הגולשים מגיעים לעולם שבו לוחמה ביולוגית חיסלה את רוב אוכלוסיית הזכרים. קווין, רמברנדט וארתורו נתפסים וטועים אותם לגברים מרבים שברחו.

הנינג'ות משיבים את ספינת הגורל ויוצאים להציל את לויד שנמצא במנוסה בג'ונגל מתחת למקדש הקריסטל.

ניה בתור "הסמוראי אקס", מצילה את הנינג'ות, אך התוכנית של הארומי עם כלי הנשק של ספינג'יצו כבר יצאה לפעולה.

לויד בורח ממקדש הקריסטל עם עזרה ממקור לא צפוי, בזמן שמלך הקריסטל והנינג'ות מתכוננים לקרב.

הנינג'ות מחפשים דרך לברוח בזמן שמאסטר וו והאחרים מגינים על כלי הנשק של ספינג'יצו מפני מועצת מלך הקריסטל.

לויד במסווה מגיע אל מקדש חבוי, שם הוא מצטרף למועצת מלך הקריסטל ומגלה את הזהות האמיתית של קאבוקי מאסק.

הנינג'ות נלחמים בנינג'ות החדשים כדי להרוויח זמן בשביל שאספירה תוכל להסיר את הכוחות של ניה וכך להפוך אותה להיות אנושית שוב.

הנינג'ות יוצאים למשימה במסווה כדי להשיג את המטה הקסום של אספירה, אך פגישה נוספת עם הנינג'ות החדשים חושפת את הסוד שלהם.

כשראש העיר מסרב לשחרר את אספירה מכלא קריפטאריום, הנינג'ות יוצאים במסווה כדי לשחרר אותה בעצמם.