קרטר וג'ייקוב נעזרים בבעל במלחמתם במשכפלים ואילו דניאל וקרטר המשוכפלת מנהלים מאבק מוחות עיקש, אוניל מתאם בין כל החזיתות ומרכז את הגנת הפיקוד כשברקע מרחף האיום הגדול מכולם – אנוביס.

אנוביס מתחיל מתקפה שיטתית על כדור הארץ, וכעת תקוותו היחידה של כדור הארץ לישועה תלויה בס"ג-1 וביכולתם למצוא את העיר האבודה המיתולוגית.

אוניל עושה מאמצים רבים כדי למנוע מהידע של קדמונים ליפול לידיי הגאולד כאשר הצוות מגלה מאגר מידע שני. הנשיא מחליף את הגנרל האמונד בדיפלומט אזרחי.

אוניל מבקש עזרה מחבר וותיק כדי להציל את דניאל וד"ר לי שנחטפו במרכז אמריקה. קרטר, טיאלק וג'ייקוב מסתננים למתקן חיילי-העל של אנוביס.

ההנהגה מעולמו של ג'ונאס מגיעה לכדה"א בבקשה לסיוע – ספינתו של אנוביס נמצאת מעל כוכב הלכת בגלל את הנאקוודריה המצויה בעולמם. על מנת לנצח את הקרב הזה יש לשתף פעולה…

ס"ג-1 מופתעים למצוא את דניאל ג'קסון חי ושלם, אך ללא הזיכרון שלו. אוניל משכנע אותו לחזור איתם אל מפקדת הסטארגייט, שם הוא מצטרף למשימה נועזת להרוס את הנשק החדש של…

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 נקראים להגן על אנשי אבידוס מן הגאולד בשנית כאשר הם לומדים כי אנוביס, בחיפוש אחר מכשיר רב עוצמה, עומד לתקוף.

טרגדיה מפגישה את טיאלק יחד עם בנו, שמאשים אותו על מות אימו. אוניל וקרטר מוציאים לפועל תוכנית מסוכנת עם טכנולוגיה שלא נבדקה כאשר כדור-הארץ מותקף על ידי הגאולד.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 חייבים לבוא להציל את בעלי בריתם פעם נוספת כאשר הגאולד תוקפים מעבדת אסגרד סודית.

קרטר חייבת לחפור בזכרונותיה של ג'ולינאר ולהיזכר כיצד נמלטה כדי שס"ג-1 יוכלו לברוח מכלא הגיהנום, בעודם נלחמים באחד מאויביהם המרים ביותר.

כאשר אביה של מייג'ור קרטר נחטף על ידי סוקאר, צוות ס"ג-1 חייב לחדור לכלא הממוקם על ירח דמוי גיהנום על מנת להציל אותו. כלא שהיחידה לברוח ממנו הייתה ג'ולינאר.

אפופיס, האויב הגדול ביותר של ס"ג-1, מחפש מפלט מסוקאר ומגיע לסף מותו במפקדת הסטארגייט, שם סוקאר דורש את נקמתו באפופיס ומאיים להחריב את כדה"א באם לא ייענה.