רייאק מאוהב באחת מהאמזונות של אישטה. כעת אוניל מוצא את עצמו מעורב בהכנות לטקס חתונה נוסח ג'אפה, כולל כלה דעתנית ופמיניסטית, מריבות בין המחותנים, טקסים מסורתיים מעצבנים ומה לא…

טיאלק הופך לחשוד הראשי בחקירת רצח אחרי שהוא עובר לדירה מחוץ לבסיס. קרטר שוקלת את עתידה עם פיט לאחר הצעת הנישואין שלו.

ניסוי משתבש ויוצא מכלל שליטה, וטיאלק מוצא את עצמו שבוי בעולם וירטואלי שבו הוא נאלץ להתמודד מול התקפה כוללת של חיילי-על כשכל פגיעה בעולם הווירטואלי מורגשת בגופו ומקרבת אותו אל…

דניאל מוצא את עצמו בביתה של מקומית יפה כשהוא אינו זוכר דבר ומסתבר שהגעת הצוות גרמה למלחמה שהותירה את העולם הרוס ושסוע. הסיבות נחשפות בהדרגה ככל שזכרונו של דניאל שב…

גנרל ג'ק אוניל מנסה להתרגל לתפקידו החדש, אך נראה כי כל היקום נגדו- עליו להתמודד עם תקרית דיפלומטית, צמח שמשתלט על הבסיס ונפילתו של צוות ס"ג-1 בשבי.

בעוד הגאולד מאיימים לתקוף את כדור הארץ, ס"ג-1 והאסגרד נערכים למוצא האחרון והנואש נגד המשכפלים, אשר חטפו את מייג'ור קרטר ופלשו למאחז הציוויליזציה האחרון של האסגרד.

קרטר וטיאלק יוצאים לחפש את האסגרד כדי לנסות להציל את קולונל אוניל, אך מגלים שאויבם המושבע של האסגרד חזר בבמלוא העוצמה. אדוני המערכת מחפשים ברית עם כדה"א נגד אויב משותף.

אנוביס מתחיל מתקפה שיטתית על כדור הארץ, וכעת תקוותו היחידה של כדור הארץ לישועה תלויה בס"ג-1 וביכולתם למצוא את העיר האבודה המיתולוגית.

אוניל עושה מאמצים רבים כדי למנוע מהידע של קדמונים ליפול לידיי הגאולד כאשר הצוות מגלה מאגר מידע שני. הנשיא מחליף את הגנרל האמונד בדיפלומט אזרחי.

צוות ס"ג-1 נשלח למשימת חילוץ באחד מכוכבי הלכת, והמבצע גובה קורבנות. בעוד חברי הצוות מנסים להתמודד עם תוצאות המבצע, צוות הצילום מנסה לחשוף את האמת על מה שאירע.

הממשל שולח צוות צילום לתעד את הנעשה בתוך מפקדת הסטארגייט למען שימוש עתידי כאשר התכנית תיחשף לציבור. חברי צוות הצילום מגלים כי לא כל אנשי הצוות מוכנים לשתף איתם פעולה.

התקפה על אתר אלפא מערערת את היסודות. בעוד קרטר נאלצת להימלט מאחד מחיילי-העל של אנוביס ולהילחם על חייה, חקירתם של ג'ייקוב והאמונד מביאה אותם לגילויים מטרידים.

פלג'ר יוצר וירוס שמטרתו לחבל בשערים של האויבים, אך מפיל את כל מערכת השערים. קרטר והמדענים במפקדת הסטארגייט חייבים לתקן את מערכת השערים לפני שהאויב ינצל את המצב.

כאשר קבוצת כורים ממפקדת הסטארגייט נלכדת בידי אונאס, ג'קסון פונה אל צ'אקה. על שניהם מוטלת המשימה הלא קלה של משא ומתן על חיי הכורים והמשך כריית הנאקוודה שבכוכב.

על כוכב לכת אפוף באוויר רעיל, הצוות מגיע לבועה אשר יש בה עולם ומלואו – בועה זו מגינה כבר מאות שנים על אנשי הכוכב. חשדות הצוות מתעוררים כאשר אנשים שהם…

בעת חקירתה של ספינת חייזרים נטושה, חברי צוות ס"ג-1 מאבדים את ההכרה. כאשר הם מתעוררים, הם מגלים כי גופו של דניאל ג'קסון נחטף בידי תודעת חייזרים והם לא מוכנים לוותר…

בנו של טיאלק, רייאק ומורו ברייטאק נשבו בידי הג'אפה. טיאלק מחליט להצילם ונשבה אף הוא. צוות ס"ג-1 הולכים להצילו.

ההנהגה מעולמו של ג'ונאס מגיעה לכדה"א בבקשה לסיוע – ספינתו של אנוביס נמצאת מעל כוכב הלכת בגלל את הנאקוודריה המצויה בעולמם. על מנת לנצח את הקרב הזה יש לשתף פעולה…

ס"ג-1 מופתעים למצוא את דניאל ג'קסון חי ושלם, אך ללא הזיכרון שלו. אוניל משכנע אותו לחזור איתם אל מפקדת הסטארגייט, שם הוא מצטרף למשימה נועזת להרוס את הנשק החדש של…

הצוות מוצא עולם עני המשועבד על-ידי הגאולד בעל, אבל התוכניות שלהם לשחרר אותו עשויות להיפגע כאשר ג'ונאס חווה חזיונות בלתי מוסברים על העתיד.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 נקראים להגן על אנשי אבידוס מן הגאולד בשנית כאשר הם לומדים כי אנוביס, בחיפוש אחר מכשיר רב עוצמה, עומד לתקוף.

מקרה של כמעט מוות גורם לטיאלק לדמיין את חייו שונים מאוד מזה שהוא מכיר, חיים בהם הוא אדם נורמלי החי על כדור-הארץ – עד שהוא לא מצליח להבחין יותר בין…

ס"ג-1 מנסים להציל את תושביו של כוכב עני מניסוי גנטי של נירטי, אבל מוצאים את עצמם כקורבנות הבאים שלה.

קולונל אוניל לכוד על כוכב זר עם מייבורן. כעת עליו להילחם כדי להישאר בחיים בעוד שותפו למסע הופך פרנואידי יותר ויותר.

הצוות נקרא לקרב באופן בלתי צפוי כאשר עולם הבית של האסגרד מוצף על ידי משכפלים – אשר התפתחו לצורה חדשה ומדהימה.

הצוות חוזר לכדור-הארץ עם מכשיר טכנולוגי המאפשר להם לראות יצורים זרים בכל מקום, כעת עליהם לנסות ולהכיל את הבעיה כאשר היא מתפשטת מעבר לבסיס.

כאשר צוות ס"ג-1 נתפסים על ידי הגאולד, זוג מדענים שלומיאלים יוצא למבצע הצלה… בין אם הם רוצים או לא.

אוניל נלכד ומעונה שוב ושוב על ידי הגאולד בעל, בנסיון לדלות מידע משיתופן הטוקרה שלו, אך אוניל אינו מצליח לזכור. כעת עליו להסתמך על ידיד ותיק שיעזור לו להישאר בחיים.

אנשיו של ג'ונאס מבקשים מכדור-הארץ עזרה צבאית במלחמה עתידית עם מדינות יריבות, אך מורהו לשעבר של ג'ונאס מציע פתרון חלופי: תנועת התנגדות המוכנה להפיכה מדינית.

ס"ג-1 חוקרים את גילויה של אישה קפואה בקרח באנטארקטיקה, אשר עשויה להיות קשורה אל בוני השער. אך במקביל, מחלה מסתורית מאיימת להרוג את כולם בבסיס המחקר.

ס"ג-1 עולים על סיפונה של ספינת אם נטושה של הגאולד לאחר שזו מגיעה באופן מסתורי למסלול סביב כדור-הארץ, כעת עליהם להימלט מהחללית בעודה מתרסקת לתוך האוקיינוס.

טרגדיה מפגישה את טיאלק יחד עם בנו, שמאשים אותו על מות אימו. אוניל וקרטר מוציאים לפועל תוכנית מסוכנת עם טכנולוגיה שלא נבדקה כאשר כדור-הארץ מותקף על ידי הגאולד.

קרטר חייב למצוא דרך להציל את כדור-הארץ מהרס מוחלט על ידי-הגאולד, שהפכו את הסטארגייט לפצצת יום הדין. בעוד רייאק מצטרף לאביו במשימה להרוס את כלי הנשק שברשותם של הגאולד.

דניאל ג'קסון מואשם באסון דיפלומטי, לאחר שהוא נחשף למינון קטלני של קרינה בעת ביקור בציוויליזציה זרה הבונה נשק להשמדה המונית וכעת הוא עומד בין חיים למוות.

ס"ג-1 חייבים לפנות לזוג פושעים שהורשעו בעון גניבות שבוצעו בשם כדה"א ובחסות סוכנות הביון, כדי להציל את עולמם מן ההשמדה על ידי גאולד, לאחר שאלו גנבו את האמצעי היחיד שהגן…

ס"ג-1 פוגשים אישה צעירה עם היכולת לשלוט במשכפלים, ומי שיכולה להחזיק את המפתח לישועה של האסגרד.

משימתו החשאית של ד"ר ג'קסון להסתנן לפסגה של הגאולד מסתבכת עם בואו של אורח מפתיע. שאר הצוות עומד בפני הפלישה בהיקף מלא על עולם הבית של טוקרה.

כדור הארץ מוצא את עצמו מאוים על ידי משהו גדול הרבה יותר מהגאולד כאשר הצוות לומד כי יש אסטרואיד במסלול התנגשות עם הכוכב.

המלחמה בין הטוקרה לגאולד מסלימה, והסיעה המורדת שולחת את דניאל ג'קסון לפגישה סודית בין אדוני המערכת.

אסון פוגע בסטארגייט ולוכד את טיאלק בעודו עובר דרכו. כעת על ס"ג-1 לפנות לרוסיה ולאויביה לעזרה, בטרם ינותק הקשר עם הסטארגייט ואיתו יאבד הסיכוי להציל את טיאלק.