מורדים משתלטים על ה"גלקטיקה" ונוקטים בצעדים על מנת להיפטר מרוזלין ואדאמה.

ההתנגדות לברית עם הסיילונים הופכת אלימה, כאשר חילופי אש נערכים ברחבי הספינות ואלה שתומכים בברית מוצאים את עצמם תחת מתקפה.

הצי ובעלי בריתו הסיילונים חברו בניסיון משותף למצוא את כדור הארץ. הם מוצאים עולם הרוס שבו ציפיותיהם נהרסות על ידי אירועים שמכים הדים לאורך אלפי שנים. סטארבק מגלה שהנבואות העגומות…

בחיפוש אחר מרכז ההחייאות של האויב, צוות טייסי "וייפר"ומורדים סיילונים משתפים פעולה בחוסר נוחות ויוצרים תוכנית קרב.

מנהיגותה של הנשיאה רוזלין עומדת במבחן כשה"גלקטיקה" חוברת למורדים הסיילונים במטרה להשמיד את מרכז ההחייאות של האויב.

בריתות בלתי צפויות נוצרות לאחר שהחיפוש אחר כדור הארץ מקבל תפנית מפתיעה.

חיפוש כדור הארץ יוצר מתח על סיפון ה"דמטריוס" עבור קארה ואנשי הצוות שלה.

כשקארה טרייס מטיסה ספינת תובלה יחידה בחיפושה הנואש אחר כדור הארץ, מזימות פוליטיות וסכסוך בין זוג נשוי על סיפון ה"גלקטיקה" מתרחשים במקביל ליצירת חורים עמוקים הנפערים בשורות הסיילונים.

סכסוך ניצת בקרב הסיילונים בעוד הם מתעמתים עם התעלומה של חמשת האחרונים, וקארה טרייס נדחקת מעבר לקצה כשחבריה ואנשי הצוות שלה לשעבר מסרבים להאמין שהיא היתה בכדור הארץ.

הקו הדק שמפריד בין האנושות לבין הסיילונים המתפתחים במהירות משורטט מחדש כאשר סטארבק שבה לחיים וטוענת שהיא מצאה את כדור הארץ.

זהו יום הנישואים של אדאמה והוא נזכר באשתו. צ'יף טירול וקאלי נקלעים לסכנה במהלך משימת תחזוקה.

לגלקטיקה עולים אנשים מסג'יטריון. הם חולים במחלה מסתורית שיש לה תרופה, אבל הם מתנגדים לתרופות ולרופאים. הילו עוזר להם ונאבק בכל אנשי הגלקטיקה.

מנהיג העבודה הפנימי של צ'יף טיירול גורם לו להתנגד לאדאמה ולהפוך לנקודת ההתלכדות עבור שביתה.

הפוגה מאיום הסיילונים נותנת לצוות הגלקטיקה מנוחה נדירה עד שזוג אנשי צוות נואשים נתקעים מחוץ למנעל אוויר.

בעקבות העזיבה מקאפריקה החדשה, תוצאות מסתדרות בשעה שאלו שנלחמו בסיילונים מחפשים נקמה – או צדק – נגד אלה ששיתפו איתם פעולה.

בשעה שאדאמה מתכנן משימת חילוץ אמיצה, שרון מגיעה לקאפריקה החדשה כדי לעבוד עם העריקים.

אדאמה מורה על הצי לקפוץ בשעה שגלקטיקה נשארת מאחור כדי למחוק את הווירוס מהמחשבים שלה ולהתמודד עם תקיפה עצומה של למעלה ממאתיים ריידרים סיילונים.

הקומנדר הזמני טאי מתחיל להבין שבלהיות מנהיג כרוכים דברים מעבר לנתינת פקודות. הוא מוצף, ומוצא את עצמו מתקרב שוב לאלכוהול.

וירוס סיילוני חדר למחשבים של הגלקטיקה, בשעה שסנטוריונים סיילוניים עלו ועושים את דרכם בקרב לעבר המרכזים הפגיעים של הספינה.

לאחר שקומנדר אדאמה נורה וכמעט מת, על טאי להוביל את הגלקטיקה ולשמור על המשאבים הנחוצים כדי להציל את חייו של הקומנדר.

בפרק האחרון לעונה, הגלקטיקה צריכה להשמיד ספינת בסיס סיילונית כדי לחלץ את אנשיה מקובול. קארה נתקלת בהיילו ובשרון בקפריקה הכבושה.

ס"ג-1 חוברים ליחידה רוסית כאשר אחד מצוותי הסטארגייט שלהם נעלם במקדש חוצני מסתורי. כשהם מגיעים לשם הם מגלים את הסיבה להיעלמות הצוות וכמו כן, את המניע של הרוסים למשימה.

הסיפור ממשיך 4 חודשים לאחר אירועי סוף העונה הקודמת, בהן לילית' הרגה את דין לאחר שהתחזתה לרובי אך כשתקפה את סם הוא נותר ללא פגע, והיא, בעקבות כשלונה, ברחה מגופה…