וירוס סיילוני חדר למחשבים של הגלקטיקה, בשעה שסנטוריונים סיילוניים עלו ועושים את דרכם בקרב לעבר המרכזים הפגיעים של הספינה.

לאחר שקומנדר אדאמה נורה וכמעט מת, על טאי להוביל את הגלקטיקה ולשמור על המשאבים הנחוצים כדי להציל את חייו של הקומנדר.

בפרק האחרון לעונה, הגלקטיקה צריכה להשמיד ספינת בסיס סיילונית כדי לחלץ את אנשיה מקובול. קארה נתקלת בהיילו ובשרון בקפריקה הכבושה.

הגלקטיקה מגלה במקרה את הפלנטה קובול, מקורה המיתולוגי של האנושות, והמפקד אדמה והנשיאה רוזלין נקלעים למחלוקת לגביה.

מחבל סיילוני מבצע פיגוע על סיפון הגלקטיקה, והמפקד אדמה מקים ועדת חקירה שתמצא את האשמים.

המפקד אדמה ואפולו נחושים למצוא את קארה, גם תוך סיכון הצי כולו.

סרן אפולו מציע להשתמש באסירים כדי לכרות מים עבור הצי, אבל טרוריסט ממריד אותם ולוקח את נציגי הגלקטיקה בשבי.

הסיילונים תוקפים את הגלקטיקה בכל חצי שעה ועל הצוות לגלות כיצד הם מאתרים אותה. אבדן של ספינה מעלה פתרון אפשרי.

טיאלק נעקץ ע"י חרק ענק וקטלני ומוחדר לגופו ארס רעיל, טיאלק שמתחיל טרנספורמציה נוראית שבסופה גופו ישרוץ חרקים נמצא במנוסה. כעת ס"ג-1 חייבים למצוא אותו לפני קולונל מייבורן.

אחרי שאישה רביעית נעדרת בסיאטל בפרק זמן של 4 חודשים, ינ"ה מכונסת כדי ללכוד את החוטף לפני שיחטוף שוב. בינתיים, ארון הוצ'נר מתבקש לבחון בחשאי את ג'ייסון גדעון כדי לקבוע…