פרק אחרון בסדרה. וינדמארק מענה את ברוילס, אבל ברוילס מספיק להזהיר את הצוות לפני שהוא מסגיר את מיקומם. הם פותחים חור תולעת, שאליו אמורים להיכנס מייקל ווולטר.

פרק ה-200, אשר כולל בין היתר מחוות לקלאסיקות קולנועיות ("הקוסם מארץ עוץ") וסדרות הז'אנר ("פארסקייפ", "מסע בין כוכבים"), בהופעת אורח מיוחדת של ריצ'ארד דין אנדרסון.

כאשר בעל מגיע לכדור הארץ ומבקש עזרה, מפקדת הסטארגייט חייבת ללכוד את שיבוטיו ולקבוע איזה מהם הוא המקור האמיתי.

ואלה מאל דוראן, הגנבת הבין גלאקטית וגיבורת המלחמה נגד האוריי, שנחשבה לנעדרת, מצליחה ליצור קשר עם הפיקוד דרך גופו של דניאל. היא מזהירה מפני מתקפה גדולה של האוריי.

בגלל תקלה במערכת השערים, צוותי ס"ג-1 מכל היקומים המקבילים נוהרים לפיקוד. גנרל לנדרי ואנשיו צריכים למצוא פתרון לתקלה, להחזיר כל צוות ליקום שלו ולהתמודד עם צוות בעל תוכנית נסתרת.

קבוצת ג'אפה שמחליטה לא להיכנע לאוריי נתונה בסכנה. כוחות הג'אפה והפיקוד חלוקים בדעותיהם ביחס לאופן ההתמודדות עם האיום החדש. נרוס מציע לשתף פעולה עם הפיקוד במלחמה נגד האוריי.

קרטר וג'ייקוב נעזרים בבעל במלחמתם במשכפלים ואילו דניאל וקרטר המשוכפלת מנהלים מאבק מוחות עיקש, אוניל מתאם בין כל החזיתות ומרכז את הגנת הפיקוד כשברקע מרחף האיום הגדול מכולם – אנוביס.

המשכפלים מתחילים התקפה שיטתית על הגאולד, מה שמאלץ את בעל לבוא לכדור הארץ לעזרה. מחתרת הג'אפה מסכנת את כל תנועתם בניסיון לתבוע בחזרה עיר קדושה מידיו של בעל.

קרטר המשוכפלת יוצרת קשר עם הפיקוד ומזהירה מפני התקפה קרובה של המשכפלים ומבקשת שישמידו אותה. האם מדובר כאן בעוד מקרה של מכונה שמפתחת לפתע בינה עצמאית משלה?

השער נגנב מתחת לאפם של השומרים והצוות יוצא בעקבות הגנבים. אנשי "הנאמנות" מבקשים להשתמש בשער כדי להפיץ את הרעל הקטלני לגאולד. אוניל נדרש לקבל החלטה קשה.

ניסוי משתבש ויוצא מכלל שליטה, וטיאלק מוצא את עצמו שבוי בעולם וירטואלי שבו הוא נאלץ להתמודד מול התקפה כוללת של חיילי-על כשכל פגיעה בעולם הווירטואלי מורגשת בגופו ומקרבת אותו אל…

הבסיס נכנס להסגר לאחר שמחלה מסתורית, הנראית מדבקת, מותירה קצין רוסי במרפאת הבסיס. דניאל לוקח בן ערובה ודורש לעבור דרך הסטארגייט.

הממשל שולח צוות צילום לתעד את הנעשה בתוך מפקדת הסטארגייט למען שימוש עתידי כאשר התכנית תיחשף לציבור. חברי צוות הצילום מגלים כי לא כל אנשי הצוות מוכנים לשתף איתם פעולה.

התקפה על אתר אלפא מערערת את היסודות. בעוד קרטר נאלצת להימלט מאחד מחיילי-העל של אנוביס ולהילחם על חייה, חקירתם של ג'ייקוב והאמונד מביאה אותם לגילויים מטרידים.

ס"ג-1 מופתעים למצוא את דניאל ג'קסון חי ושלם, אך ללא הזיכרון שלו. אוניל משכנע אותו לחזור איתם אל מפקדת הסטארגייט, שם הוא מצטרף למשימה נועזת להרוס את הנשק החדש של…

קולונל אוניל לכוד על כוכב זר עם מייבורן. כעת עליו להילחם כדי להישאר בחיים בעוד שותפו למסע הופך פרנואידי יותר ויותר.

הצוות נקרא לקרב באופן בלתי צפוי כאשר עולם הבית של האסגרד מוצף על ידי משכפלים – אשר התפתחו לצורה חדשה ומדהימה.

טרגדיה מפגישה את טיאלק יחד עם בנו, שמאשים אותו על מות אימו. אוניל וקרטר מוציאים לפועל תוכנית מסוכנת עם טכנולוגיה שלא נבדקה כאשר כדור-הארץ מותקף על ידי הגאולד.

ס"ג-1 פוגשים אישה צעירה עם היכולת לשלוט במשכפלים, ומי שיכולה להחזיק את המפתח לישועה של האסגרד.

אסון פוגע בסטארגייט ולוכד את טיאלק בעודו עובר דרכו. כעת על ס"ג-1 לפנות לרוסיה ולאויביה לעזרה, בטרם ינותק הקשר עם הסטארגייט ואיתו יאבד הסיכוי להציל את טיאלק.

לאחר שגשש שנשלח לעולם אלקטרוני גורם לקצר בסטארגייט, מתברר כי מפקדת הסטארגייט נמצאת תחת פלישה של כוח חייזרי שהשתקע במערכות המחשב – וגם במייג'ור קרטר.

ס"ג-1 חייבים להסתגל למפקד החדש כאשר הגנרל האמונד יורד מתפקידו – אבל אוניל מגלה מהלכים רקובים העומדים מאחורי ההתפטרות של הגנרל.

כאשר מורו לשעבר מת בעקבות מה שנדמה כמו קללה מצרית עתיקה, חוזר ד"ר ג'קסון לשורשיו ולחברים שהשאיר מאחור – ומגלה חפץ מצרי עתיק המכיל טפיל גאולד.

אוניל וטיאלק נלכדים בלולאת זמן במפקדת הסטארגייט, כעת עליהם לחיות מחדש את אותן 10 שעות שוב ושוב, כשכל מה שהם יכולים לעשות הוא ליהנות מכך שלמעשיהם אין השלכות על העתיד.

ארכיאולוגית של הטוקרה מגיעה למפקדת הסטארגייט עם טכנולוגיה חדשה שהתגלתה וביכולתה להעניק לחברי צוות ס"ג-1 כוחות על אנושיים.

גזע זר הנמצא במלחמה מתמדת מציע להחליף את הטכנולוגיה המתקדמת שלהם בתמורה לעזרתו של כדה"א בהבסת האויב שלהם, אויב שכדה"א לא יודע עליו דבר.

אוניל וטיאלק מסכנים את חייהם כדי למנוע מהחרקים המשכפלים דריסת רגל ראשונה על ​​כדור-הארץ. במקביל, קרטר עוזרת לאסגרד להדוף פלישת משכפלים לכוכב שלהם.

חפץ זר גורם לדניאל להיעלם אל מימד אחר והצוות מחפש עזרה מסבו ששוהה במוסד לחולי נפש, רק שמסתבר והוא נמצא שם בעקבות תגלית דומה לזו שעשה דניאל.

ס"ג-1 חוזרים ממשימה ומגלים כי חייזרים משני-צורה השתלטו על מפקדת הסטארגייט ומתחזים לאנשיו. קרטר, שמצליחה להימלט, חייבת לשכנע את חיל האוויר שמדובר במצב פלישה אמיתי.

אפופיס, האויב הגדול ביותר של ס"ג-1, מחפש מפלט מסוקאר ומגיע לסף מותו במפקדת הסטארגייט, שם סוקאר דורש את נקמתו באפופיס ומאיים להחריב את כדה"א באם לא ייענה.

אוניל, בעל כורחו, הופך להיות כלי קיבול לספרייה של ידע זר. עד מהרה הוא מבין שעליו להיפטר מהידע שבראשו בטרם יקרוס תחת העומס על מוחו והוא מתחיל לבנות מכשיר שיעזור…

חברי ס"ג-1 מגיעים אל P3X-989 והם מאבדים את הכרתם זמן לא רב לאחר הגעתם. הם מתעוררים וחוזרים לכדור הארץ רק כדי לגלות שהם לא בדיוק עצמם.

קולונל אוניל וקפטן קרטר מופרדים מג'קסון וטיאלק במהלך מעבר בסטארגייט ונלכדים על עולם קרח שומם, בלי שום דרך לברוח. כעת עליהם לעשות הכל כדי לשרוד.

העונה ה-11 ממשיכה מהנקודה בה הסתיימה הקודמת, סם ודין חייבים להתמודד עם האפלה ששוחררה. קסטיאל מתמודד עם השפעות הכישוף של רואינה ונזכר במאבקו האכזרי עם קראולי.