קלארק פונה לג'ור-אל כדי לקבל תשובות וזה מספר לו שהוא מוכרח לאחד את שלושת הקריסטלים אחרת אסון נוראי, שאפילו קלארק לא יוכל למנוע, יקרה. ג'ייסון לוקח את ג'ונתן ומרתה קנט…

קלארק חייב לעצור את צלם ביה"ס לאחר שהוא הופך את כולם לבובות. לקס וליונל נחטפים ומעונים בניסיון לגלות היכן מוחבאים הקריסטלים. אך לאחר שג'נביב מגלה שלאנה מחזיקה באחת מהאבנים, היא…

קווין גריידי ניחן ביכולת לגרום לאנשים לאבד את זיכרונם, ומשתמש בכוחו המיוחד על קלארק. קלואי מגלה את מצבו של קלארק, מלמדת אותו על כוחות-העל שלו ובמקביל מנסה למנוע ממנו לחשוף…

לוסי ליין, אחותה של לויס, מגיעה לסמולוויל. קלארק תופס אותה גונבת כסף מטאלון כדי לשלם חוב לסינדיקט פשע. לקס מציע לעזור. גנב פורץ לדירתה של לאנה וגונב את האבן וג'ייסון…

לויס דורסת כלב והיא מביאה אותו לחווה על מנת שיחלים. קלארק ולויס מגלים שהכלב הוא תוצר של פרויקט של תעשיות לותר ומשתמשים בו על מנת לבצע פשעים, אך כאשר לויס…

כשרוצח מיסתורי מנסה להרוג את לאנה וג'ייסון, אלישה הופכת להיות החשודה העיקרית, ואפילו קלארק מתחיל לחשוד בחפותה. ג'נביב חוזרת העירה עם הצעה עבור לקס, שמצדו מציע הצעה לג'ייסון.

קלארק מקבל הזמנה להצטרף לקבוצת הפוטבול של אונ' מטרופוליס ופוגש את ג'ף, שחקן לשעבר של תיכון סמולוויל. במהרה מתברר שג'ף משתמש בכוחותיו לשתק את כל מי שעומד בדרכו, כולל לויס…

לאנה קוראת ספר כישוף מהמאה ה- 17. המכשפה, איזבל נכנסת לגופה ומחייה את שתי חברותיה המכשפות ויחד הן יוצאות לחפש את גבישי הקריפטונייט ומשתמשות בכוחן נגד קלארק.

קלארק ולויס חוקרים את הרצח של קלואי, אבל נעצרים ע"י אביה של לואיס. לואיס חושדת שאביה יודע יותר ממה שהוא מספר וקלארק מגלה שהוא היה עד לא מזמן בקשר עם…

קלארק מחליט להצטרף לקבוצת הפוטבול ומקבל את עמדת הקווטרבק לאחר שקודמו התנפל על ג'ייסון בגלל בחורה. קלארק ולויס חוקרים ומגלים שיש גורמים בקבוצה שמשפיעים על השחקנים בלי ידיעתם.

אחרי שגילו שגופתה של קלואי אינה בקבר, מתחילים קלארק ולויס לחקור, אך אביה של לויס, גנרל ליין עוצר בעדם. הם חושדים שהגנרל יודע יותר משהוא מספר ושיש לו קשר עם…

קלארק חוזר לסמולוויל כקאל-אל. לויס ליין מגיעה לסמולוויל כדי לחקור את מות בת דודתה, קלואי סאליבן. לאנה שבה מפריס וג'ונתן שקוע בתרדמת בבית החולים. ליונל לות'ר ממתין למשפטו בבית הכלא.

טיאלק הופך לחשוד הראשי בחקירת רצח אחרי שהוא עובר לדירה מחוץ לבסיס. קרטר שוקלת את עתידה עם פיט לאחר הצעת הנישואין שלו.

פרק קרואובר מיוחד: אחרי שחוותה אובדן אישי קשה מנשוא, סופרגירל חוברת לשאר גיבורי-העל בניסיון גורלי אחרון להציל את כדור הארץ מהאסון השואתי שצפוי לו.

בפרק האחרון לעונה, כדור הארץ שרוי בכאוס והצוות משתף פעולה כדי להילחם בריין. המצב החדש מעורר בסופרגירל מחשבות על הייעוד שלה. סם נחלשת ומחפשת מקור כוח.

סופרגירל, מון-אל ואלורה משתפים פעולה כדי לעצור את סלינה, שנמצאת בדרכה לכדור הארץ ובאמתחתה תוכנית זדונית. ז'ון מתכונן לפרידה חשובה.

מון-אל וסופרגירל יוצאים למשימה חשובה ונדהמים נוכח תגלית מפתיעה. במקביל, בכדור הארץ, זעמה של ריין מעמיד למבחן את הנאמנות של לינה.

קארה צריכה לקבל החלטה גורלית שעלולות להיות לה השלכות כבדות על חבריה בכדור הארץ. ג'יימס וז'ון מאתרים את מקור הנשק הקטלני.

לינה וג'׳ימס מתחקרים ביחד את מורגן לאחר שסמלים מבשרי רע מופיעים בלילה בנשיונל סיטי. ובערב חג המולד מופיע אויב חדש.

קארה לוקחת את אלכס לסוף שבוע במידווייל, ושם, חדר שינה מהילדות מעלה זיכרון של טרגדיה כואבת שלימדה אותן לעבוד כצוות.

סמל מוכר מסב את תשומת לבה של קארה אל אדם הנתון במשימה מעוותת. סמנת׳ה משקיעה מעצמה במקום העבודה, אבל חוששת שהיא מאכזבת את בתה.

נבלית רבת עוצמה ובעלת יכולות על-חושיות מותירה את קארה חסרת אונים. לינה מגיעה לעבוד בקאטקו במשרה מלאה ומוסרת את האחריות על אל-קורפ לידי מנהלת חדשה.

עם תחילתה של פלישת הדאקסמי, קארה עדיין מבולבלת ממעשה ההקרבה שלה. בעל הון כריזמטי מטפח תוכניות לבנות מחדש את נשיונל סיטי.