כשג'ונתן מתחיל להתנהג מוזר, קלארק חושב שג'ור-אל שולח לו מסרים דרך המפתח ושבגללו ג'ונתן התרחק ממשפחתו. ליונל מגלה את קלארק במערות, ומנסה לרקום עסקה עם ד"ר סוואן לגילוי סודותיו.

ד"ר וירג'יל סוואן (כריסטופר ריב, "סופרמן" בסדרת הסרטים), מדען מסתורי אשר מחזיק הודעה לקלארק מכוכב הולדתו, נחוש לגלות מהיכן הגיע. קלארק יוצא לניו-יורק על מנת לפגוש את ד"ר סוואן.