איי-ג'יי נחטפת מהפנימייה, וארצ'ר, לאנה ושאר החבורה יוצאים עם רוברט למשימת חילוץ בינלאומית.

ארצ'ר נשבה בקסמיו של אליסטר, המשרת האישי החדש שלו. האם הוא גם יתחיל להקפיד על תרגילי השיקום?

ארצ'ר חוזר לעולם הריגול והמשימה הראשונה שלו היא לשמור על פסל יקר-ערך. המשימה השנייה היא לגלות את רגשותיו ללאנה, והשלישית – להשתכר עד אובדן חושים.

ארצ'ר זועם כשהוא מבין שהתרופה למחלת הסרטן שהוא מקבל מזויפת והוא פוצח במסע אלים נגד הנוכל שאחראי לכך.

ארצ'ר מגלה שעליו לעבור ניתוח בגלל סרטן השד והוא מנסה להשלים עם לאנה ועם עמיתיו בסוכנות.

סיריל, שמנסה להתגבר על מוניטין הלוזר שדבק בו, מחדיר וירוס למחשבי הסוכנות כדי שיוכל להביסו ולהתגלות כגיבור.

הסוכנות שולחת את ארצ'ר ולאנה לאזור הביצות של לואיזיאנה כדי להגן על צינור גז טבעי מפני טרוריסט אקולוגי ששם לו מטרה להרוס אותו.