בפררק האחרון לסדרה, העימות מגיע לשיאו. הסיילונים ובני האדם עומדים בפני החלטה קשה.

בשעה שהגלקטיקה מפורקת למען חלקיה, נשמעת קריאה בחיפוש אחר מתנדבים לשם ביצוע משימה אחרונה.

ההתנגדות לברית עם הסיילונים הופכת אלימה, כאשר חילופי אש נערכים ברחבי הספינות ואלה שתומכים בברית מוצאים את עצמם תחת מתקפה.

חטיפתה של הנשיאה רוזלין בידי הסיילון ההיברידי גורמת למאבקי כוחות בקרב צי המתיישבים.

מנהיגותה של הנשיאה רוזלין עומדת במבחן כשה"גלקטיקה" חוברת למורדים הסיילונים במטרה להשמיד את מרכז ההחייאות של האויב.

אמונותיו של באלטר יוצרות שערורייה עבור אלו הנאמנים ל-12 האדונים של קובול, וסופו של חבר לצוות מעכיר את האווירה בקרב המתיישבים.

לגלקטיקה עולים אנשים מסג'יטריון. הם חולים במחלה מסתורית שיש לה תרופה, אבל הם מתנגדים לתרופות ולרופאים. הילו עוזר להם ונאבק בכל אנשי הגלקטיקה.

חבלה, מחלוקת, וברית לא סבירה מסבכים את הגלקטיקה בשעה שהצי מחכה למשפט של גאיוס בלטאר.

מנהיג העבודה הפנימי של צ'יף טיירול גורם לו להתנגד לאדאמה ולהפוך לנקודת ההתלכדות עבור שביתה.

גזענות, מחלות ורצח משתוללים ברחי הגלקטיקה בשעה שהצוות הרפואי מתקשה להשתלט על מגפה שהגיעה מפליטים סג'יטרונים.

הסיילונים נוקטים אמצעים נגד בני האדם לאחר פיגוע בבית הספר לשוטרים, בשעה שאדאמה מתכנן לשלוח קצין מהגלקטיקה לקאפריקה החדשה כדי לעבוד עם ההתנגדות.

בקאפריקה החדשה, טאי ומורדים אחרים תוקפים את הסיילונים ואת משתפי הפעולה האנושיים שלהם, בשעה שבגלקטיקה, אדאמה מתכנן משימת חילוץ.

הגילוי המקרי של כוכב הראוי למגורים מטה את הבחירות לטובתו של בלטאר, בשעה שמשימת החילוץ של סטארבק לקאפריקה נתקלת בבעיה לא צפויה.

בפרק פתיחת העונה הרביעית – העלילה ממשיכה כעבור שבוע מאז שהמחלקות בשני העולמות החלו לעבוד יחד.

לאחר שפיצוץ מתרחש במטוס עליו נמצאים קלארק וטס, קלארק נאלץ למצוא דרך להצילם מבלי שטס תגלה את סודו. בינתיים, ג'ימי מגלה צד מפתיע באישיותו של דיויס, שהוא מצידו מופתע לגלות…

אחרי שגילו שגופתה של קלואי אינה בקבר, מתחילים קלארק ולויס לחקור, אך אביה של לויס, גנרל ליין עוצר בעדם. הם חושדים שהגנרל יודע יותר משהוא מספר ושיש לו קשר עם…

ס"ג-1 פוגשים אישה צעירה עם היכולת לשלוט במשכפלים, ומי שיכולה להחזיק את המפתח לישועה של האסגרד.

ס"ג-1 חוזרים ממשימה ומגלים כי חייזרים משני-צורה השתלטו על מפקדת הסטארגייט ומתחזים לאנשיו. קרטר, שמצליחה להימלט, חייבת לשכנע את חיל האוויר שמדובר במצב פלישה אמיתי.

ס"ג-1 עומדים למשפט ומוגלים לעולם המשמש כבית-כלא. שם הם פוגשים באישה מבוגרת, שמשום מה מצליחה לשלוט בכל האיסרים ביד רמה ויחדיו הם זוממים לברוח דרך הסטארגייט.

כאשר חייזרים עוצמתיים מגיעים דרך הסטארגייט של כדה"א, קולונל ג'ק אוניל חוזר לאבידוס כדי להשיב את דניאל ג'קסון שגילה כי מערכת המעבר החוצנית כוללת הרבה יותר משני כוכבי הלכת.

קיין מוביל משימת שלום עם האדמנים. ג'ספר משתתף בניסוי מסוכן והנשיא דנטה וולאס משחרר אזהרה.

קלארק חוברת לבת ברית בלתי צפויה לאחר גילוי נורא על אודות המחלקה הרפואית של 'מאונט ות'ר'. אבי מודה בפשע.

סם מחליט להפסיק לצוד אבל חווה חוויה קשה כאשר הוא מקבל ביקור פתע. דין וקסטיאל מנסים למצוא את הארכי-מלאך רפאל במטרה לעצור את האפוקליפסה.

דין מתחשמל בעת מרדף ולוקה בלבו. סם גורר אותו אל כומר הידוע בכוחות הריפוי שלו. כשהאחים מגלים שמדובר בכישוף שחור המרפא חולים וממית אחרים בתמורה, הם מחפשים דרך לשבור את…

שון מתקשה להתמודד עם הלחץ והגירויים באזור ההסגר. מורגן נאלצת להתאמץ כדי לדאוג שהמטופלים שלה ישרדו. קלייר ומלנדז מחפשים דרך לבצע השתלת מח עצם למרות ההסגר.

שון, מורגן ולים נמצאים בהסגר בחדר מיון בעקבות התפרצות של נגיף דמוי-סארס. מלנדז וקלייר מטפלים באדם שזקוק להשתלת עצם, והתורם שלו נמצא גם הוא באזור ההסגר.

לאחר שארצ'י ושריל נפתחים בפני השריף, בטי מבקשת מג'אגהד לסקר את המקרה בעיתון בית הספר. ורוניקה מסובכת עם צ'אק הספורטאי.

המשטרה פותחת בחקירת מותו של ג'ייסון. רגשות האשם של ארצ'י והחשדות של ג'אגהד מתעצמים.

בתיכון ריברדייל, בטי, ארצ'י, ג'אגהד והנערה החדשה ורוניקה נאבקים בתשוקות מתנגשות ומתמודדים עם מותו הטראגי של אחד מהתלמידים.

שוד בנק שולח את אוליבר בעקבותיו של טד גיינור, אדם שנמצא ברשימה של אביו. בינתיים, תיה חושדת שמלקולם ומוירה מקיימים רומן, ומלקולם מנסה לשנות את דעתו של טומי לגביו.