ביתו היתומה של דל מופיעה במרפאה,מה שגורם לסערת רגשות. אמיליה ופיט לא מצליחים להגיע להסכמה בנוגע לניתוח מסוכן עבור אישה בהריון הסובלת מכאבים כרוניים.

כשד"ר קרוגר פורש אחרי שהמנקה שלו נהרגת, מונק מנסה לפתור את המקרה כדי לגרום לקרוגר לשוב לעבודה.

לאחר שאנליסט בחברת השקעות נרצח, נראה לכאורה שהרקע הוא פיננסי, אך עד מהרה מתברר שהוא מפתיע הרבה יותר. גרגסון פועל כדי לכלול את ווטסון ושרלוק בצל"ש שהעירייה מעניקה ליחידה שלו.

ניק וקפלר חוקרים שוק שחור של סחר באיברים לאחר שגילו גופה שרופה שמרבית איבריה הפנימיים חסרים. שאר הצוות חוקר מוות של אישה עשירה בביתה. בתפקיד אורח: ג'ון הנזלי מ-"ניפ/טאק".

גורש משתלט על תדרוך הבוקר בתחנה ויוצא בעצמו לפקח על משימת חילוץ. הוא ובודן מתעמתים ישירות. סוורייד מבקש מאביו, רב הרשף הוותיק, להתערב בנושא.

בפתח העונה השישית; כשרוב החבורה עדיין לכודה בשריפת המחסן, צ'יף בודן מקבל החלטה מסוכנת ברגע האחרון כדי להצילם.

ברט ודוסון נאלצות לעבור יום הכשרה מחדש. החברה מהמרים כמה זמן מרסי תחזיק מעמד עכשיו שקוני חזרה. קלי מנסה להבין למה אנה מתעלמת ממנו ומגלה שהיא גם לקחה חופש מהעבודה.

שיי נהרגת בפיצוץ בבניין, וגבי וסוורייד שבורים. גבי נשארת בינתיים בתחנה וסוורייד לוקח חופשה וממאן לחזור. הרמן שוקל להרחיב את מולי'ס. פרמדיקית חדשה מצטרפת לתחנה.

בלום עוזב את מכון הגמילה, וקלי נאלץ למצוא דרך אחרת לשכנע אותו להשתקם. וולאס פונה לדונה והיא מגלה לו שהיא בהיריון ממנו. גבי מגלה שג'ונס השאירה לה מכתב לפני שהתאבדה.

כשגדעון חסר, והוץ' ופרנטיס אינם עם הצוות, הצוות חוקר את אחד מהתיקים הקשים ביותר שלו בעוד הסוכנים שנותרו מאתרים רוצח סדרתי במילוואקי שחוטף נשים במקומות ציבוריים על ידי שימוש בבנו…

אישה נמצאה מתה. בנה, שהיה עד לרצח, מתחבא בארון מאחורי גופתה. החוקרים מקשרים בין מותה של האישה לנדבן שמנהל ארגון למען חסרי הדיור.