צ'אק ושרה עובדים על התקשורת ביניהם ומדהים מתאחד מחדש עם מישהו מעברו הקצר בתחום הריגול: גנרליסימו גויה (ארמנד אסנטה). טיה טקסדה ומקנה מלווין מופיעות אף הן בתפקידי אורח.

צ'אק חייב להשתמש במערכת היחסים שלו עם מדהים כדי להגן על דיקטטור אורח, פרמייר גויה (ארמנד אסנטה בתפקיד אורח), שהוא יעד להתנקשות.

בפתיחת העונה החמישית, צוות אן-סי-איי-אס נכנס לעימות מסוכן עם סוחר נשק, המסתיים בצורה הרסנית.

פרק 24 ואחרון לעונה. גיבס מנסה לפענח למה הסוכנים מתבקשים לעבור בדיקת פוליגרף, בעוד טוני וחברה שלו מוחזקים כבני ערובה בידי סוחר סמים.

גיבס דוחה את עבודת הניירת שלו על מנת להוביל את חקירת הרצח של אישה שנמצאה במונית בדרך למפקדה. בינתיים, ג'ני חושפת סוד בנוגע לעברה.

סוחר נשק עושה עסקה עם הסוכנים, ומסכים לתת להם את שמו של סוחר בכיר שבידיו המערכת הלוויינית המוצפנת של חיל הים. החקירה מצריכה אדם אנגלי כבן 60, ודאקי נשלח למשימה.

אביו של אמארו חוזר לחייו במפתיע ומזמין אותו לחתונה שלו. אמארו נאלץ לנווט בין ההיסטוריה המשפחתית שלו לתפקידו, לאחר שהמסיבה מסתיימת בקטטה.