צ'אק עדיין מלקק את פצעיו לאחר שהוא מבין שלשרה יש רגשות כלפי ברייס. צ'אק חייב להסתוות כבעלה של שרה במשימה לעצור זייפן ובעל יאכטה המקושר פוליטית. צ'אק, שרה וקייסי יוצאים…
ברייס חוזר בחג ההודיה לאחר שנחשב למת. ועדות פנימיות סודיות שניסו להרוס את ה"מחשב המשולב" הצילו את ברייס, בתקווה שהוא יעזור להם לאתר אותו. אבל כדי להוכיח לשרה, לקייסי וליתר…
כשצ'אק מתחיל לצאת עם לו, מכינת סנדוויצ'ים, ונראה שהכול מתנהל ממש טוב, המצב מעורר קנאה מצד שרה, "חברתו לשעבר" של צ'אק, שמגלה שיכול להיות שרגשותיה לא היו רק חלק מסיפור…
צ'אק מגלה שהפרופסור לשעבר שלו הוא סוכן ממשלתי שנרדף בגלל קובץ רגיש וסודי ביותר. צ'אק חוזר לאוניברסיטת סטנפורד, המוסד ממנו גורש. צ'אק מגלה כמה סודות מזעזעים בנוגע לחייו שלו ולומד…
כשצ'אק פוגש סוכן ממשלתי שמנהל חיים כפולים, מומחה לגדג'טים שמוחו הפך אותו לנכס ביטחוני לאומי ולנטל מסוכן – בדומה לצ'אק – הוא חייב להחליט אם להסגיר את הסוכן לשרה וקייסי…
צ'אק מתמודד עם הדילמה המוסרית הראשונה שלו כמרגל. כששרה וקייסי מסרבים לסייע במשימה לא מורשית של מרגל סיני בכיר המתרחשת בצ'יינה טאון, צ'אק ניצב בפני החלטה קשה -האם לצאת נגד…
צ'אק מגלה שלא יהיה קל לחיות שני חיים נפרדים. לאחר שהבוס שלו ב"באי מור" מאתגר אותו, צ'אק מגייס לעזרה את מורגן ואת עדר החנונים כדי להוכיח שהוא ראוי להיות עוזר…
כשצ'אק ברטאוסקי פותח מייל המקודד בצורה תת-הכרתית בסודות ממשלתיים, הוא מוריד בלא יודעין שרת שלם של נתונים רגישים למוחו ונזרק לקריירה חדשה כסוכן החשאי החיוני ביותר של הממשלה. כעת, גורל…