דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

סוכן החירות משיג נשק חדש ומסוכן במלחמתו "להציל" את האנושות. ז'ון וקארה פועלים יחד כדי לאתר קמע רב-עוצמה.