מצבו הבריאותי של הירו ממשיך להדרדר. אנג'לה לוקחת סיכון כאשר היא עוזרת לניית'ן החדש להרוויח מחדש את זכרונו. טרייסי מנסה לעשות רושם במטרה להשיג את עבודתה בחזרה.

סיילאר הולך לחברה ומשחרר בטעות 12 אסירים בעלים כוחות באמצע קרב עם אל. פיטר העתידי מנסה לתקן את הטעות שעשה. אנג'לה משתלטת על החברה. קלייר לומדת עוד על הכוחות שלה….

לאחר מבט אל העתיד, היורה בניית'ן נחשף. מאט רודף אחריו ומועבר למדבר. הירו מקבל הודעה חשובה מאביו. מאיה נותנת רעיון למוהינדר לגבי מחקרו. ניית'ן מחלים ומקבל ביקור מלינדרמן.

צ'אק חייב להציל את החתונה של אלי – ואת חייה. בתפקידי אורח חוזרים מורגן פיירצ'יילד, ברוס בוקסלייטנר, טוני הייל, סקוט באקולה וצ'בי צ'ייס.

נערה נמצאת מתה באקדמיה יוקרתית לבנות. ד"ר מייסי מבצע את הנתיחה ביחד עם פתולוגית ששכרה המשפחה העשירה. ג'ורדן חוקרת מקרה של גבר שמת בתאונת אופנוע קלה יחסית, בעוד אחיו יצא…

בפרק האחרון לעונה, לקס מזמין את לינה ואת ליליאן לבית הלבן, ונערך לקרב גורלי עם סופרגירל.

קארה מתייצבת מול בת אדומה, ובינתיים ברייני מוביל מבצע לשחרור החייזרים, ולוקווד מגלה את האמת על לקס.

קארה ולינה מגיעות לקאזניה בחיפוש אחר לקס ומגלות שם מידע מפתיע ומטלטל. לוקלווד האבל מוצא נחמה בנקמה.

לינה וסופרגירל מחפשות רמזים בסטרייקרס איילנד בתקווה למצוא את לקס. ג'יימס הולך לטיפול וברייני מתמודד עם שאלה של מצפון.

לקס לותור עדיין מסתובב חופשי, וסופרגירל, אלכס ולינה רודפים אחרי החסידה הכי נאמנה שלו. ג'ון המוטרד מזמן את רוחו של אביו.

מנצ'סטר בלאק חוזר לפעול לצד צוות חדש של שותפים – ה"אליטה". ניה מתמסרת לאימונים.

ג'ון וקארה חוקרים אירוע קשה המעיב על חגיגות יום האהבה ומגלים קשר לחקירה זוועתית של המחלקה לעניינים על-טבעיים – ולחייזר חדש ומפחיד.

ניה משתפת את קארה וברייני בחלום נבואי, והם מעודדים אותה לאמץ את הגורל שלה. מנצ'סטר בלאק מחפש נקמה ומבקר את בן לוקווד.

למרות חלקיקי הקריפטונייט המסוכנים שעדיין נישאים באוויר, גיבורים רבים יוצאים ומסכנים את חייהם. ג'ון מחפש את פיונה ומוצא בן ברית.

תגלית מזעזעת מעוררת טינה וזעם בשעה שמרסי גרייבס עוד מסתובבת חופשייה. ניה חושפת את סודה בפני ג'יימס, וחברת אל-קורפ מותקפת.

מחשב של אדמירל נדבק בווירוס. הוא מגייס את מגי ואת צוות אן-סי-איי-אס כדי לאתר את ההאקר לפני שהווירוס ימחק את התיקים האישיים והמקצועיים שלו. אלכס יוצאת לחופשה כדי לסייע לאימא…

בעודם חוקרים את רציחתו של מפקד וותיק, חברי הצוות נתקלים בחלק של פצצה אטומית ישנה מתקופת המלחמה הקרה.