עובד ב-"מאסיב דיינמיקס" קופץ מחלון תוך כדי שהוא הוזה שנחיל פרפרים תוקף אותו. בינתיים, לאוליביה נמאס מהחזיונות שלה על ג'ון סקוט ומחליטה לחזור אל תוך המיכל ולהיפטר מהם לתמיד.

המפעיל של סוזן לא מרוצה מהתקדמותה ופוקד עליה להפעיל תכנית חילוץ שעלולה לסכן את מייקל. סופיה מגלה פרטים חדשים על העבר של וויסלר. מהון מנסה להעיד אבל הגמילה משפיעה עליו.

מייקל משתמש בקרב עם ויסלר כהסחת דעת. הם מנסים לברוח בחסות המהומה, אבל המצב משתבש והם נאלצים להילחם. מעמדו של לוצ'רו כמנהיג הכלא מתערער והוא מאשים את מייקל בכך. העסקה…

יום הבריחה מגיע. מייקל מאיים על ביטול כל עניין הבריחה בתנאי שהוא יראה הוכחה חדה ומוכחת ששרה עדיין חיה. טיג, שעקב אחרי ויסלר, נרצח, והחשד נופל על ויסלר ולמאהון יש…

לכלא מגיע אדם חדש, אנדרו טייג, שמתעקש שהוא מכיר את ויסלר וששמו מקפדן. מייקל מתכנן בריחה לאור יום ומנסה ללמוד את הרגליהם של השומרים. לינק וסופיה מתכננים אמצעי מילוט לחבורה…

לינקולן מקבל חבילה מסוזן שמבהירה לו שכדאי לו ולמייקל להצליח בתוכנית הבריחה. מייקל ממשיך לתכנן את הבריחה ומנסה לבדוק את השטח מחוץ לכלא. טי-באג מנסה להתקדם בסולם הדרגות בצוות של…

ויסלר מספר למייקל איך הסתבך עם החברה. מייקל מנסה ליצור קשר עם שרה אבל הטלפון היחידי בכלא נמצא אצל לוצ'רו ומייקל נאלץ לסמוך על טי-באג שיעזור לו. מהון ממשיך להיאבק…

מייקל מוצא את ויסלר, אבל מתברר שיש פרס על ראשו, וכשמהון מגלה שהוא נמצא בביוב הוא מחליט למצוא אותו ולהסגיר אותו, תמורת שחרורו האפשרי. לינק עוקב אחרי חברתו של ויסלר.

עונה שלישית, כלא חדש, צרות ישנות. סקופילד מצא את עצמו שוב בכלא, הפעם בכלא סונה שבפנמה, בלי תכנית בריחה וללא לינק שקיבל חנינה נשיאותית. האם יכול להיות שהוא שפן ניסיונות…