בפרק האחרון לעונה, על הצוות להחליט אם להציל את חייו של קולסון או שלא, כי ההחלטה הלא נכונה תגרום להרס כדור הארץ.

טלבוט הנחוש והחזק לוקח את קולסון לפגישה עם האויב, בניסיון למנוע את הרס כדור הארץ. במקביל, דייזי יצאה לחפש אחר החומר שיעזור לקולסון להאריך ימים.

עתידה של דייזי כמשמידת העולמות עלול להשתנות משמעותית. בינתיים, טלבוט חוזר הביתה, פיץ-סימונס מנסים לרקוח תרופה מהחומרים שדייזי הביאה.

הצוות מוצא עצמו לכוד במגדלור בטעות וגם תחת מצור מגורם חיצוני. עכשיו עליו לנסות ולהיחלץ משם, תוך הדיפה של אויב בעל יכולות על אנושיות.

על הצוות למצוא דרך לעצור בעד רובי לפני שתיווצר תגובת השרשרת שתוביל להרס כדור הארץ, כפי שרובין חזתה.

פיץ-סימונס ויו-יו מנסים לנטרל נשק שעלול לגרום להרס כדוה"א. בינתיים, קולסון ודייזי מבקשים את עזרת טלבוט באיתור המיקום של גנרל הייל.

קולסון נאלץ לחבור לבעלי ברית מפתיעים כדי להציל את העולם. בינתיים, הצוות שלו מנסה לאתר אותו כדי לחלצו, ג'מה וסימונס מנסות לשכנע את מאק, שישחרר את פיץ.

קולסון מגלה את המניע האמיתי של גנרל הייל, ואם ש.י.ל.ד. לא יצליחו לעצור בעדה, ייתכן שזה מה שיחריב את העולם.

מיי מנסה לגלות את מה שקרה לה. בינתיים, קולסון ויו-יו מנסים לשתול אמצעי מעקב אצל הסנטור נדיר, חרף התנגדותו של גנרל טלבוט. דייזי ומייס מעידים בוועדה של הסנאט. והפעולות של…

קולסון ומאק, שנפרדו משאר הצוות, מגלים סוד מזעזע על המנהל מייס, שעלול לסכן את ש.י.ל.ד. פיץ מייעץ לד"ר רדקליף לשמור מרחק מהבסיס, ורדקליף ממשיך בתוכניתו מרחוק.

לאחר גילוי מפתיע, חברי ש.י.ל.ד עומדים בפני החלטה קשה. בובי ומאק מכריזים על נאמנותם להאנטר, ו-וורד והסוכנת 33 מטפלים בעניין פרטי.

סקיי נמצאת בבידוד, וג'מה נמצאת בבטן האדמה ועובדת על הטבעת העיר הסודית. בינתיים, הצוות מתכונן למבצע נגד הידרה, כדי לחסל את האנשים שארגנו את מותו של טריפ. ריינה עברה שינוי,…

היידרה שוכרת מתנקשים שיתחזו לסוכני ש.י.ל.ד. ויתקפו את האו"ם. קולסון שולח את מלינדה, לאנס ובובי למצוא את האיש שעיצב את כלי הנשק שלהם, ומתעמת עם הסנטור שקורא לחרם נגד הסוכנות.

קולסון ומלינדה מנסים להשיג ציור העשוי להיות המפתח למצבו ההולך ומתדרדר של קולסון. כאשר חברי הצוות לכודים, פיץ הוא התקווה היחידה שלהם.

עונה שנייה לסדרת האקשן המדוברת. בהמשך לסיום העונה הקודמת, גרנט וורד נמצא במעצר לאחר שנחשף כי היה סוכן כפול של הידרה, מלינדה מיי ממשיכה לעקוב אחרי קולסון, ניק פיורי נעלם,…

אויבים רבים מתקרבים אל עבר חברי הצוות, וקולסון מבצע פעולה נואשת כדי להצילם. בינתיים, רופא שומר על סודות העלולים לסכן את אחד הסוכנים. בתפקיד אורח: קייל מקלכלן.

כאשר כבר לא ניתן לבטוח באף אחד, הסוכנת מריה היל (קובי סמולדרס, "איך פגשתי את אמא") חוזרת כדי לסייע לקולסון בזמן שצוות ש.י.ל.ד. סופג מכה קשה.

קולסון והצוות מחפשים מקלט מהקולונל גלן טלבוט – במקום האחרון שמישהו יחשוב עליו. הם מתחילים לחשוף את סודותיה המסוכנים ביותר של סוכנות ש.י.ל.ד, סודות העלולים להשמיד את כולם.

סימון ממשיכה לסייע לאף-בי-איי ולמשטרה בחיפוש אחר הטרוריסט, וחוברת לשם כך לשוטר נולן.

לאחר נסיון התנקשות בחייו, מורגן אדג' מאשים את לנה במשחק מלוכלך. אלכס בודקת מדוע סמנת'ה חווה אובדן זיכרון.

לינה וג'׳ימס מתחקרים ביחד את מורגן לאחר שסמלים מבשרי רע מופיעים בלילה בנשיונל סיטי. ובערב חג המולד מופיע אויב חדש.

כשהרעלת עופרת פוגעת בילדי נשיונל סיטי, מורגן אדג' יוצא בהאשמה פרועה. אלכס ומגי מבינות אמת כואבת.

עם תחילתה של פלישת הדאקסמי, קארה עדיין מבולבלת ממעשה ההקרבה שלה. בעל הון כריזמטי מטפח תוכניות לבנות מחדש את נשיונל סיטי.

קאסל ובקט ממשיכים לחפש את הפצצה המלוכלכת ומוצאים את עצמם לכודים במקפיא… בתפקיד אורח: אלון אבוטבול.

מהגר סורי שנהיה לנהג מונית נרצח, והחקירה מובילה את קאסל ובקט למחסן שבו מצאו קרינה גרעינית. הפצצה המלוכלכת שמסתובבת בניו יורק מטרידה כעת גם את הממשל, אבל בקט וקאסל מחפשים…