פינץ' פורץ לסוכנות לביטחון לאומי כדי לשתול את הווירוס שישמיד את "השומרוני". המכונה מראה לפינץ' סימולציות של מה שהעולם היה בלעדיה.

לאחר החזרת המכונה לפעולה, מתגלים כל מיני באגים, ביניהם שגיאה בזיהוי פנים, והמכונה מזהה את הרולד, רוט וג'ון כאיומים בגלל חלק ממעשיהם בעבר, מה שמוביל לסכנות בלתי צפויות.

קרטר וריס נוסעים לטקסס על מנת לחקור את היעלמותה של נערה בת 14 מלפני מעל לעשור. המקרה עשוי להוביל אותם אל פינץ' ואל מי שחטפה אותו.

עונה שנייה לסדרת המתח. לאחר חטיפתו של פינץ' בעונה הקודמת, ריס מנסה לאתר אותו ומגיע אל פושע שגנב כסף מהאחווה הארית.

פינץ' משכן את ריס הפצוע בבניין דירות, שנועד להסתיר אותו מהסי-איי-איי. המכונה אף העלתה את שמו של אב הבית של הבניין, שנראה שהוא אובססיבי כלפי אחת הדיירות. ריס נשאר בבית,…

בפרק סיום העונה, הצוות מנסה לבלום התקפת טרור נגד חיל הים, בזמן שגיבס, שעדיין מתאושש מפציעתו, סובל מאובדן זיכרון.

גיבס נפגע בפעולת טרור וטוני לוקח את הפיקוד, למורת רוחם של כמה מחברי הצוות. גיבס חווה פלאשבקים מעברו שמציפים אותו ברגשות שהודחקו.

אחד מהקעקועים מוביל את הצוות לטייס של חיל האוויר. זכרון מטריד רודף את ג'יין במהלך פגישתה עם הטייס.