דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

קארה וברייני צריכים להסתגל למציאות החדשה בכדור הארץ שלאחר המשבר. לקארה קשה להתמודד עם שינויים מסוימים, וברייני מרגיש שהוא לא ממצה את הפוטנציאל שלו.

בפרק האחרון לעונה, כדור הארץ שרוי בכאוס והצוות משתף פעולה כדי להילחם בריין. המצב החדש מעורר בסופרגירל מחשבות על הייעוד שלה. סם נחלשת ומחפשת מקור כוח.

סופרגירל, מון-אל ואלורה משתפים פעולה כדי לעצור את סלינה, שנמצאת בדרכה לכדור הארץ ובאמתחתה תוכנית זדונית. ז'ון מתכונן לפרידה חשובה.

מון-אל וסופרגירל יוצאים למשימה חשובה ונדהמים נוכח תגלית מפתיעה. במקביל, בכדור הארץ, זעמה של ריין מעמיד למבחן את הנאמנות של לינה.

קארה צריכה לקבל החלטה גורלית שעלולות להיות לה השלכות כבדות על חבריה בכדור הארץ. ג'יימס וז'ון מאתרים את מקור הנשק הקטלני.

שלוש הורגות העולמות מתאחדות, והזמן הולך ואוזל. לינה ואלכס משתפות פעולה עם סופרגירל בניסיון לשכנע את סמנת'ה, שנמצאת בממד אחר, לחזור לעולם האמיתי לפני שיהיה מאוחר מדי.

קארה משוכנעת שבהורגת עולמות שבויה עוד נותר שמץ של טוב, אבל אלכס לא קונה את זה. וין מצטרף לז'ון ולמון-אל היוצאים למשימה חשובה.

ריין מסתובבת חופשי בנשיונל סיטי. לאחר תבוסתה של קארה, מון-אל שולח את אחד מחברי לגיון גיבורי-העל לתוך התת-מודע המיוסר שלה.

סופרגירל חוברת אל סאטורן גירל ואל שני בני ברית מפתיעים, ויוצאת איתם אל פורט רוז. שם הם צפויים למצוא אסירה שיודעת כיצד לחסל את ריין.

מסע תת-ימי מקים לתחייה תקווה שנקברה מזמן. סמנת׳ה נוסעת בזמן הביתה כדי לחקור את עברה, ומגלה את האמת על סיפורה המקורי.

סמל מוכר מסב את תשומת לבה של קארה אל אדם הנתון במשימה מעוותת. סמנת׳ה משקיעה מעצמה במקום העבודה, אבל חוששת שהיא מאכזבת את בתה.

סם ודין חוקרים כמה מקרי רצח ומגלים שהמשותף להם הוא שבכולם הושתל איבר מאותו תורם. זהותו של התורם מתגלה ועתה יש לצוד את הלב, המפתח לכל האיברים. סם מודיע לדין…

הצוות מוכרח לגלות מה גרם לפציעותיו של סטודנט צעיר לפני שמצבו יחמיר. ד"ר גלסמן מבשר לשון בשורות מדאיגות ודעתו מוסחת במהלך ניתוח.