אמה מחליטה להפסיק להתעלם מהחזיונות שלה וללכת לטיפול. מרי מרגרט ודיוויד נאלצים להתמודד עם אורח מהארץ הסיפורים שלא סופרו שמנסה לפגוע בהם.

קארה וחבריה ניצבים בפני קשיים ותהפוכות ומנסים להיאחז בתקווה כנגד כל הסיכויים. לינה מסכנת הכול כדי להביא למפלתו של לקס לותור.

לקס לותור רוקם מזימה חדשה להשתלטות על העולם – והפעם היא מסוכנת מתמיד. קארה וחבריה חייבים לאחד כוחות בניסיון לסכל אותה.

בפרק האחרון לעונה, לקס מזמין את לינה ואת ליליאן לבית הלבן, ונערך לקרב גורלי עם סופרגירל.

קארה מתייצבת מול בת אדומה, ובינתיים ברייני מוביל מבצע לשחרור החייזרים, ולוקווד מגלה את האמת על לקס.

קארה ולינה מגיעות לקאזניה בחיפוש אחר לקס ומגלות שם מידע מפתיע ומטלטל. לוקלווד האבל מוצא נחמה בנקמה.

לינה וסופרגירל מחפשות רמזים בסטרייקרס איילנד בתקווה למצוא את לקס. ג'יימס הולך לטיפול וברייני מתמודד עם שאלה של מצפון.

לקס לותור עדיין מסתובב חופשי, וסופרגירל, אלכס ולינה רודפים אחרי החסידה הכי נאמנה שלו. ג'ון המוטרד מזמן את רוחו של אביו.

פלשבקים מראים שחזרתו של לקס לותור הייתה חלק מתוכנית הרבה יותר גדולה שמעורבות בה לינה, קארה – וכפילה מסוכנת.

המתח בין בני האדם לחייזרים מגיע לשיא חדש, וסופרגירל נאלצת לנקוט עמדה כדי לשמור על השקט. משימה קשה מעמידה למבחן את האמונות של אלכס.

לקס לותור מבקר את לינה ומנצל את אהדתה. ג'יימס נמצא בסכנת חיים, וג'ון וקארה יוצאים בעקבות מי שפגע בו – מנצ'סטר בלאק.

מנצ'סטר בלאק חוזר לפעול לצד צוות חדש של שותפים – ה"אליטה". ניה מתמסרת לאימונים.

סופרגירל ומנצ'סטר בלאק מנסים לאתר את סוכן החירות בעקבות מידע שקיבלו, אבל העניינים מסתבכים. לינה פותחת בסדרה ראשונה של ניסויים.

לקראת חג ההודיה, הסוכן ליברטי מפרסם מנשר של שטנה והסתה, ואילו ג'יימס, אלכס וקארה מנסים למנוע גל של אלימות נגד חייזרים.

פרק שחוזר בזמן לנקודה שבה הפך הסוכן ליברטי ממרצה חביב בקולג' לנבל שכל מה שמניע אותו הוא שנאה לחייזרים.

תגלית מזעזעת מעוררת טינה וזעם בשעה שמרסי גרייבס עוד מסתובבת חופשייה. ניה חושפת את סודה בפני ג'יימס, וחברת אל-קורפ מותקפת.

סופרגירל, מון-אל ואלורה משתפים פעולה כדי לעצור את סלינה, שנמצאת בדרכה לכדור הארץ ובאמתחתה תוכנית זדונית. ז'ון מתכונן לפרידה חשובה.

קארה צריכה לקבל החלטה גורלית שעלולות להיות לה השלכות כבדות על חבריה בכדור הארץ. ג'יימס וז'ון מאתרים את מקור הנשק הקטלני.

תלמידה שנמלטה מהכת של קוביל מוסרת יומן שיכול לעזור להציל את סם. מישהו מאיים לחשוף את זהותו של גארדיאן.

לאחר נסיון התנקשות בחייו, מורגן אדג' מאשים את לנה במשחק מלוכלך. אלכס בודקת מדוע סמנת'ה חווה אובדן זיכרון.

כשהרעלת עופרת פוגעת בילדי נשיונל סיטי, מורגן אדג' יוצא בהאשמה פרועה. אלכס ומגי מבינות אמת כואבת.

נבלית רבת עוצמה ובעלת יכולות על-חושיות מותירה את קארה חסרת אונים. לינה מגיעה לעבוד בקאטקו במשרה מלאה ומוסרת את האחריות על אל-קורפ לידי מנהלת חדשה.

חייזר מגזע שבעבר היה רודף שלום, תוקף את נשונל סיטי, וקארה, מון-אל וג'יימס מגלים משגר שבנו לאנה והחייזרית ריאה.

גמד נוכל בשם מיקסזפיטליק מופיע ומציע נישואין לקארה. קארה ומון-אל חייבים למצוא דרך לעצור את היצור המטריד מהממד החמישי.

ז'ון לוקח את מגאן לדי-אי-או כדי להגן עליה מפני ארמאק – מאהבה לשעבר, שהגיע לכדור הארץ כדי ללכוד אותה ולהשיבה למאדים, שם תוצא להורג כבוגדת.

לאנה מואשמת בכך שסייעה למטאלו ולליליאן להימלט מבית הכלא. קארה מסרבת להאמין שחברתה אשמה ומנסה לטהר את שמה.

כנופיית גנבים קשוחים תוקפת את סופרגירל באמצעות טכנולוגיה חייזרית, והיא מגלה שהארגון 'קדמוס' מספק להם את כלי הנשק המתקדמים.

מעבורת חלל מסחרית סובלת מכשל במנוע, וקלארק קנט, בן דודה של קארה, עוזר לה לחלץ את החללית ולחקור את המקרה.

סם ודין חוקרים מקרה מוות מסתורי של שני אנשים במהלך משחק תפקידים של ימי הביניים. בחקירתם הם נכנסים לזירת המשחק ומגלים שמלכת הממלכה אינה אלא צ'רלי. השלושה מחפשים את הרוצח…

סם ודין חוקרים רצח מזוויע ומגלים שהאחראי הוא רוח של הרוצח הסדרתי הראשון בהיסטוריה האמריקאית. ג'ו ממרה את דברי אלן ועוקבת אחרי האחים במטרה לעזור להם בחקירה, אך במהרה נתפסת…

סיסקו מאתגר רוצחת שכירה מכדה"א 19 שמחפשת את ה.ר, ועומד בפני קרב עד מוות. איריס משכנעת את וולי לעזור לה לעצור סוחר נשק.