כאשר מולדר נלכד על גבי רכבת ממולכדת במתקן נפץ, סקאלי מחפשת אחר האמת מאחורי מעורבות הממשלה בניסויים סודיים.

סרט וידאו של "ניתוח שלאחר המוות של חייזר" ורצח של דיפלומט יפני מביאים את מולדר לחפש אחרי יצור משונה ברכבת.

כשהיא מבוהלת עם שכחה ובמנוסה, ואלה לוקחת עבודה כמלצרית כשהיא מנסה לחבר את חלקי הפאזל בנסיון להיזכר מי היא ומה קרה לה.

פרק סיום העונה! מענה לשאלות! חשיפת סודות! עימותים… מעומתים! דמויות מתפוצצות! והמון דברים נוספים!

לעולם אל תבטחו בגיבור-על שחוק – "הבנים" לומדים את הלקח הזה בדרך הקשה. בינתיים, הומלנדר מחטט בעברו, סטארלייט מגלה שהאהבה כואבת, ואם תבקרו אי פעם בסנדוסקי, אוהיו, ובחורה תבקש לגעת…