בפרק האחרון לסדרה, ספיידרמן נשלח דרך כמה מימדים בנסיון לתקן את הזמן וללכוד את ספיידר-קטל. במסעו, פוגש פיטר כמה מגרסאותיו השונות וכמו כן, את חברתו גוון סטייסי ויוצר הקומיקס סטן…
כותרת הפרק: מלחמת העכבישים, חלק ב': להתראות, ספיידרמן
ספיידרמן נלקח למציאות של סקרלט-ספיידר, בה ניו-יורק נחרבה ע"י ספיידר-קטל ומוטל עליו להוביל את גרסאותיו השונות כדי למנוע זאת. למרבה הצער, אחד מהשיבוטים הופך לעכביש-האדם בזמן המשימה.
כותרת הפרק: מלחמת העכבישים, חלק א': אני ממש שונא שיבוטים
ספיידרמן מועבר לעולם זר, שם הוא פוגש את הצופה, יישות המעוניינת לבחון האם הטוב חזק מהרוע. הוא מזמן כמה מהנבלים הגדולים ביותר ומורה לספיידרמן להרכיב קבוצת גיבורים שתילחם בהם.
פיטר ומרי ג'יין, שהמומים מכוחותיה החדשים, פונים לעצתו של ד"ר קונרס. מרי ג'יין מספרת להם על חלום חוזר שעשוי להיות הרמז להיעלמותה, אך הידרומן מוצא אותם וחוטף את מרי ג'יין…
פיטר פארקר ומרי ג'יין סוף-סוף ביחד, אבל השמחה היא קצרת מועד כאשר גובלין הירוק, חמוש במשבש הזמן וזהותו האמיתית של ספיידרמן, מבקש להרוס את ספיידי בכל אמצעי אפשרי.
לאחר שאדי מסרב לעבוד עבור דורמאמו, קטל אוסף כוח חיים עבור כניסתו של דורמאמו לכדוה"א וחוטף את ד"ר אשלי קפקא, ואדי שהתאהב בה, חייב לחבור לספיידרמן ואיירון מן כדי להציל…
הסימביוט חוזר לכדוה"א ומתאחד עם אדי ברוק. הוא מצווה על-ידי דורמאמו, שבזכותו הסימביוט חזר ארצה, לגנוב מכונה מהמפעלים של סטארק המסוגלת לשחרר אותו מהמימד בו הוא כלוא.
בנו של רובי רוברטסון מצטרף לחבורת בריונים בראשות טומבסטון. אך כאשר ראש-האבן מנסה להשתמש בעברו עם רובי כדי לגנוז כתבה על הבוס החדש שלו, הוא נתקל בספיידרמן.
ספיידרמן מגלה שסמיית הפך לקיבורג – חלקו אדם, חלקו מכונה והוא כעת קוטל העכבישים המושלם! אך כאשר עולה תקלה בתכנות שלו, סמיית רודף אחר האיש שאחראי למותו של אביו… נורמן…
לאחר שספיידרמן מאבד את הזכרון במהלך קרב מול האוקטובוט, דוק אוק מחליט לנצל זאת ומשכנע את ספיידרמן כי הוא העוזר האישי שלו, אך טאינה מצליחה לגרום לספיידי לזכור את העצמי…
לאחר שלספיידרמן נמאס שג'יימסון מאשים אותו בכל הפשיעה שבניו-יורק, הוא מחליט לוותר על תפקיד הגיבור אחת ולתמיד, לפחות עד שהוא פוגש את המעריץ הגדול ביותר שלו, ילדה קטנה בשם טאינה.