לויד במסווה מגיע אל מקדש חבוי, שם הוא מצטרף למועצת מלך הקריסטל ומגלה את הזהות האמיתית של קאבוקי מאסק.

הנינג'ות נערכים מחדש בתחנת הדלק של טוויטצ'י ובורחים מפני האונדוג מקבראג עם תוכנית לפלוש למועצת מלך הקריסטל.

ניה, בתור סמוראי אקס, עוזרת לנינג'ות לברוח, אבל המרשל הכי קשוח של נינג'גו, האונדוג מקבראג, יוצא בעקבותיהם.

הנינג'ות פוגשים אויב ותיק בכלא ומנסים למנוע את בריחתו, בזמן שניה מוצאת תקוה חדשה במכונה ישנה.

הנינג'ות נלחמים בנינג'ות החדשים כדי להרוויח זמן בשביל שאספירה תוכל להסיר את הכוחות של ניה וכך להפוך אותה להיות אנושית שוב.

הנינג'ות נשלחים לכלא, ולויד מקבל מבקר מסתורי במסכה עם אזהרה ממלך הקריסטל.

קלואי חודרת ללות'רקורפ ושואפת בטעות גז קריפטונייט. היא מגלה שאנשים מתחילים לספר לה את סודותיהם הכמוסים ביותר, ומחליטה לנצל את ההזדמנות לנסות ולגלות את האמת על קלארק.

בפרק סיום העונה, מזמרו מתמרן את מגנטו כדי לפתוח את הדלת השנייה, ומשתמש במיסטיק וברוג כדי לפתוח את השלישית. אפוקליפסה מביס בקלות את כוחותיהם המשולבים של המוטאנטים ונמלט.

רוג מאבדת שליטה על כוחותיה ומתאשפזת בביה"ח. היא מגלה שהיא בתה המאומצת של מיסטיק, וזו מגלה דרך חזיונות של דסטיני בדבר גורלן של רוג ושלה, שקשור בחזרתו לחיים של מוטאנט…

מזמרו מצליח לשלוח במוחו של גמביט וגורם לו לגנוב מאנג'י חצי מאבן העכביש.

מיסטיק בורחת ממאסר בעוד האקס-מן משקמים את המכון. היא מתחזה לאלכס ומוליכה את סקוט לתוך מלכודת, כעת סקוט נמצא בלב המדבר המקסיקני ללא משקפיו.

האקס-מן והאחווה מתמודדים עם ההשלכות של חשיפת המוטאנטים לעולם ומיסטיק מצליחה לפוצץ את המכון. כעת, לאחר שמוטאנטים משני הצדדים נפלו בשבי, על הנותרים למצוא אותם ואת הפרופסור.

האחווה ואקס-מן מגיעים להילחם במגנטו, כשלפתע זזקיף משתחרר. סוכני הממשלה, ביחד עם הזקיפים, תופסים כמה מוטאנטים בעוד האחרים בורחים. ואילו סקוט מאשים את הפרופסור בכל.

וולברין נעלם והאחווה חוברים לאקס-מן כדי לנצח את מגנטו. המכון עובר למצב השמדה עצמית. אמארה וטבית'ה מוצאות את סקוט, שנשאר מאחור. אבל כשהם מגיעים לחדר הבקרה, השעון סופר לאחור.

כשהוא מרגיש קלסטרופובי במכון, חיה לוקח כמה מהילדים עמוק לתוך היער הלאומי של רדווד למחקר מדעי של האדמה, שם הוא חושב שלא ימצאו אותם.

לאנס מגיע למכון כשהוא רוצה להצטרף לאקס-מן. לצערו די קשה לו להתרגל, וזה לא נהיה יותר קל כשמאשימים אותו על נסיעות ליליות בכלי תחבורה של האקס מן של תלמידים אחרים.

שון וגאס עוזרים למשטרת סנטה ברברה לפתור תיק, אבל עד מהרה ננזפים על מאמציהם כי לא פעלו על פי נהלי המשטרה. בעקבות המקרה, המפקדת ויק מארגנת להם קורס מזורז בן…

דין מופתע כשהוא מקבל שיחה מגארת', המבקש את עזרת האחים. סם ודין מגלים שהם מתמודדים עם שוג'ו, יצור יפני שנשלח לנקום באויבים. החלק הכי נורא בלהלחם בשוג'ו? אפשר לראות אותו…

סאם ודין מגלים שקבוצה של רוחות רוצחת את הצוות של סרט אימה.