העונה נפתחת מספר שבועות לאחר הקרב האכזרי של פייפר ופנסטאקי שנעל את עונת הבכורה. בפרק הפותח את העונה, אחרי תקופה בצינוק, פייפר נלקחת ליעד לא ידוע. היא מוצאת את עצמה…

תוכנה מתחרה למכונה של פינץ נחשפת. התוכנה בעלת תכונות אנושיות יותר, ואף עלולה לאיים על שלום העולם יותר מהמכונה הראשונה.

רבקה מגיעה לבקר את רנדל, וההתנהגות שלה מדאיגה אותו. ניקי מתכונן לשימוע שלו. קייט מנסה לתת לג'ק אוכל מוצק. רנדל הצעיר עוזר לרבקה למצוא עבודה.

שמונה שבועות אחרי הפיצוץ, הודג'ינס מתקשה להתמודד עם המציאות החדשה שלו. במקביל, הצוות חוקר רצח סנגורית ציבורית.

לאחר שפיטר לא הצליח לשחררו, ניל נחטף וכעת הוא מוחזק בשביו של ג'ים, אחד מאנשיה של רבקה. פיטר מנסה להיעזר ברבקה כדי לאתר אותו. בינתיים אל מקבלת חדשות מבהילות בנוגע…

הולמס ו-ווטסון חוקרים אירוע של פיצוץ, ונאלצים לשתף פעולה עם גארת' לסטרד, שותפו לשעבר של שרלוק מהסקוטלנד יארד.