אוסיירה משתלטת על "דיסקברי" ומוצאת את מטה הפדרציה, אבל טוענת שפניה לשלום. מייקל נאבקת להחזיר את הספינה לשליטת הצוות.

צוות הדיסקברי מגלה את שרידיו של צי הכוכבים ואת מפקדו הזהיר, אדמירל ואנס. למרות החששות, האדמירל מטיל על הצוות את משימתו הראשונה.

קרטר מגלה יותר ממה שהוא רוצה כאשר הוא לכוד במימד חלופי עם המדענית החדשה. בינתיים, אבי התינוקות של לקסי מגיע העירה.

כאשר מולדר נלכד על גבי רכבת ממולכדת במתקן נפץ, סקאלי מחפשת אחר האמת מאחורי מעורבות הממשלה בניסויים סודיים.

סרט וידאו של "ניתוח שלאחר המוות של חייזר" ורצח של דיפלומט יפני מביאים את מולדר לחפש אחרי יצור משונה ברכבת.

כשהיא מבוהלת עם שכחה ובמנוסה, ואלה לוקחת עבודה כמלצרית כשהיא מנסה לחבר את חלקי הפאזל בנסיון להיזכר מי היא ומה קרה לה.

פרק סיום העונה! מענה לשאלות! חשיפת סודות! עימותים… מעומתים! דמויות מתפוצצות! והמון דברים נוספים!

לעולם אל תבטחו בגיבור-על שחוק – "הבנים" לומדים את הלקח הזה בדרך הקשה. בינתיים, הומלנדר מחטט בעברו, סטארלייט מגלה שהאהבה כואבת, ואם תבקרו אי פעם בסנדוסקי, אוהיו, ובחורה תבקש לגעת…