גיבס נדרש להתמודד עם ההשלכות לאחר שעזר לזיווה לעשות את "הדבר האחד" שהיא אמרה שתטפל בו לפני שתשוב למשפחתה.

גיבס והצוות עוזרים לזיווה ב"דבר היחיד" שהיא אמרה שעליה לעשות לפני שתוכל לשוב למשפחתה.

זיווה חוזרת ומזהירה את גיבס שחייו בסכנה, והם נאלצים לצאת במצוד אחר מי שרוצה במותם. במקביל, הידיעה שזיווה בחיים משפיעה על צוות החקירה וגורמת לחילוקי דעות.

תפנית בחקירת האיום על גיבס וזיווה לאחר פיגועים בוושינגטון. זיווה לא חושפת את כל מהלכיה ומעוררת חשדות בקרב הצוות.

פרק סיום העונה. בתו של פורנל מאושפזת בגלל מנת יתר והוא דורש מגיבס לעשות הכול לתפיסת סוחר הסמים. החקירה גורמת לגיבס להתמודד עם השדים שלו.

טוני מגיע לישראל, נחוש לגלות מה עלה בגורלה של זיווה. בינתיים, גיבס והצוות ממשיכים במרדף אחר פרסה ורשת הטרור המתרחבת שלו.

בפרק הראשון לעונה, פיצוץ במהלך אירוע בוושינגטון הבירה גורם לפרסונס לשנות את זווית הראיה שלו בנוגע לצוות אן-סי-איי-אס. דינוזו ומקגי חוקרים את המקרה כאזרחים.

בפרק סיום העונה, הצוות מנסה לבלום התקפת טרור נגד חיל הים, בזמן שגיבס, שעדיין מתאושש מפציעתו, סובל מאובדן זיכרון.

סוחר סמים מובא לתחקור ביחידה, אך נופל ומת במעלית. אחיו של האדם, עדיין לא עודכן בדבר מותו של האח, מתקשר ומודיע שהוא חטף את שפרד ושיהרוג אותה אם לא יחזירו…

גיבס נפגע בפעולת טרור וטוני לוקח את הפיקוד, למורת רוחם של כמה מחברי הצוות. גיבס חווה פלאשבקים מעברו שמציפים אותו ברגשות שהודחקו.

הצוות חוקר סביב בית הארחה של משפחות של חיילים, לאחר שנמצא חדר מטונף בדם וברקמות אדם. דאקי מגלה שהממצאים נלקחו משלוש גופות שונות שנותחו באופן מקצועי.

חברה ביחידת ההצפנה של משרד ההגנה נמצאת מתה כתוצאה מהתאבדות, כאשר הצוות נמצא בפנטגון במרדף אחר חפרפרת. אבי מגלה שמישהו היה עם הקורבן בעת מותה.

גופתו של חייל מארינס נמצאת באגם קפוא. גילוי גופות נוספות בסביבה גורם לצוות לחשוד בכנופיית רחוב.

רכב רפואי המוביל את גופתו של חייל מארינס שמת בתאונת דרכים מתפוצץ, והצוות מגלה שהפיצוץ לא היה מקרי. המסתורין מסתבך עוד יותר עם גילויה של ראייה חדשה.

הצוות נוסע לכיוון פארק לאומי, לאחר שמלח נהרג שם בידי דוב. מסתבר שהייתה איתו אישה, שכנראה עדיין נמצאת בסיכון. בינתיים, אבי זועמת בגלל שגיבס שכח לקחת אותה לארוחת הערב המסורתית…

הצוות מבצע פשיטה על מוסך תיקונים בניהולם של אנשי חיל הים, ומגלה ראש אדם קפוא בתא המטען של אחת המכוניות.

הצוות מחפש אחר הרוצח המקצועי שרצח שתי נשים קוריאניות הנשואות לחיילי מארינס. החשש הוא שלרוצח יש מניע גזעני, ושאישה נוספת נתונה בסכנה.

קצינת חיל הים נחטפת, והמקרה הופך לבהול כאשר הצוות מגלה שהיא בין האנשים היחידים שידעו את מסלולה של רכבת המובילה נשק גרעיני.

הצוות חוקר את מה שנראה כהתאבדות של דוגמנית-על שהשתתפה בתכנית ריאליטי אשר צולמה בבסיס של המארינס.

צוות הזיהוי הפלילי אוסף ראיות מזירת רצח, המצביעות על כך שטוני הוא החשוד המרכזי. היחידה מזדרזת לגלות מי הפליל אותו.

הצוות מגן על מקגי לאחר שירה באדם שלפי טענתו כיוון אליו נשק, ואשר מתגלה כשוטר סמוי.

טוני וזיווה מתחזים לבעל ואישה רוצחים שכירים על מנת ליצור קשר עם תא טרור המתכנן לפעול בנשף של בכירי צבא.

הצוות מחפש אחר מפקד בחיל הים, שנעלם באותו היום בו חלה פריצה באבטחה של תוכנה שהיה לו קוד אליה. במהלך החקירה, גיבס שומר על בנו הקטן של הנעדר, שמזכיר לו…

הצוות מחפש אחר אשתו הנעדרת של חייל הממוקם בעיראק. מסתבר שהיא ניהלה אתר פורנוגרפיה מביתה, ויכול להיות שנרצחה מול מצלמת הווב-קאם. טוני מגלה שדעותיה של זיוה לגבי מיניות דומות לדעותיו…

סוכנת המוסד זיוה מצטרפת לצוות של גיבס, והתיק הראשון שלה הוא מקרה מסתורי של שרידי גופה מהתקופה האחרונה שנמצאו בארון קבורה מימי מלחמת האזרחים.

קצין בחיל הים נורה ונהרג על הכביש המהיר. הצוות מתפלא לגלות שאדם עם אותו השם, דרגה ועבודה – הינו בחיים.